如何用 ndctl/ipmctl 管理工具 配置不同访问模式的pmem设备

最新推荐文章于 2023-10-25 00:40:31 发布
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分类专栏： DAOS 文章标签： linux
原文链接：https://vigourtyy-zhg.blog.csdn.net/article/details/120614595
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        之前总结过一篇文章来总体介绍optane 持久内存 的架构以及其 编程模式 Intel Optane 持久内存概览，这里主要是记录一下针对Optane 持久内存 管理工具的使用方式，通过这一些工具的使用能够更为清晰得了解NVM(pmem) 的底层架构。
        下文中提到的创建命令都是在 centos上进行的，不过ipmctl/ndctl/fio 这种基础命令使用方式都是一样的，可能就是安装这一些工具的命令和其他的系统有一些差异。

1 PMEM 底层架构

        PMEM 的存储介质是 3D Xpoint ，其底层存储单元是PCM（phase change memory 即相变内存），这也是pmem 物理存储和传统的 NAND SSD最大的差异。但其和Optane NVMe SSD 最大的差异则是物理接口的不同，一个是PCIe接口(nvme ssd)，一个是DIMM 接口(pmem)。 关于 NAND和3D XPoint 的物理差异可以通过从NMOS 和 PCM 底层存储单元 来看NAND和3D XPoint的本质区别 来了解一下。

        那我们先看看 PMEM 的底层物理形态，这是我们的NUMA 下的cpu和内存插槽的分布。

在这里插入图片描述
        其中蓝色区域是DRAM 插槽，黑色插槽可以插PMEM 存储介质。
需要注意的是：

        对于每一个CPU而言，PMEM 介质应该插在每组（一蓝一黑两个算一组）靠近CPU的那一个槽中，即黑色的插槽；另一个槽插入DRAM。
        使用App Direct Mode 的时候每组槽中的PMEM 可以不搭配DRAM；使用Memory Mode 的时候，每组槽中的PMEM必须搭配DRAM，否则无法配置成MemoryMode 模式使用。
        必须要确保每个CPU两边的 pmem 介质个数相等；而不同组 CPU 各自的PMEM数量可以不同，造成的结果就是两个region 显示的容量不同。
        查看当前系统DRAM 和 pmem 的拓扑结构

# 需要root 用户执行
$ ipmctl show -topology
 DimmID | MemoryType | Capacity | PhysicalID| DeviceLocator
================================================================================
 0x0001 | Logical Non-Volatile Device | 126.375 GiB | 0x0021 | DIMM 6
 0x0011 | Logical Non-Volatile Device | 126.375 GiB | 0x0023 | DIMM 4
 0x0101 | Logical Non-Volatile Device | 126.375 GiB | 0x0027 | DIMM 7
 0x0111 | Logical Non-Volatile Device | 126.375 GiB | 0x0029 | DIMM 9
 0x1001 | Logical Non-Volatile Device | 126.375 GiB | 0x002d | DIMM 18
 0x1011 | Logical Non-Volatile Device | 126.375 GiB | 0x002f | DIMM 16
 0x1101 | Logical Non-Volatile Device | 126.375 GiB | 0x0033 | DIMM 19
 0x1111 | Logical Non-Volatile Device | 126.375 GiB | 0x0035 | DIMM 21
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x0020 | DIMM 5
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x0022 | DIMM 3
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x0024 | DIMM 1
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x0026 | DIMM 8
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x0028 | DIMM 10
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x002a | DIMM 12
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x002c | DIMM 17
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x002e | DIMM 15
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x0030 | DIMM 13
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x0032 | DIMM 20
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x0034 | DIMM 22
 N/A | DDR4 | 32.000 GiB | 0x0036 | DIMM 24

2 PMEM 逻辑架构

        这里介绍两种 用于组织插在DIMM 插槽之上的逻辑分离存储形态 region 和 namespace。

  • region ： 用来组织pmem module的逻辑概念。一个region 中可以有一个或者多个pmem module（插在DIMM 上的pmem 存储介质）。当前支持的region 模式有两种： interleave 和 non-interleave 的；其中interleave 模式是一个region 可以跨当前CPU的多个 DIMM，non-interleave 模式则是一个region 只能在一个DIMM 上。
  • namespace: 是一段 on pmem 的 可连续寻址的地址范围，类似于硬盘分区 或者 SCSI的逻辑单元(LUN) 或者 NVMe 的namespace。只有在 创建的region 模式是 AppDirect 模式时才能在region 上创建namespace。

