fortran安装_WRF-CMAQ最详细安装教程

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首先进行环境测试

• which gfortran
• which cpp
• which gcc

进行上述操作之后会显示库的位置即可

cd TESTS 创建一个测试文件夹

下载fortran 和 c 语言的测试包 测试环境

https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/OnLineTutorial/compile_tutorial/tar_files/Fortran_C_tests.tar

将下载好的文件上传至TESTS目录下

执行一下操作

Test #1: 测试1Type the following in the command line: 输入如下命令

gfortran TEST_1_fortran_only_fixed.f

Now type:

./a.out

The following should print out to the screen: 显示下行则测试成功

SUCCESS test 1 fortran only fixed format

Test #2: Free Format Fortran: TEST_2_fortran_only_free.f90测试2Type the following in the command line:输入如下命令

gfortran TEST_2_fortran_only_free.f90

and then type:

./a.out

The following should print out to the screen: 显示下列字符则测试成功

Assume Fortran 2003: has FLUSH, ALLOCATABLE, derived type, and ISO C Binding
SUCCESS test 2 fortran only free format

Test #3: C: TEST_3_c_only.c 测试3Type the following in the command line: 输入如下命令

gcc TEST_3_c_only.c

and then type:

./a.out

The following should print out to the screen: 测试成功

SUCCESS test 3 c only

Test #4: Fortran Calling a C Function (our gcc and gfortran have different defaults, so we force both to always use 64 bit [-m64] when combining them): TEST_4_fortran+c_c.c, and TEST_4_fortran+x_f.f90 测试4Type the following in the command line:输入如下命令

gcc -c -m64 TEST_4_fortran+c_c.c

and then type:

gfortran -c -m64 TEST_4_fortran+c_f.f90

and then:

gfortran -m64 TEST_4_fortran+c_f.o TEST_4_fortran+c_c.o

and then issue:

./a.out

The following should print out to the screen: 测试成功

C function called by Fortran
Values are xx = 2.00 and ii = 1
SUCCESS test 4 fortran calling c

测试5、6、7

Test #5:csh In the command line, type:

./TEST_csh.csh

The result should be:

SUCCESS csh testTest #6:perl In the command line, type:

./TEST_perl.pl

The result should be:

SUCCESS perl testTest #7:sh In the command line, type:

./TEST_sh.sh

The result should be:

SUCCESS sh test

3 库的安装

由于CMAQ本身部分代码由icc编写、故安装包需要安装两种编译器的版本。

所有库安装版本如下

在自己电脑下载安装包之后上传至服务器即可

3.1 gcc编译库的安装

加载gcc模块（统一安装库的gcc版本）

设置库的安装路径

module load gcc

export DIR=$PATH

库的安装依照如下顺序，可以给每个库分别创建文件夹存储

1 zlib的安装

解压：tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz

进入解压目录，命令：./configure --prefix=$DIR

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

2 png的安装

解压：tar -zxvf libpng-1.6.37.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

3 jasper的安装

解压：tar -zxvf jasper1.900.1.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

4 hdf5的安装

解压：tar -zxvf hdf5-1.10.4.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR --with-zlib=$DIR/lib

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

5 netcdf的安装

先安装c再安装fortran

c

解压：tar -zxvf netcdf-c-4.7.3.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR LDFLAGS=-L$DIR/lib CPPFLAGS=-I$DIR/include --disable-dap --enable-netcdf-4

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

Fortran

解压：tar -zxvf netcdf-fortran-4.4.4.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR CPPFLAGS=-I$DIR/include LD_LIBRARY_PATH=$DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH LDFLAGS=-L$DIR/lib

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

6 Mpich安装

解压：tar -zxvf mpich3.3.2.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure prefix=$DIR/mpich

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

3.2 icc编译库的安装

Icc建议使用自己单独的intel编译器（防止版本问题导致错误）

设置变量

export CC=icc

export CXX=icpc

export FC=ifort

export DIR=$PATH

1 zlib的安装

解压：tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz

进入解压目录，命令：./configure --prefix=$DIR

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

2 png的安装

解压：tar -zxvf libpng-1.6.37.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

3 jasper的安装

解压：tar -zxvf jasper1.900.1.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

4 hdf5的安装

解压：tar -zxvf hdf5-1.10.4.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR --with-zlib=$DIR/lib

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

5 netcdf的安装

先安装c再安装fortran 参考 https://www.cnblogs.com/fsquared/p/3804863.html

c

解压：tar -zxvf netcdf-c-4.7.3.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR LDFLAGS=-L$DIR/lib CPPFLAGS=-I$DIR/include --disable-dap

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

Fortran

解压：tar -zxvf netcdf-fortran-4.4.4.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure --prefix=$DIR CPPFLAGS=-I$DIR/include LD_LIBRARY_PATH=$DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH LDFLAGS=-L$DIR/lib

