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RSS订阅原创 国科大毕业论文模板报错 Package ctable Error: You must load ctable after tikz.设置在 VS Code 上使用 xelatex 编译解决
写论文时用本地vscode（版本1.77.3）编译latex，插件是LaTeX Workshop （版本v9.18.2）。发现报错Package ctable Error: You must load ctable after tikz。
2024-03-03 17:00:24
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原创 Chimera对齐两个pdb坐标
保存4xuf的匹配结果，然后从pdb文件里截取需要的一部分即可。我需要4xuf上的一个配体分子，所以选择匹配的是。首先加载两个pdb文件如下。，选择参考结构是原始。
2022-08-15 16:54:10
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原创 chimera添加氨基序列
之后界面需要修改如下下面几处，将1处的target改成你想要生成的序列（比如我的是S），2处修改成同源建模的比对序列(原始蛋白1rjb)，3处需要填写你申请的license key，注意这里需要的是Modeller的license,可以在。保存界面：1.选择想保存的路径，2.选择保存文件的命名，3.选择保存模型，4.选择保存方式(如图为选择分别保存而不是整合成一个)，5.选择保存方式（这里我需要用AMBER）所以选择了AMBER，之后选择。姓名机构什么的瞎填就行，但是邮箱一定要填对，之后会发给你序列号。..
2022-08-12 20:24:53
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原创 使用并行可微模拟加速策略学习
ACCELERATED POLICY LEARNING WITH PARALLEL DIFFERENTIABLE SIMULATION 全文翻译我其实读的不是很懂，刚刚接触RL很多名词不知道什么意思怎么翻译。这是个翻译作业，和我一样英语不太好的同学可以用这个省去一些阅读障碍；也作为抛砖引玉，有想法的同学可以继续加强译文质量，省去挺多翻译上不必要的麻烦。通篇机翻+自己阅读修改关键处。word资源https://download.csdn.net/download/weixin_43395957/8579060
2022-06-27 02:01:58
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原创 amber的安装和使用
目录一、基础环境二、安装ambertools本文参考：https://blog.csdn.net/qq_33953882/article/details/113995531https://drugai.blog.csdn.net/article/details/103456040Amber18安装（非root用户）_Code Wang的博客-CSDN博客_amber18安装一、基础环境1.初始环境情况Ubuntu 18.04.5 LTS (GNU/Linux 5.4.0-81
2022-02-23 22:16:23
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原创 分子动力学（一）-定义与理解
目录分子动力学的定义有限差分方法分子动力学的定义首先介绍分子动力学的定义，也就是分子动力学在研究什么。如图提供了两种对分子动力学的定义方式。第一种方式是一个分子动力学模拟相对正式的说法：给一定体系的牛顿运动方程，对于这个运动方程进行数值积分。用形象的语言描述就是按照特定的规则（统计热力学玻尔兹曼分布）给模拟对象各个粒子赋予起始位置和速度（粒子指构成分子原子），这其中符合玻尔兹曼分布的是各个粒子的起始速度。之后要模拟对象遵循力学规律进行运动。这种遵循规律的运动其实就是牛...
2022-02-20 00:10:51
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原创 分子动力学（四）-运动方程与积分方法
我们上一集的视频给大家介绍了对于静电式的这个静电相互作用描述方法里面的这个多久中心多级展开，然后辅导方式，那么在这种描述方式里面我们提到了最低飞行区的概念，那我们说最低费用就是从零级到二级，呃，就是二级啊，四级，八级，16级，这样一次的去提升。那么我们说顶几句是比较好理解的一个分子带的电荷，那它就有它的这个最低非常，这可能就是零几句，就是带电荷。那么我就越越好了一些一个重点和中心，负点和中心，那么到四级，八级以及更高级的这个这个多级电机的话，看起来就不那么好理解了，那么我们这一次的视频就给大家简单的介绍一下
2022-02-20 00:09:59
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原创 分子动力学（三）-非键相互作用
目录点电荷法中心多极展开偶极矩四极矩上一篇讲了成键相互作用里面的键长键角和二面角，常见的势函数的函数形式，以及常见amber力场里面所采取的这些函数形式的优点和缺点。下面是非键相互作用的常见的力函数的组分组成成分以及函数在amber中所选择的具体形式和他们优缺点。分子动力学中的非键相互作用主要是两大类，一部分是静电相互作用，另一部分是范德华相互作用。其中静电相互作用形势和物理模型是相对比较清楚，而范德华相互作用的物理模型相对模糊。上图展示的是静...
2022-02-19 01:21:45
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原创 分子动力学（二）-成键相互作用
分子力场的基本模型公式中，前一部分三项为成键相互作用bands为（有键相连的两个原子之间）键长，对应于键伸缩能 angles为（三个原子之间形成）键角的函数， tasians为（用cos函数描述二面角扭转的）扭转角；后一部分两项为非键相互作用相互作用表示对体系中所有原子的一个遍历，第一项表示非键相互作用中的范德华作用， 第二项表示静电相互作用 在进行分子动力学时需要面向需求选择合适的力场，对复杂的，精度要求很高而不太关注计算量的情况下使用高精度的分子力...
2022-02-16 23:44:14
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原创 本地无法远程连接服务器使用jupyter notebook
先上图：但是这样并不是因为我的服务器jupyter出了问题：注意此处端口10002是因为这是我其中的一个实验时发给同学的截图，我不想再重复做了。这图仅说明我的jupyter是正常的，为此我还借同学的电脑，用自己的平板分别试了一下，均可正常使用。说明服务器是正常没有问题的，那么问题一定出现在自己的电脑本地。然后发现127.0.0.1虽然能够ping通，但是在浏览器访问时仍然拒绝，上网找到了这篇博客https://www.cnblogs.com/rulasann/p/9442420.ht..
2021-11-17 14:30:08
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空空如也
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