        除了以上两个主要的 对pmem 操作的逻辑分区之外，还有几个概念需要了解：

  • Label : 每一个pmem module(pmem 存储介质) 都包涵一个 Label Storage Area(LBA) 区域，用来存储namespace 的元数据配置。这样，就可以在region 上创建不同类型的namespace 来支持针对pmem 的不同访问模式。
  • DAX：Direct Access。pmem 在AppDirect 模式下 通过namespace 创建的 不同类型的设备可以为用户提供 device access 以及 fs access的访问模式。在fs access 下 通过支持DAX 模式的文件系统(xfs, ext4, on windows ntfs)来 最大程度得缩短访问pmem的路径，访问的过程都是通过mmap 来进行的，能够by-pass page-cache, i/o subsystem 以及 中断和上下文切换。

        下面是 non-interleaved regions 和 interleaved region 以及 on interleave region下的namespaces。


在这里插入图片描述
        关于pmem 编程架构形态如下：
在这里插入图片描述

        其中namespace 支持的四种模式 可以匹配到上面针对 NVM-DIMMS 的访问形态中了：

  1. raw: 就是一个内存盘的形态来直接访问，不支持DAX 模式的访问。
  2. sector: 可以作为一个传统的块设备 以及 on 块设备的文件系统，且这个文件系统不限制类型（任意文件系，不需要dax支持）。可以允许按字节访问，但是不能保证访问的原子性。
  3. fsdax: 需要 pmem-aware filter system支持，即支持dax 挂载的文件系统，这样该namespace 可以通过标准文件接口读写 ，同时也支持 通过pmdk 来访问。这个namespace 类型 是大多数的appdirect 模式下的持久内存使用方式。
  4. devdax: 允许通过 mmap 直接将指定容量的 pmem 介质映射到内存进行访问，这个devdax 模式的namespace 被创建出来之后不能像其他的块设备一样创建dax文件系统，它被映射出来之后是一个字符设备形态(/dev/dax3.0 这种)。这种模式一般用作虚拟机，RDMA 以及 大页映射。

        到此，我们大体就清楚了PMEM 的逻辑架构 ，如何通过 逻辑 region 组织物理上的 DIMMS，以及如何在逻辑region之上构建数据分离存储的namespaces。

        接下来我们看看如果通过 pmem的 management tools 来组合这一些逻辑架构，构建丰富的pmem 使用形态。

3 ipmctl 创建 不同模式的 region

        如果你的环境中已经有了pmem设备(直接可用的文件系统形态的pmem)，可以直接跳过这一个工具的介绍，看下一个 ndctl工具。

3.1 安装

        这个工具是构建pmem region的底层工具，建议安装的时候让其版本在2.x 及以上。
直接源码编译安装即可：

git clone https://github.com/pmem/ndctl.git
cd ndctl
./autogen.sh
./configure CFLAGS='-g -O2' --prefix=/usr --sysconfdir=/etc --libdir=/usr/lib64
make
make check
sudo make install

        安装完成之后记得更新一下PATH，否则命令行会找不到这个工具export PATH=$PATH:/usr/local/bin。

        需要注意一个问题，就是如果你的ipmctl 最开始的版本比较低，可能会导致最后创建的interleaved 模式的 region 无法创建混合模式的namespaces，这个issue 解决可以参考 https://github.com/pmem/ndctl/issues/181。

关于ipmctl 工具的使用都需要在root 模式下执行

3.2 创建AppDirect mode的region

  1. 查看当前已有mode
# ipmctl show -memoryresources
 MemoryType | DDR | PMemModule | Total
==========================================================
Volatile | 384.000 GiB | 0.000 GiB | 384.000 GiB
AppDirect | - | 1008.000 GiB | 1008.000 GiB
Cache | 0.000 GiB | - | 0.000 GiB
Inaccessible | 0.000 GiB | 3.377 GiB | 3.377 GiB
Physical | 384.000 GiB | 1011.377 GiB | 1395.377 GiB

