“工欲善其事,必先利其器”,选择合适的工具很重要。在做生物信息分析过程中,经常需要查看序列,编辑文本,修改程序代码等,这个过程中就需要使用文本编辑器。一般系统自带的文本编辑器都过于简单,例如windows的记事本,不能打开大文件,不能识别不同换行符,不支持语法高亮等,无法达到工作要求。其实优秀的文本剪辑器有很多,例如收费的Utraledit,Sublime Text3,editplus等,还有免费的有notepad++,atom,gvim等,这里我们推荐使用微软推出的VScode编辑器。
VSCODE
vscode是微软出品的一款轻量级的文本编辑器,虽说轻量,但是功能强大。vscode主要的特点就是运行速度快,支持windows,macos和Linux多个平台,并且提供了大量第三方插件,可以这么说,如果你愿意折腾,vscode可以支持任何的编程语言。我们主要使用vscode来打开文本文件。在图形界面下,文件一般根据扩展名会选择默认的程序打开,例如txt格式默认使用记事本打开。但是生物信息分析经常产生各种扩展名结尾的文件,例如fasta,fa,fna,faa,fq,gff,bed,list,out等等,这些其实都是文本文件,我们都可以是用vscode来打开。而且vscode支持语法高亮,这样它会自动根据不同的扩展名文件使用不同的语法高亮,例如.sh识别为Linux Shell,.py为python程序,.pl为perl程序。
软件安装
下载地址:https://code.visualstudio.com/
这里我们以windows版本作为演示,其他版本大同小异,安装比较容易,直接下一步下一步就可以了。注意这里将下面所有选项都框选上,这样就可以将程序添加到右键菜单,以后打开文件很方便。
调整主题
安装完成之后,后面就可以点击鼠标右键,选择“Open with Code”,使用vscode打开文本文件了,非常的方便,即使是比较大的文件,也能够快速打开。默认的主题是黑色的,如果想调整主题,可以点击左下角的设置突变,在选择color theme选项,也可以在Settings选项,在全局进行设置,这样后面一劳永逸。
这里我们一个400多M的fastq文件,毫无压力。
扩展插件
vscode一个强大的功能就是有无数的插件,这些插件让vscode无所不能,插件的安装也比较容易,选择左侧第五个图标,可以搜索各种插件,例如关于python的,perl的,R的,markdown,excel等等,这里我们安装一个名为bioSyntax的插件,这个插件的作用是专门用来展示生物数据的,例如扩展名为fasta,fastq,gtf,bed等文件,可以展示特定的语法高亮。
查看fasta格式文件,每种碱基显示不同颜色。
设置中文
默认vscode采用英文显示,没有办法通过设置显示成中文,不过可以通过添加插件的方式,只需要安装“Chinese”插件即可,非常容易。
再次打开之后,所有的菜单就变成中文显示了,方便了很多。
环境配置
如果想在vscode中运行代码,例如执行python,perl,java,R,markdown等,将vscode变成一个(集成开发环境)IDE,也是可以的,只不过配置起来稍微麻烦一下。可能需要自己修改很多配置文件,目前我们使用vscode主要用来查看文本文件和高亮脚本代码,后面自己可以搜索文档,尝试配置一下,例如在vscode中配置python环境,网上有非常多这样的教程,大家可以尝试去配置一下。