今天也是个妖精头子呀
码龄5年
  • 187,086
    被访问
  • 156
    原创
  • 11,240
    排名
  • 210
    粉丝
关注
提问 私信

个人简介:top3读研,生物信息学与脑科学交叉研究方向。 一般不会回复CSDN私信。若有技术交流,可以联系邮箱2456392738@qq.com

  • 加入CSDN时间: 2017-10-15
博客简介:

weixin_40640700的博客

查看详细资料
  • 5
    领奖
    总分 1,059 当月 3
个人成就
  • 获得164次点赞
  • 内容获得121次评论
  • 获得787次收藏
创作历程
  • 18篇
    2022年
  • 121篇
    2021年
  • 6篇
    2020年
  • 8篇
    2019年
  • 3篇
    2018年
成就勋章
TA的专栏
  • 生物信息学基础分析
    17篇
  • R语言绘图
    12篇
  • 谱系追踪
    82篇
  • 单细胞测序
    7篇
  • Python语言学习笔记
    9篇
  • 软件安装经验及报错集锦
    22篇
  • 最近
  • 文章
  • 资源
  • 问答
  • 帖子
  • 视频
  • 课程
  • 关注/订阅/互动
  • 收藏
搜TA的内容
搜索 取消

代码文件备份 | 6-30 组学数据差异分析

课程作业代码备份。
原创
发布博客 2022.06.30 ·
8 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

Perl语言的“解引用”法则

perl语言的解引用。
原创
发布博客 2022.06.09 ·
13 阅读 ·
1 点赞 ·
1 评论

WGCNA与基因模块时空表达分析

分析目标:(1)梳理WGCNA的基本流程。(2)功能注释(3)对相应的基因模块进行时空表达特征评估一、WGCNA分析(基因共表达分析)我们有4000+个感兴趣的基因,希望通过这一步得到的结果是:按照基因之间的表达特征的相似性,将其分为若干基因模块(module)。本次实验使用的数据集(1)GSE25219-GPL5175数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25219(2)GSE25219-GPL5175样本注.
原创
发布博客 2022.05.05 ·
217 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

R基础学习 | 处理数据的技巧整理

这里总结一下,今天老师上课的内容。我觉得跟着老师,我能学到好多东西。我要消化。我突然觉得自己很卑微,因为有那么多东西需要学习的。但是复习的侧重点在:什么是自己知道的?什么是自己不知道的?缺什么补什么?R基础知识整理(查漏补缺)S1:identicalidentical(a,i) #既检验数值又检验数据类型i==m== 仅仅是数值的比较;identical 则同时包括数值和属性的比较;S2: stringasFactor=FALSEdf3 <- data.frame(a=.
原创
发布博客 2022.03.25 ·
695 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

单细胞基础分析 | 基因细胞类型特异性富集分析

本文目标是:通过分析单细胞的数据,根据已有的细胞分型,去看我们感兴趣的基因集在这些细胞类型中的富集情况。单细胞数据和bulk数据会有些不同,可能一些具体的技巧需要注意一下。1。切换到R4环境,加载RDS数据。conda activate r4R #进入到Rdata<-readRDS("merge_obj.rds") # 加载原始数据library(Seurat)#加载Seurat包levels(data) #查看数据集的level [1] "L5 IT" "L4 IT".
原创
发布博客 2022.03.21 ·
310 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

生物信息学分析 | 物种间的同源基因的批量注释

项目需求:现在以及大鼠的基因若干,想要转换成人类对应的同源基因的名及ID,怎么对应?解决策略:(几行代码就可以快速解决,感谢R)#安装好R包install.packages("homologene")library(homologene)homologene::taxData#Rattus norvegicus:10116 #Homo sapiens:9606###############################################################.
原创
发布博客 2022.03.18 ·
144 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

生物信息学 | 富集分析

主要目标:理解这个代码的主要的思路。想分析一下老师的这个富集分析的主要的思路是什么?一行一行的理解这个代码。# Get cell type mean of each genecellTypeMean <- t(apply(dat, 1, function(v) { tapply(v, droplevels(factor(cellSubtypes, levels=subtypeOrder)), mean)}))}(1) droplevels()是什么意思> x <- c.
原创
发布博客 2022.03.17 ·
625 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

affymatrix探针转换 | GPL5175探针对应的基因转换

一般情况下,有一些比较成熟的对应平台的注释数据集的R包。但是这个注释平台,我在Bioconductor上找了一圈都没有找到。只能通过最原始也最可靠的方法,从GEO数据集上去下载这部分的注释文件。以下展示全过程。我要检查的数据平台是:GPL5157。数据集的注释集链接为:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL5175这个注释数据集比较难弄的地方在于,它的基因集注释的不太好。没有比较直接的可供提取的genesample的信息;在ge.
原创
发布博客 2022.03.17 ·
1043 阅读 ·
2 点赞 ·
0 评论

R语言报错 | Error in scan(file = file), line 5503 did not have 12 elements

一般是读取txt文件的时候遇到上述问题,原因是读取table的时候,不同的行有空格,导致列数不同,无法对齐。Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :line 5503 did not have 12 elements解决方法一般有三步:(1)跳过注释行。probe_test<-read.table("GPL5175-probe-annonation.txt",commen
原创
发布博客 2022.03.17 ·
907 阅读 ·
1 点赞 ·
1 评论

出错记录:Error: package or namespace load failed for ‘DESeq2’:没有这个DLL ‘BiocParallel’:是不是没有为此架构安装?