上面这个是AppDirectmode

  1. 创建AppDirect mode，这个命令会将当前的所有容量默认创建出interleaved mode的 region

# ipmctl create -goal PersistentMemoryType=AppDirect 
The following configuration will be applied:
 SocketID | DimmID | MemorySize | AppDirect1Size | AppDirect2Size
==================================================================
 0x0000 | 0x0001 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0000 | 0x0011 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0000 | 0x0101 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0000 | 0x0111 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0001 | 0x1001 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0001 | 0x1011 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0001 | 0x1101 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0001 | 0x1111 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
Do you want to continue? [y/n] y
Created following region configuration goal
 SocketID | DimmID | MemorySize | AppDirect1Size | AppDirect2Size
==================================================================
 0x0000 | 0x0001 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0000 | 0x0011 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0000 | 0x0101 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0000 | 0x0111 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0001 | 0x1001 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0001 | 0x1011 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0001 | 0x1101 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
 0x0001 | 0x1111 | 0.000 GiB | 126.000 GiB | 0.000 GiB
A reboot is required to process new memory allocation goals.
# reboot -n

        如果 想创建non-interleaved 模式的region，则可以执行命令：
ipmctl create -goal PersistentMemoryType=AppDirectNotInterleaved

3.3 创建 Memory Mode模式

        其中 MemoryMode 是一个百分比，如果是100的话则表示当前所有的pmem module 容量都会作为memory mode。

# ipmctl create -goal MemoryMode=100
# reboot

重启之后，查看free -h 时能够看到内存的容量已经加上了所有的 pmem module 的容量了

3.4 创建 混合模式

        创建内存模式的时候 有一个参数 MemoryMode 用来指定百分比，显而易见 我们可以在一个机器上让一部分的容量作为AppDirect 模式。
        比如配置 50% 的容量为 memory mode 即可

# ipmctl create -goal MemoryMode=50

        以上过程中如果想要清理所有的 config，可以通过 ipmctl delete –goal 。

3.5 查看创建的结果

查看 goal ipmctl show -goal
查看regions ipmctl show -region
查看内存资源情况 ipmctl show -memoryresources
查看 dimms 分布 ipmctl show -dimms
 

4 ndctl 创建不同类型的 namespaces

        ndctl 的创建/删除/更新 namespace 需要root权限，查看namepace 信息则不需要root

4.1 安装

        ndctl 的安装则不是很方便，如果系统库不全的话可能遇到的问题会比较多，我将我的安装完整过程贴下来：

  • 前置库安装
 sudo yum install autoconf pkg-config libndctl-devel libdaxctl-devel pandoc -y
  • 安装过程
git clone https://github.com/pmem/ndctl.git
cd ndctl
git checkout v71 # 当前的最新版本

./autogen.sh
	Activated pre-commit hook.
	GIT_VERSION = 71
	sh: aclocal: command not found
	autoreconf: aclocal failed with exit status: 127 # 执行失败
----------------------------------------------------

# 解决
sudo yum install automake libtool -y
autoreconf -ivf

# 执行成功
$ ./autogen.sh
----------------------------------------------------------------
Initialized build system. For a common configuration please run:
----------------------------------------------------------------
./configure CFLAGS='-g -O2' --prefix=/usr --sysconfdir=/etc --libdir=/usr/lib64

# 执行./configure 
./configure CFLAGS='-g -O2' --prefix=/usr --sysconfdir=/etc --libdir=/usr/lib64
...
checking for a sed that does not truncate output... (cached) /usr/bin/sed
checking for asciidoctor... missing
configure: error: asciidoctor needed to build documentation # 执行失败
----------------------------------------------------

# 解决
sudo yum install asciidoctor -y

# 重新执行 ./configure
./configure CFLAGS='-g -O2' --prefix=/usr --sysconfdir=/etc --libdir=/usr/lib64
...
checking for KMOD... no
configure: error: Package requirements (libkmod) were not met:

No package 'libkmod' found

Consider adjusting the PKG_CONFIG_PATH environment variable if you
installed software in a non-standard prefix # 执行失败
----------------------------------------------------

#解决
sudo yum install kmod kmod-devel -y

# 再次重新执行 ./configure
./configure CFLAGS='-g -O2' --prefix=/usr --sysconfdir=/etc --libdir=/usr/lib64
...
configure: error: Package requirements (uuid) were not met:

No package 'uuid' found #执行失败
----------------------------------------------------

#解决
sudo yum install libuuid-devel json-c-devel -y

# 执行./configure 成功，生成 Makefile
./configure CFLAGS='-g -O2' --prefix=/usr --sysconfdir=/etc --libdir=/usr/lib64
# 安装ndctl
make && sudo make install

4.2 创建/删除 一个任意类型的namespace

        查看已有的namespaces ndctl list --namespaces --regions
能够展示所有创建好的可用的 namespace 以及其所属的 region信息完整打印出来。
        创建一个namespace，如果不指定namespace 类型的话默认创建的是raw 类型

ndctl create-namespace --force

        删除一个namespace 的话 可以通过 ndctl destroy-namespace namespace1.0 --force 或者 不指定具体的某一个namespace，直接--all 即可删除所有的namespaces，需要注意的是删除namespace 会清理掉当前namespace的所有数据。

