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RSS订阅原创 小洁老师的小班课——单细胞专题Day1
需要安装的R包：Bioconductor包：require对于加载成功的包，返回逻辑值T，未装的包返回F，用于装包时代码的分情况讨论。
2024-07-04 09:36:13
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原创 学习笔记Day21：转录组差异分析
TCGA的数据，直接用make_tcga_group给样本分组（tumor和normal），其他地方的数据分组方式参考芯片数据pipeline/02_group_ids.R。TCGA的数据，统一叫TCGA-xxxx，非TCGA的数据随意起名，不要有特殊字符即可。需要过滤一下那些在很多样本里表达量都为0或者表达量很低的基因。fpkm、rpkm：转换为tpm，取log，用limma做差异分析。引用自生信技能树课程，又是爱小洁老师的一天！仅去除在所有样本里表达量都为零的基因。差异分析的前提：count数据。
2024-04-22 22:43:31
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原创 学习笔记Day17：转录组上游分析-1
取出fastq文件中的所有序列ID（第一行）取出fastq文件中的所有序列（第二行）同上对序列出现次数进行统计如果某一序列出现次数非常高，考虑可能是核糖体RNA？或实验过程中的异常情况，可以比对序列来查看该序列来源。
2024-03-26 23:03:40
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原创 捉虫日常：R包下载成功加载失败？
关于Y叔的翻译包：https://mp.weixin.qq.com/s/E2jBPKs083bKJFX3gitjNg。因为对R包的底层构建逻辑也是一知半解，
2024-03-26 10:09:13
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原创 学习笔记Day15：Shell脚本编程
自行定义的变量，可以用于用户编写的脚本，多个命令之间值的传递a=gene #=前后不要有空格echo a## aecho $a #调用变量要加$## gene单引号中变量不解释，双引号中变量解释。
2024-03-25 23:47:44
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原创 学习笔记Day14：Linux下软件安装
所有语言的包(package)、依赖(dependency)和环境(environment)管理器，类似应用商店Conda < Miniconda < Anaconda（有交互界面）Linux下Miniconda即可。
2024-03-22 22:59:44
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原创 学习笔记Day8：GEO数据挖掘-基因表达芯片
GEO数据库GEO工具：GEO2R，可以导入代码进入R修改。Series：用户提交给数据库一个完整的研究，包括其样本数据(GSM)，包含提供研究描述，包括对数据描述并总结分析(GSE)。GEO数据集筛选表达芯片数据：Expression profiling by array单细胞/普通转录组（高通量测序）：Expression profiling by high throughput sequencingGSE界面：GPL（平台）中看ID和Symbol Gene；
2024-03-15 00:36:34
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原创 学习笔记Day6：R语言作图—ggplot2
画图是展示数据的方法常用可视化R包和函数作图：base、、ggpubr拼图：par里的mfrow、gridarrange、cowplot、导出：经典三段论、
2024-03-12 00:18:11
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原创 学习笔记Day5：文件读写
提示：修改文件后导出时尽量修改名字，不要覆盖原文件。Rdata无法用其他软件打开，可保存多个变量。:判断a和b是否完全相同，数据内容和数据结构。今天学到很多实用小工具！通常用于读取CSV格式。让代码可重复，数据可重现。通常用于读取txt格式。
2024-03-10 01:51:55
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原创 学习笔记Day4：函数与R包
形式参数与实际参数()前面的部分，例如seq()形式参数：from， to， by，作者设计，可省略实际参数: 3，21，3，使用者根据实际情况做改动写函数的函数function()函数名称：jimmy，a/b/m：形式参数，2：m这一参数的默认值；函数功能：（a+b）^m使用：逻辑是（1+2）^2写函数应用：例：画很多很多图。
2024-03-09 10:41:43
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原创 学习笔记Day3：数据框、矩阵和列表
要经常检查代码生成的结果，警惕不报错的错误向量：一维表格：二维列表：三维判断数据结构：class()或is族函数判断，或根据其生成的函数来判断。
2024-03-08 00:12:47
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原创 学习笔记Day1：R及Rstudio基础
R语言：一个统计学软件， 作为工具使用。Rstudio：一个集成控制平台，让R更好看的图形界面。核心：用函数处理数据，遇到一个需求时思考两步：1.使用什么R包，2.输入什么格式的数据。
2024-03-05 10:45:48
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空空如也
空空如也
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