出错记录:Error: package or namespace load failed for ‘DESeq2’ in library.dynam(lib, package, package.lib): 没有这个DLL ‘BiocParallel’:是不是没有为此架构安装?解决策略:强制重装缺失的那个R包。BiocManager::install("BiocParallel",force = TRUE)...
原创
发布博客 2022.03.15 ·
1208 阅读 ·
1 点赞 ·
0 评论

单细胞基础分析 | 对细胞按照基因marker进行分型(ACC脑区)

因项目的需求,需要对数据进行简单的分类,然后找差异表达基因。虽然我自知自己在这个过程中的很多方面并不理解透彻,很糊涂的去做。但是我愿意去尝试完成。现在开始跟着Seurat上面的教程一点点的来做。参考链接:https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html1、加载分析必须的包library(Seurat)library(dplyr)library(patchwork)2、加载10XGenomics 数据data<-.
原创
发布博客 2022.03.12 ·
3704 阅读 ·
2 点赞 ·
0 评论

代码文件备份 | 3-10:对arraymatrix数据进行初步筛选与分组差异表达分析

data<-read.table("GSE25219-GPL5175_series_matrix.txt",comment.char = "!",header = T)row.names(data)<-data[,1]data<-data[,-1]label<-read.table("label.txt")region<-read.table("region.txt")year<-read.table("year.txt")meta.data<-rbi
原创
发布博客 2022.03.11 ·
124 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

R语言 | R语言分析琐碎

首先,文件夹下应该存在三个文件,分别命名为:barcodes.tsv.gzmatrix.mtx.gzfeatures.tsv.gz然后使用Seurat包中的,Read10X方法读取。library(Seurat)data<-CreateSeuratObject(Read10X("./"),"ACC")如上,即读取成功!如何跳过注释行(如#),读取.txt文件。使用参数:comment.chardata<-read.table("GSE25219-GPL5175_ser.
原创
发布博客 2022.03.10 ·
138 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

R语言绘图 | 安装包报错:‘configure‘ exists but is not executable、whether the C++ compiler supports the long lo

Error in library.dynam(lib, package, package.lib) : shared object ‘stringi.so’ not foundCalls: <Anonymous> ... loadNamespace -> namespaceImport -> loadNamespace -> library.dynamExecution haltedERROR: lazy loading failed for package ‘res
原创
发布博客 2022.03.05 ·
672 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

R语言画图 | 如何看已知基因list的细胞类型特异性表达?

自己学东西,觉得举步维艰。网上的资源太多了,反而让人很容易陷入一种焦躁和慌乱中。不知道从哪里理出头绪来。是碎片化的,不成体系的。自己需要对信息进行过滤,整合成自己的方法。目标:加载作者的处理过的有细胞类型标签的数据,对数据进行差异表达分析,找到特定的组织中差异表达的基因。注明以下使用到的数据来源:http://development.psychencode.org/files/processed_data/scRNA-seq/Sestan.fetalHuman.Psychencode.Rdata.
原创
发布博客 2022.03.03 ·
332 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

no applicable method for ‘depth‘ applied to an object of class “NULL“

报错信息:pheatmap(data)Error in UseMethod("depth") : no applicable method for 'depth' applied to an object of class "NULL"解决方法:再试一遍。
原创
发布博客 2022.03.02 ·
1059 阅读 ·
1 点赞 ·
0 评论

R语言学习 | 想要用分隔符“|”分割字符,却出错?问题在哪里?

"|"符号在正则表达式中可以表示为“或”的含义,因此当字符串中出现该字符,而我们还想要用该字符进行分隔时,需要注意使用转义字符,且为两个斜杠。\\gene<-str_split_fixed(gene_name,"\\|",n=2)gene [,1] [,2] [1,] "ENSG00000000003" "TSPAN6" [2,] "ENS.
原创
发布博客 2022.03.02 ·
218 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

R语言学习 | 如何提取指定行名的行?

想要实现的目标如题。善用属于符号:%in%,以及不要忘记XX$V1。我想要提取数据框cpm2中行名在vector interest中的行,使用如下指令解决。interest<-read.table("result_coding_gene_id_2.txt")data<-cpm2[which(rownames(cpm2)%in%interest$V1),]interestV11 ENSG000000004602 ENSG000000010843 ENSG0000000.
原创
发布博客 2022.03.02 ·
3345 阅读 ·
1 点赞 ·
0 评论

R语言绘图 | 堆叠图的绘制

目标:绘制每一种亚类的堆叠图,使呈现效果更好。是时候要挑战一下自己的舒适区了。传统的barplot实在是不行了。1。首先综述一下目前用到了实现这一功能,用的是哪些package。library(ggplot2) #似乎ggplot2就能实现这一效果。2。其次创建输入数据矩阵。data<-data.frame(Sample<-c(rep('control1',3),rep('control2',3),rep('control3',3),rep('treat1',3),rep('.
原创
发布博客 2021.12.10 ·
988 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论

如何比较两个文件的内容,去除一个文件中,在两个文件中有overlap的部分?

后来尝试下来,使用daff包可行。data1<-read.table("L2-3-IT.txt") #待比较A文件data2<-read.table("L2.txt") #待比较B文件install.packages("daff")library(daff)d<-diff_data(data1,data2)render_diff(d)将结果保存为xlsx格式,放到excel中进行简单筛选即可。...
原创
发布博客 2021.12.07 ·
466 阅读 ·
0 点赞 ·
0 评论
加载更多