4.3 指定类型 创建 namespaces

        创建一个fsdax 类型的namespace

ndctl create-namespace --mode=fsdax --size=100G --region=region0 --force

        指定在region0 上创建一个100G容量的 fsdax 模式namespace，创建成功则可以在lsblk 命令下看到这个块设备/dev/pmem0。
        除了以上参数，还可以指定一个比较重要的配置--map=dev或者--map=mem，保存当前namespace 的元数据信息，大概是每4k 需要64B的存储。dev和mem 分别制定的是将这部分元数据存放在pmem设备上 或者 内存中。

        上一条命令的基础上 在region0 创建一个devdax 模式的namespace

ndctl create-namespace --mode=devdax --size=100G --region=region0 --force

        创建好之后能ls -l /dev/dax1.0看到这个设备，它是一个字符设备。

        如果这一步失败，可以根据这个 issue 尝试解决：Namespaces do not support sub-dividing a region · Issue #181 · pmem/ndctl · GitHub

        这样创建出来的namespace 对应的 region 以及 dimm 关系图如下：

在这里插入图片描述

4.4 变更已有namespace 类型

        变更namespace1.0 的配置，从fsdax 模式变更为 devdax模式
ndctl create-namespace --mode=devdax --size=100G --reconfig=namespace1.0。

注意：
reconfig 的流程会

  1. 先从已有的namespace中读取 元数据信息
  2. 然后删除已有的namespace，这一步会清理所有的数据
  3. 根据reconfig 的配置重新创建namespace

        更多的创建信息，可以参考https://pmem.io/ndctl/ndctl-create-namespace.html

5 namespace 的应用

        这里就很简单了，主要是针对fsdax 设备的使用
        通过fsdax 模式创建出来的 一个块设备可以直接格式化成dax 支持的文件系统 并挂载：

sudo mkfs.xfs -f /dev/pmem0
sudo mount -o dax /dev/pmem0 /mnt/pmem0

        此时即可使用文件接口进行读写。

6 fio测试 fsdax 和 devdax

        建议测试的fio 版本直接使用最新的3.17，这样能够使用比较新的ioengine (libpmem/dev-dax)

  1. 测试fsdax

以下绑定的numa 不一定准确，可以通过lscpu 查看numa的cpu，随便绑定一个，哪个性能好 则当前namespace 的region 就在哪个 numa上。

[global]
ioengine=libpmem #pmem引擎
direct=1
norandommap=1
randrepeat=0
runtime=60
time_based
size=1G
directory=./fio
group_reporting
[read256B-rand]
bs=256B
rw=randread
numjobs=32
iodepth=4 
cpus_allowed=0-15,16-31 #绑定numa

        当然，也有更准确的方法来找到当前pmem属于哪个numa.

        ndctl list --regions --namespaces 查看当前的 /dev/pmem0 属于哪一个region
        ipmctl show -region 查看当前的region 属于哪一个socket，0 则是numa node0, 1 则是numa node1等

        测试devdax，不支持direct开启，直接访问的字符设备

[global]
ioengine=dev-dax
direct=0
norandommap=1
randrepeat=0
runtime=60
time_based
size=1G
filename=/dev/dax1.0 #直接指定filename 为devdax模式的字符设备即可
group_reporting
[read256B-rand]
bs=256B
rw=randread
numjobs=32
iodepth=4 
cpus_allowed=0-15,16-31 #绑定numa

到此已经完整得告诉了各位如何 从0到1 在一台服务器上创建一个混合模式的pmem 并做相关的应用 和测试，踩过的坑 希望能帮助各位节省一些时间，当然，更重要的是能够从宏观的角度中更进一步得了解pmem 设备 及其周边生态，毕竟是未来的高性能存储趋势。

7 参考

尚先生的博客
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06-10
pmem_init()函数是一个在Linux内核中用于初始化持久性内存（PMEM）的函数。该函数会在内核启动时被调用，它会检查系统中是否存在PMEM，并进行相应的设置和初始化。在PMEM被初始化之后，它就可以被用于存储持久性数据，这些数据可以在系统崩溃或断电之后被恢复。在使用PMEM进行数据存储时，需要使用特殊的API来进行读写操作，以保证数据的持久性和一致性。

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