c++读出像素矩阵_Python传numpy矩阵调c++（求3D图像连通区域）

Python有很多种调c++的方法，有的复杂有的简单，有时使用的时候反而不知道到底该用哪一种比较好，其实没有最好的方法，只有适合不适合自己。本文从我所遇到的问题说起，然后讲述另一种比较简单的python调c++并且传参numpy矩阵的方法。该方法调用的是python自带的ctypes库，所以使用该方法不用安装或配置任何地第三方库。

背景

之前项目遇到一个问题，求二值图像连通区域，对于一般的图像其实很简单，opencv有函数可以直接调。但是我要处理的是一个3D图像，opencv没有求3D图像连通区域的函数，所以只能自己写算法实现。该算法的核心思想是使用深度遍历来判断有多少像素点是连通的，所以，看到遍历两个字那python就肯定得排除了，所以就选择了c++。

从工程上来看，我的问题可以简单描述为：python环境下有一个numpy矩阵，以及若干参数，现需要传递给c++程序计算，然后返回一个新的numpy矩阵或者直接修改原始numpy矩阵。

然后，我开始思考我到底该使用哪种方式调c++，我也调研了一些方法，在此不一一列举，总的来说，它们的缺点是：额外学习成本相对较高、得另外安装软件或库支持（例如boost）、调试起来各种奇怪的错误等等。再加上我使用的Linux服务器我并没有sudo权限，故更加限制了这些方法的使用。这些方法或许很强大，但是我的要求很简单，只要能实现我上述的要求即可，于是我开始把目光转向ctypes。

解决方案

Python使用ctypes调c++很简单，网上有一堆相关教程，但这些教程中传递的参数基本都是int、float等等一些最基本的类型，而我现在要传的是一个很大的numpy矩阵，该怎么办？

我仔细研究了一下，发现可以通过ctypes传指针，而且numpy矩阵的指针也可以得到，惊喜。

利用ctypes，numpy矩阵的指针可以这样得到：

p 

于是我想，把numpy指针和numpy的shape信息传递过去不就相当于把整个numpy传递过去了吗？比如src是一个10*10的矩阵，指针为p，那么在c++中是不是就可以使用p[x][y]来定位具体的元素了？

想法是美好的，c++中可以使用p[x][y]的前提是p一个指针的指针，具体来说应该是int**类型的，而事实是p仅仅只是一个指针，是int*类型的，故，此思路行不通。

转念又一想，既然它是int*类型，那我就p[x]这样来取值，就把它当成一个一维数组，于是成功。

那么现在问题来了，本来numpy矩阵是多维的，怎样跟一维数组对应呢？对，很简单，就是把多维的矩阵拉成一维的即可，相当于numpy的一个函数reshape，想想reshape成一维的之后元素是怎样跟之前对应的，就是这个对应关系。

比如一个二维矩阵shape为（10,20），那么其中的（i，j）点对应到一维数组里面的坐标就是i*20+j，三维矩阵道理相同。

至此，关键问题解决了。

后续思考

速度问题

现有这样一个任务：三维矩阵所有元素值加一，用遍历方法实现。我们分别使用两种方法来实现并且对比速度，1，纯python实现；2，c++实现，使用刚刚的方法调c++。

c++代码如下（demo.cpp）：

#include 

python代码如下（main.py）：

import 

然后使用下面命令编译成动态链接库：

=c++11 -shared -fPIC demo.c

最后运行main.py，结果如下：

(10, 512, 512)
c++   :  0.009840011596679688
python:  7.284840822219849

可见速度差别之大。

内存连续问题

可能有小伙伴已经想到了，该方法可行的另一个重要前提是numpy矩阵所有元素在内存中必须是连续的，若不连续肯定会出错。但是有时候我们传递的numpy矩阵可能就是不连续的，那该怎么办？很简单，仅仅只需改变一下传递姿势。

还拿刚才的例子举例，还是元素自加一，但是为了方便展示，我们把numpy矩阵改为二维的。首先创建一个10*10的值为1的二维矩阵m0，然后只取其左上角5*5的一部分m，可以看出m肯定是不连续的，现把m传参测试，python代码如下：

def 

结果：

(5, 5)
[[2 2 2 2 2 2 2 2 2 2]
 [2 2 2 2 2 2 2 2 2 2]
 [2 2 2 2 2 1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1 1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1 1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1 1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1 1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1 1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1 1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1 1 1 1 1 1]]
[[2 2 2 2 2]
 [2 2 2 2 2]
 [2 2 2 2 2]
 [1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1]]

可以看出，m0和m的值都被改变了，m的值并没有全部改变，只改变了一部分，而且m0刚好前5*5=25个值改变了，这说明了m并不是深拷贝，它仍然和m0共用一块内存空间，c++处理的时候只会连续着处理，所以只改变了连续空间的这一段长度为5*5的值。

当然，解决方法很简单，只需不让它们共用一份内存重新拷贝一份即可。上述第三行修改为：

m 

或：

m 

即可。

写在后面

前面已经说过，没有最好的方法，只有最适合自己的。我认为这种方法足够简单高效，前提是它能满足你的需求，比如类似传numpy矩阵这种。

对了，还有一点需要注意的地方，就是一定要保证numpy元素的数据类型跟c++中的一致，比如一个numpy的dtype为np.uint8，在c++中却使用int*，那肯定会出错，可以先使用astype函数把数据类型转成一致，然后再调c++。

还有，我本来要解决的问题是3D图像的连通区域求解，现已实现，速度贼快，感兴趣的小伙伴可以评论区回复。