分子模拟软件amber_[gromacs使用教程] 基于amber力场模拟蛋白小分子复合物

最新推荐文章于 2023-08-03 10:11:36 发布
最新推荐文章于 2023-08-03 10:11:36 发布
阅读量1.7k 收藏 9
点赞数
文章标签： 分子模拟软件amber
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_39586395/article/details/111336019
版权

祥请参考官网教程，使用其中的mdp参数文件(均100ps)，案例只考虑模拟顺利，暂不考虑合理性。

平台：windows

软件：gaussina16, ambertools, gromacs2019.6, notepad++, spdbv4.10

蛋白文件：4w52.pdb(配体选用EPE)

小分子amber力场及坐标文件构建

参考本公众号的案例

蛋白的修复

使用Notepad++删除小分子，水，保存文件为4w52_clean.pdb

使用spdbv4.10补全丢失原子

直接用spdb4.10打开4w52_clean.pdb文件即可补齐原子，并保存为4w52_all.pdb文件。

**该步骤没有补全丢失的氨基酸，可以使用MOE通过同源模建构建蛋白(参考本公众号教程)，再经过autodocktools对接即可**

蛋白amber力场及坐标文件构建

使用AMBER99SB-ILDN力场

gmx pdb2gmx -f 4w52_all.pdb -o 4w52.gro -ignh -water tip3p

该步骤得到4w52.gro, posre.itp和topol.top文件

07ec7b39a73bb622eab56f3b44f902fb.png

上述为文件中的文件&#

最低0.47元/天 解锁文章
weixin_39586395
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 9
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19)
01-08
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19) AMBER是著名的老牌开源分子动力学模拟软件，最新版本是AMBER19（但是19版本的并行模拟模块还没公布，只有AmberTools19）如果需要并行计算可以下载编译18版本 由于...
基于amber分子动力学: 蛋白质-蛋白质亲和力计算实作范例
05-15
基于amber分子动力学是指使用AMBER（Assisted Model Building with Energy Refinement）分子动力学模拟software来研究蛋白质-蛋白质亲和力的计算实作范例。AMBER是美国国立卫生研究所（NIH）开发的一款分子动力学...
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
MurphyStar的博客
10-08 4020
基于Amber和Gromacs的“小分子-蛋白质”分子模拟
jar命令打包以及类加载
weixin_45273750的博客
08-30 802
jar jar打包命令 把当前目录中的Hello.class打到hello.jar这个jar包中 jar -cvf hello.jar Hello.class 把当前目录下的Hello.class 以及 World.class打到hello.jar这个jar包中 jar -cvf hello.jar Hello.class Word.class 把当前目录下的所有的class打到hello.jar这个jar包中 jar -cvf hello.jar *.class 把当前目录下的bin文件夹里面的所有
JAR文件探秘
乐只悠悠
03-17 1088
JAR文件是什么   JAR文件是基于ZIP压缩格式的文件格式，用于将JAVA class、META-INF和jar lib等文件压缩为一个JAR文件。与ZIP文件不同的是，JAR文件不仅用于压缩和发布，还用于部署和封装库、组件和插件程序，并且可以被JVM直接使用。   JAR文件可以通过命令行jar工具创建（jar cvf），也可以使用java.util.jarJava平台中的API创建。JAR文件的名称没有限制。 JAR文件使用场景 用于发布和使用类库； 用于程序的扩展部分； 作为程序辅助资源的存在。
java ： java -jar,java -cp,jar cvf 命令详解
z425955498的博客
12-22 1万+
jar cvf ./main.jar ./ 将当前目录下的所有文件打成jar包，jar包名为main.jar(放在工作目录下) java -jar  *.jar param1 param2 运行jar包，会自动到 jar 包中查询mainfest中定义的启动类并运行  param1，param2 为main方法的参数可不填 java -cp lib/*;etc/ com.
输入 jar cvf 后指令提示‘jar‘ 不是内部或外部命令，也不是可运行的程序
皮皮虾的博客
07-17 747
我输入where java的时候也是打印的C:\Program Files\Common Files\Oracle\Java\javapath，于是删掉这个变量后 cmd到要打包的文件夹下，输入命令。一堆说jdk系统环境配置的文章，我都看哭了，还好有这位老兄拯救了我！，于是终于得到了jar包啦~看见这一堆打印就对了。
JAR 打包命令详解
热门推荐
12-09 2万+
转自：Matrix-与Java共舞 常常在网上看到有人询问：如何把 java 程序编译成 .exe 文件。通常回答只有两种，一种是说，制作一个可执行的 JAR 文件包，就可以像.chm 文档一样双击运行了；而另一种回答，则是使用 JET 来进行编译。但是 JET 是要用钱买的，而且，据说 JET 也不是能把所有的 Java 程序都编译成执行文件，性能也要打些折扣。所以，使用制作可执行 JAR 文件
