python分子化学模拟_#分子模拟#MDTraj分子模拟python包（一）

MDTraj是分子动力学模拟的一个python包，相对于MDAnalysis个人觉得操作性更强，更加Python范一些。其能够进行不同模拟软件的轨迹转换，常规计算，分析等等一体化。今天我们介绍其安装方法和简单使用。

官方地址:点击进入

安装方法

推荐使用conda安装mdtraj.

$ conda install -c conda-forge mdtraj

同样也可以使用pip来安装mdtraj

测试安装

运行测试是一个非常好的方法来认证工作，测试套件采用nose，如果还没有安装可以使用pip来进行安装

pip install nose

运行测试命令如下

nosetests mdtraj -v

例子

这段文字提供一系列的例子，资源和代码来帮助使用mdtraj

如果是通过编译安装的mdtraj可以进入path-to-mdtraj/examples查看，如果是一键安装，可以通过Github进行查看，其为Ipython notebook格式。

1. MDTraj介绍

首先从硬盘中加载轨迹，MDTraj会自动的使用最合适的方式加载不同的文件格式。

import mdtraj as md

t=md.load('trajectory.xtc',top='trajectory.pdb')

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