西北工业大学计算机学院彭佳杰,用好这个数据库，妈妈再也不担心我的单细胞测序了...

有了这个数据库 走遍天下都不怕

解螺旋公众号曾推送了一篇《细胞、动物实验这么少！此文凭什么发表在Cell子刊上？》，文中谈到每次新技术的出现都会带来一大波基于新技术的高分文章，这样的高分文章多了，数据就逐渐积累起来了，于是新的需求也就逐渐产生了——有没有一个把目前已知的研究数据整理一下，方便大家查找利用，最大化数据的价值。

今天介绍的数据库也是近来出现的热点——单细胞测序，之前推送的scTPA主要是提供注释和功能富集。今天的数据库则囊括了目前已发表的22种疾病的单细胞测序研究，直接可以用！数据库名字叫：SC2diseases，是由西北工业大学计算机学院的彭佳杰教授课题组开发建立，于2020年10月3号发表在国际著名杂志《Nucleic Acids Research》(IF=11.501)。

数据库网址：http://easybioai.com/sc2disease/

下面就由本工给大家介绍这个超棒的数据库。

进入主页后可以看到主页长这样，在红色框的“Diseases”里可以清楚的找到自己感兴趣的疾病是不是有数据了。肿瘤和非肿瘤疾病都有数据哦！共22种疾病！！

在Browse模块里，大家可以根据自己所研究的疾病在Diseases或者CellType里找找相应的栏目，点击“+”键即可展开栏目。

本工选择点开Diseases下的Liver cancer，右边的栏目里就显示了结果。点击红色箭头指示的按钮，就可以直接下载所有结果，然后自己慢慢找。点击红色框框里的双向箭头则可以根据该条目进行排序。点击Gene这列里的基因(红色框框柱的蓝色字体基因名)可跳转到NCBI网站，查看基因信息。Variable Name这列里则包含不同的类型，有logFC，也有mean，表示他们差异分析的结果单位。

点击Detail则可以展示该基因和研究的相关信息

在Search模块，用户可以在左边的搜索框里输入对应的信息来检索自己的结果。从本工自己试的这个例子来看，不同的检索条件之间的关系应该是“或”，看来网站还是有些值得优化的地方呀。

在Analysis模块，用户可以根据Disease和Gene进行分析，找找自己感兴趣的基因在疾病的单细胞数据中的差异表达情况

这部分研究人员还将单细胞数据和GWAS数据结合起来，展示了GWAS数据中结果显著的基因在单细胞中的log2FC和GWAS中的Pvalue。用户可通过点击“Select disease”的下拉选项来选择疾病，点击Visualize可以查看如下图所示的结果。

点击Display，则可展示一个表格，表格里有GWAS结果显著的基因以及在疾病的不同细胞里的信息。

在Download模块，大家可以下载该网站的所有结果数据！有木有感到惊喜！！！

这个数据库就介绍到这里了，本工也还是要吐槽一下这个数据的一些功能，例如搜索时多选项之间的逻辑关系，然后每列还缺少一些小搜索框提高检索效率。还可以添加一些单细胞的分析图，例如基因在不同类型细胞中的表达热图。另外要是能提供标准的表达矩阵，那就更好了！

鉴于这个数据库目前还只是1.0版本，我们还是可以再多给他们一些时间来优化数据库的功能。当然，更重要的是数据库能对大家有用，能帮大家更好的解决科研中的困难，发好文章！