编译，命令：make

编译检查 make check （存在异常可跳过直接install）

安装，命令：make install

6 Mpich安装

解压：tar -zxvf mpich3.3.2.tar.gz

进入解压目录，配置ruby安装参数，命令：./configure prefix=$DIR/mpich

编译，命令：make

编译检查 make check

安装，命令：make install

7 ioapi安装

参考 http://blog.sciencenet.cn/blog-2733016-1108689.html

解压ioapi文件至$DIR/ioapi-3.2 下

cp Makefile.template Makefile

修改ioapi-3.2目录下的Makefile

在ioapi-3.2/iopai 以及 ioapi-3.2/m3tools 下均复制makefile文件

cd ioapi

cp Makefile.nocpl Makefile

cd ../m3tools

cp Makefile.nocpl Makefile

cd .. #切换到ioapi-3.2目录下

export BIN=Linux2_x86_64ifort

mkdir $BIN #创建Linux2_x86_64gfort，目录位于ioapi-3.2目录内

cd $BIN #进入文件夹

cp $DIR/lib/lib* ./ #将库拷贝至该处

cd .. #切换到ioapi-3.2目录下

make configure

make

make instal

安装之后将Linux2_x86_64ifort下的文件全部复制到ioapi-3.2/ioapi下

之后调用ioapi就直接调用 ioapi-3.2/ioapi

至此 库已全部安装完毕

4 WRF的安装以3.9.1为例

设置如下命令
module load gcc

ulimit -s unlimited

ulimit -l unlimited

export DIR=$PATH

export INCLUDE=${DIR}/include:${INCLUDE}

export PATH=${DIR}/bin: ${PATH}

export LD_LIBRARY_PATH=${DIR}/lib: ${LD_LIBRARY_PATH}

export NETCDF=$PATH/lib-gcc

export JASPERLIB=$PATH/lib

export JASPERINC=$PATH/include

export WRFIO_NCD_NO_LARGE_FILE_SUPPORT=1

export WRF_EM_CORE=1

可以将如下命令存储为.sh文件每次调用即可

调用命令 source setenv-gcc.sh

解压 tar –zxvf WRFV3.9.1TAR.gz

进入解压文件夹 cd WRFV3

清除之前的安装文件 ./clean –a

查看配置文件 configure.wrf

执行配置 ./configure

根据自己的配置选择

配置之后编译即可

./compile em_real>& compile.log

可以在compile.log中查看编译的错误

在main的目录下可以看到ndown.exe, real.exe, tc.exe, wrf.exe

即编译成功

5 WPS的安装以3.9.1为例

同样需要wrf时用到的变量 通过source加载

解压 tar –zxvf WRSV3.9.1TAR.gz

进入解压文件夹 cd WPS

清除之前的安装文件 ./clean –a

查看配置文件 configure.wps 配置如下 具体路径自行修改

./compile >& compile.log

如果编译成功，最后会在WPS代码根目录得到以下三个程序链接，

geogrid.exe -> geogrid/src/geogrid.exe

ungrib.exe -> ungrib/src/ungrib.exe

metgrid.exe -> metgrid/src/metgrid.exe

至此wps编译完成

7 CMAQ的安装及使用以5.2.1为例

先配置icc环境下的文件

module load icc

export LIBDIR=$PATH

export NETCDF=${LIBDIR}

export LD_LIBRARY_PATH=${LIBDIR}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

export INCLUDE=${LIBDIR}/include:${INCLUDE}

export PATH=${LIBDIR}/bin:${PATH}

export JASPERLIB=$PATH/lib

export JASPERINC=$PATH/include

export CC=icc

export FC=ifort

export CXX=icpc

2 获取 CMAQ5.2.1 安装包

git clone -b 5.2.1 https://github.com/USEPA/CMAQ.git 5.2.1

cd 5.2.1

设置 bldit_project.csh 脚本第 18 行

设置对应的cmaq路径

./bldit_project.csh #运行该脚本

修改config_cmaq.csh 文件

修改对应ioapi路径

csh #切换 csh 终端 直接输入csh

source config_cmaq.csh intel #选择 intel 编译器

ICON 编译

cd PREP/icon/scripts

设置 bldit_icon.csh 脚本第 68-78 行如下 #修改化学机制

./bldit_icon.csh intel

运行之后会报错 同时生成BLD_ICON_v52_profile_intel文件夹

进入该文件夹

make clean. #将刚才安装的清除掉

修改makefile

保存之后 在该文件夹下make即可

Bcon/CCTM 操作同理

Bcon 配置

Cctm 配置

MCIP 编译

cd ../../PREP/mcip/src

设置netcdf 48-56行 路径

设置Makefile 文件第 48-56 行如上

make #执行成功后会在 src 目录下生成 mcip.exe 应用程序

combine 编译

cd ~/5.2.1/POST/combine/scripts

./bldit_combine.csh intel #执行成功后会在 BLD_combine_v521_intel 目录下生成

combine_v521.exe 应用程序

CMAQ5.2.1 安装完毕