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原创 用limma包进行多组差异表达分析

写在前面:最近在使用limma包进行差异表达分析,参考了网上许多教程都觉得说的云里雾里,很不清楚。经过我自己一段时间非常痛苦的钻研,弄明白了,解决了我的实际需求。于是决定将我的分析经验写下来,分享给需要的人。首先加载前期预处理好的表达矩阵。(我的原始表达矩阵文件已附在文后,大家有需要可以下载实践)setwd("E://Rworkplace")data<-read.table...

2020-03-15 00:20:16 3171 4

原创 如何用手机访问电脑上的本地服务器?

前提:手机和电脑连接同一个局域网。 方法:打开手机的热点,电脑端连接手机的热点。启示来源:https://blog.csdn.net/lrh15980692010/article/details/82464202?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromBaidu-3.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-..

2020-12-29 15:50:59 55 2

原创 使用Word 进行“邮件合并“操作

利用Word的邮件合并操作,可以通过编写模板,快速生成多个信件。还是蛮神奇的一个工具。将上述编辑完成的excel文件存为“人事信息.xlsx”文件。 打开Word,依次选择上方菜单栏中的“邮件-->选择收件人-->使用现有列表”。具体操作如下图所示。选择刚刚保存的“人事信息.xlsx”表格文件中sheet1作为目标列表导入。导入表格之后,邮件那一栏的图标即如下图②所示。 导入表格文件之前 导入表格文件之后 ..

2020-12-29 15:47:12 21

原创 Microsoft Office 2019 正式版 安装记录

最近打算更新一下PC机自带的office,换成2019最新版。遇到了很多问题,最终一一克服,终于安装完成。体验绝佳~现在将安装记录写在此,分享给有相似经历的大家。1、下载office2019我是在学校提供的下载平台上下载的。因为学习已经购买,所以我在安装的时候,不需要产品密钥。下载完成之后,保存在一个目录文件下。是一个如图所示的一个以“.iso”结尾的文件。2、卸载完全系统之前的office下载使用这篇博客推荐的工具完成,非常好用。3、下载Daemon(虚拟光驱).

2020-12-29 15:32:08 108

原创 FDR(矫正后的P值)问题

最近在分析数据的时候,遇到一个问题。因为在文献中大家好像都在用FDR作为指标来判断。但是我的结果中FDR普遍为0.99且一样,而P值则小于0.05,这就让我比较迷茫?为什么会出现这种情况?是我在处理的哪个环节出错了吗?在这种情况下,是否应该根据FDR来判断,FDR处理的意义是什么?于是以下,就这个问题进行探究。我处理后的部分数据:gene logFC A...

2020-03-19 22:11:03 2847 11

原创 【结合文献】——Affymatrix芯片数据预处理

【理论分析】(待补充)【实战】数据来源:GSE98793芯片平台:GPL570([HG-U133_Plus_2] Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array)登录GEO数据库,在检索框中输入GSE98793,打开数据界面。下载最下方的原始数据。下载后大概有857MB大小。注意,使用浏览器下载时可能会出现数据下载不完整的...

2020-03-13 19:17:20 529

原创 CHIP-SEQ 芯片分析时,对于来自重复实验的数据,怎样进行MACS peaks calling 分析?

解决方法:将bowtie得到的bam文件,转换为bed文件,并使用cat指令,将其所有重复实验文件合并,将合并文件作为输入文件,进行peaks calling。参考链接:MACS官网http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/00README.htmlNotes:3) For the experiment with several replicat...

2019-10-08 15:36:50 688

原创 peak calling——MACS

macs2 callpeak -t /home/s45/downloads/SRR6178271.bam -f BAM -g mm -n SRR6178271 -B -p 0.0001

2019-09-29 18:02:15 354

原创 Bowtie2错误:Could not locate a Bowtie index corresponding to basename "/home/s45/mouse"

(base) s45@HP45:~/下载$ bowtie2 -x /home/s45/mouse SRR3151474.fastq -S SRR3151474.samCould not locate a Bowtie index corresponding to basename "/home/s45/mouse"Error: Encountered internal Bowtie 2...

