dtree 不显示树结构_Cytoscape可视化物种分类树结构

Cytoscape可视化物种分类树结构 前两天偶然看到了这样一张图，听群友说这是 Cytoscape 调出来的效果，就想试一试。 折腾一番后，发现这个图的工作量貌似蛮大的 。因此本篇就只是概括了一下大致的过程，包括如何准备输入数据，以及在Cytoscape可视化时大致上要点击哪些按钮等，并未仔细琢磨成品图。所以，下文略显粗糙，大家有兴趣就看吧……

这其实是个物种分类树，代表的微生物分类。从高级分类水平(界，细菌和真菌)的根节点开始，依次往低分类层级(门纲目科属等)延伸，逐渐形成分支，末端节点应该是OTU或者种水平。因此，分支呈簇状展示，分支的颜色主要按门水平着色，将衍生自同一类门的微生物分支赋值相同的颜色。节点的大小应该对应了微生物的丰度，而节点的颜色主要有两种，猜测红色代表了一些重要的微生物，白色是不重要的。图中文字部分则标识了主要的微生物门所含的节点数量，以及这些微生物的总丰度占比。

好吧，其实白鱼同学并不知道这是来自哪篇文章的插图，不清楚它的任何细节，包括其具体的指代信息以及作者试图表达的意义等，上一段文字纯粹是看图瞎猜的……又懒得问其来源，那就按照这种理解去模仿吧，反正只是随手画个图嘛，不要在意那么多细节。

   

准备数据

示例数据和预处理R代码的百度盘链接(提取码，sf9f)：

https://pan.baidu.com/s/1nS402FLH3lQu8CNq6JjEsA

网盘附件“otu.txt”如下所示，以OTU的丰度为主，后面跟上这些OTU所属的界门纲目科属分类。需要事先把一些注释不明确的物种提前去除(比如unidentified、unknown、others等)，否则导致了一些分类关系混乱。然后将它读到R中，整合各个分类水平的包含关系，即上一级分类和下一级分类的对应列表用作边列表，并统计共计多少分类类型及其丰度用作节点列表。