基于amber分子动力学: 蛋白质-抑制剂亲和力计算实作范例
05-15
amber分子动力学是一种常用的分子模拟方法，能够模拟蛋白质和小分子的相互作用，计算蛋白质-抑制剂的亲和力。 在药物设计中，蛋白质-抑制剂的亲和力计算是一个关键步骤。 amber分子动力学可以模拟蛋白质和抑制剂...
分子模拟简介:包含简易实践amber分子动力学计算方法
05-15
包含简易实践amber分子动力学计算方法
JAR文件包及jar命令详解
10-02
JAR文件包及jar命令详解:java的打包文件的过程，方法，和用途的详细解释。
JAR命令详解
05-18
JAR命令详解 当你编译好java程序后怎么手动打包呢，这里介绍了一些jar打包的命令
LAMMPS软件与分子模拟的实现.ppt
11-12
LAMMPS软件与分子模拟的实现 LAMMPS是一款广泛应用于分子模拟的软件，具有强大的模拟能力和灵活的编程接口。下面是关于LAMMPS软件与分子模拟的实现的详细知识点： 一、常用模拟软件 在分子模拟领域中，有多种软件...
使用java中jar命令打包war包
qq_41236057的博客
10-27 3587
1.使用cmd命令进入doc命令窗口 2.进入要打包的文件夹 3.输入命令 jar -cvf 包名称.war filenames 4 4.等待执行完成
java 打jar包 （JAR命令）
西京刀客
04-07 3750
JAR命令 JAR命令参数： -c：创建一个jar包 -t：显示jar中的内容列表 -x：解压jar包 -u：添加文件到jar包中 -f：指定jar包的文件名 -v：生成详细的报造，并输出至标准设备 -e：为捆绑到可执行jar文件的独立应用程序指定应用程序入口点 -m：指定manifest.mf文件.(manifest.mf文件中可以对jar包及其中的内容作一些一设置) -0：产生jar包时不对其...
Jar 命令中Manifest.mf文件详解
csdner999的专栏
09-12 1万+
1.在命令行中输入“jar -help”，就k可看到jar的详细用法了。 2.示例：    1）将两个class文档归档到一个jar文件中：jar -cvf  XX.jar  A.class B.class    2 )使用清单文件Manifest.mf将dir目录下的所有文件归档到一个jar中：jar -cvfm   XX.jar  Manifest.mf dir/*       man
分子动力学（二）-成键相互作用
weixin_43395957的博客
02-16 5027
分子力场的基本模型 公式中，前一部分三项为成键相互作用 bands为（有键相连的两个原子之间）键长，对应于键伸缩能 angles为（三个原子之间形成）键角的函数， tasians为（用cos函数描述二面角扭转的）扭转角； 后一部分两项为非键相互作用相互作用表示对体系中所有原子的一个遍历， 第一项表示非键相互作用中的范德华作用， 第二项表示静电相互作用 在进行分子动力学时需要面向需求选择合适的力场，对复杂的，精度要求很高而不太关注计算量的情况下使用高精度的分子力...
jar命令的安装与使用
最新发布
喜羊羊love红太狼
08-03 2176
jar命令替换文件
amber基础操作命令及实例
iiiridescent的博客
02-21 2048
amber（按官网教程）命令及实例
如何利用Amber Tools 22做对多胺的分子动力学模拟
03-26
以下是使用Amber Tools 22进行多胺分子动力学模拟的步骤： 1. 确定目标多胺的化学结构。 2. 制备输入文件：通常需要准备一个包含目标多胺结构的PDB文件，并使用ambpdb工具将其转换为Amber格式： ``` ambpdb -p input.pdb > input.prmtop ``` 其中，input.pdb为目标多胺结构的PDB文件，input.prmtop是输出的Amber格式拓扑文件。 3. 生成分子动力学模拟系统：使用tleap工具生成分子动力学模拟所需的所有输入文件： ``` tleap -f leap.in ``` 其中，leap.in文件包含以下内容： ``` source leaprc.protein.ff14SB #加载力场参数 source leaprc.water.tip3p #加载水分子参数 addions mymol Na+ 0 #添加离子，以平衡系统电荷 solvatebox mymol TIP3PBOX 10.0 #用水盒子包围系统，水盒的边界至少与分子中最远的原子相差10 Å savepdb mymol.pdb mymol #保存包含离子和水分子的PDB文件以及模拟系统的prmtop和inpcrd文件。 saveamberparm mymol mymol.prmtop mymol.inpcrd quit ``` 其中，mymol为自定义的系统名称。 4. 进行分子动力学模拟：使用pmemd或sander工具进行分子动力学模拟： ``` pmemd -O -i md.in -p mymol.prmtop -c mymol.inpcrd -o mdout -r md.rst ``` 其中，md.in为模拟输入文件，-p指定模拟系统的prmtop文件，-c指定初始结构的inpcrd文件，-o指定模拟输出文件，-r指定模拟结束后保存的结构文件。 5. 分析模拟结果：使用模拟输出文件进行模拟结果分析，例如分析能量、轨迹、结构变化等。 以上是利用Amber Tools 22进行多胺分子动力学模拟的一般步骤，具体操作需要结合实际情况和目标来进行调整。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值