2019-09-27 19:35:51 1597 2

原创 ggplot火山图的绘制(volcano plot)

library(ggplot2)volcano<-subset(data,select = c(Pvalue,Foldchange))threshold<-as.factor((log2(volcano$Foldchange)>1.5|log2(volcano$Foldchange)<(-1.5))&volcano$Pvalue<0.05)r03=gg...

2019-07-04 14:32:34 3064

原创 RNA-seq分析实验出错记录及其解决方案

我的操作平台为linux64bit,所以一切代码均在linux平台下运行。1.linux解压缩file.gz格式文件。【参考链接】[1]https://blog.csdn.net/z69183787/article/details/81739901[2]https://www.cnblogs.com/wangshouchang/p/7748527.html【解决方案】gzi...

2019-06-12 16:16:19 458

原创 modeller建模(单模板建模、多模板建模)

题目要求1、采用modeller对给定序列进行建模,单模板和多模板方法各建3个模型,每种方法选择一个最优的模型,最后进行比较,选出最优的模型(怎样比较两个模型的好坏,可以从哪些角度去看)。并说明理由为何选该模型。2、单模板结果与Swiss-model的结果进行简单的比较,说明异同。(其实这里还是涉及了模型之间比较的问题)3、构建的模型都要在molprobity和SAVES中的工具进行评估...

2019-05-31 10:24:42 6716 4

原创 此主机支持Intel VT-x,但Intel VT-x 处于禁用状态。

使用VM ware软件安装虚拟机的时候遇到以上问题。看网上的教程知道是要讲电脑切换到BIOS界面设置。我的电脑是联想超极本(具体的版本号不知道)。尝试在重启和开机的时候拼命按F1或者F2或者F1+Fn等等,但是都不奏效。后来尝试在电脑关机状态下,用细铁丝插入电源线边上的“重启”孔内,才得以切换到BIOS界面。成功进入到BIOS界面。按照其他教程所示,修改Intel(...

2019-03-10 20:44:59 385

原创 转录组学分析之基因芯片的预处理

数据详细信息介绍https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65168从网站中下载编号为GSE65168 的数据集,平台是GPL6244【HuGene-1_0-st】,是Affymetrix公司的新一代芯片(WT),所以因此选择oligo包读取CEL数据,进行更进一步的处理。该芯片一共有八个样本(GSM1588481-GSM15...

2019-03-09 21:56:54 1097 3

原创 对假设检验的理解

假设检验官方定义为根据一定的假设条件由样本推断总体的一种方法。要解决的矛盾:例如需要测量一大批灯泡的合格率,我们不可能把所有的灯泡都拿出来检测其各自耐受性。所以我们通过随机抽样的方法从总体中抽取一部分的样本,通过对样本各个参数的估计,推断总体的参数,从而达到统计推断的目的。为了使这个推断更加地科学合理,我们需要有一定的限制条件。 依据原理———小概率事件不可能发生定律一...

2018-10-09 17:56:08 1661

原创 Python第三方库的获取和安装

计算生态   内涵:Python可以调用涵盖信息领域所有方向的简单封装的接口。因此围绕它建立起全球最大的编程语言开放社区。                 外延:分为Python标准库【自带】和Python第三方类库【额外安装】如:人工智能第三方类库Python第三方类库有三种安装方法:1、pip工具安装;2、自定义安装;3、文件安装一、pip工具安装命令格式:pip inst...

2018-09-10 19:45:30 2021

原创 Python基础知识点整理之基本语法元素

一、程序的格式框架1.缩进缩进是指每行语句前的空白区域,用来表示Python程序间的包含和层次关系。一般语句不需要缩进,顶行书写且不留空白。当表示分支、循环、函数、类等含义,在if,while,for,def,class等保留字所在的完整语句后通过英文冒号(:)结尾,并在之后进行缩进,表示前后代码之间的从属关系。代码编写中,缩进可以用Tab键实现,也可以用4个空格实现。缩进...

2018-09-04 15:43:53 14154 3

GSE98793.txt

本次实验使用的筛选差异表达基因原始数据文件 原始数据在GEO数据库中的ID号为GSE98793

2020-03-15

gene_list.txt

样本分类信息 你们可以按照自己的数据的性质 ,对样本分类信息进行个性化的调整。

2020-03-15

空空如也

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