java 矩阵运算_java矩阵计算及其在统计中的应用（一）

该文介绍了java colt和commons-math3的一些矩阵计算API，并且使用colt库简单实现了基于法方程组法的最小二乘法，结构方程模型的梯度下降参数估计，广义混合效应模型(多层广义线性模型)的MCMC参数估计，实现和测试代码链接inuyasha11/stats

java矩阵计算概况

因为项目迁移需求，需要用java编写一些统计计算库。上网搜索了几个java矩阵库，找到了两个主流的，colt和commons-math3，colt库是CERN(欧洲核子研究组织)主导开发的，上次更新好像是10年前(？)，所幸代码能支持java8，commons-math3一看名字就知道，系出apache软件基金会，里面除了矩阵库，还有其他的数学和统计方法，例如kmeans，遗传算法。这个两个库尝试了之后发现，真是难用，除了因为java缺乏操作符重载外，这两库API太少，很多轮子需要自己造，同时单线程速度也比底层调用blas，lpack的那些C++、python库慢，唯一的优点是纯java，可以很方便的多线程开发和后端系统对接，但是现在都搞微服务，谁还把计算模块嵌入业务模块啊。不过既然尝试，咱也写写使用介绍和心得吧，重点介绍下colt，稍微介绍下commons-math3。

矩阵构造

colt和commons-math3均支持两种形式的矩阵构造，dense矩阵和稀疏矩阵

对于dense矩阵，colt的实现是一维数组，commons-math3是二维数组，当矩阵元素大于4096的时候，commons-math3的dense矩阵工厂方法会创建BlockRealMatrix实例，BlockRealMatrix顾名思义，就是将矩阵分块存储，所以BlockRealMatrix虽然也是二维数组实现，但是数组的第一个索引仅仅是分块矩阵索引，第二个索引才是矩阵元素索引，本质上变成了和colt一样的一维数组实现。

对于稀疏矩阵，colt提供了稀疏矩阵类SparseDoubleMatrix2D，其存储矩阵元素的elements属性是一个hashmap，为了节省内存，colt自己实现了一个基于开放寻址方法的hashmap，在这个hashmap中，键为int类型，是矩阵的元素索引，值为double类型，是矩阵的元素值。当对稀疏矩阵set元素值的时候，如果元素值为0，则从hashmap中删除该元素的索引，若不为0，则在hashmap中存储键值对(索引，元素值)，commons-math3的稀疏矩阵实现形式与colt类似，就不多赘述了。

colt和commoms-math3均支持通过传入矩阵的行数和列数构造初始化元素为0的矩阵

colt代码

import cern.colt.matrix.DoubleMatrix2D;

import cern.colt.matrix.impl.DenseDoubleMatrix2D;

DoubleMatrix2D mat = new DenseDoubleMatrix2D(3, 4);

System.out.println(mat.toString());

commons-math3代码

RealMatrix mat = new Array2DRowRealMatrix(4,4);

也可以通过传入二维数组构造矩阵

colt代码

double[][] matData = { {1d, 2d, 3d}, {4d, 5d, 6d}, {7d, 8d, 9d}};

DoubleMatrix2D mat = new DenseDoubleMatrix2D(matData);

System.out.println(mat.toString());

commons-math3代码

double[][] matData = { {1d, 2d, 3d}, {4d, 5d, 6d}, {7d, 8d, 9d}};

RealMatrix mat = new Array2DRowRealMatrix(matData);

也可以通过工厂模式创建矩阵实例

colt代码

DoubleFactory2D F = DoubleFactory2D.dense;

F.make(4,4);

这个工厂类还包含一些很有趣的静态方法，例如创建随机元素矩阵的方法random，合并两个矩阵的appendColumns方法和appendRows方法

DoubleFactory2D F = DoubleFactory2D.dense;

DoubleMatrix2D mat1 = F.random(10, 5);

DoubleMatrix2D mat2 = F.random(10, 3);

DoubleMatrix2D mat3 = F.appendColumns(mat1, mat2);

System.out.println(mat3);

commons-math3代码

RealMatrix mat = MatrixUtils.createRealMatrix(4, 4);

commons-math3的工厂方法会自动根据矩阵元素的大小创建Array2DRowRealMatrix类实例或BlockRealMatrix类实例，关于这两个类前面已经说明了一些情况，不多赘述了。

赋值和索引矩阵元素

colt

colt提供了get方法和getQuick方法读取矩阵中的单个元素值，还提供了set和setQuick方法设置矩阵中的单个元素值，get方法和getQuick方法的区别是get方法里加入了一些参数检查代码，set方法和setQuick方法同理，理论上getQuick和setQuick更快。

double[][] matData = { {1d, 2d, 3d}, {4d, 5d, 6d}, {7d, 8d, 9d}};

DoubleMatrix2D mat = new DenseDoubleMatrix2D(matData);

System.out.println(mat.get(0, 0));

mat.set(0, 0, 10d) ;

System.out.println(mat.get(0, 0));

commons-math3

commons-math3提供了getEntry和setEntry两个方法索引和赋值矩阵元素，内部实现和colt几乎一样

double[][] matData = { {1d, 2d, 3d}, {4d, 5d, 6d}, {7d, 8d, 9d}};

RealMatrix mat = new Array2DRowRealMatrix(matData);

double val = mat.getEntry(0, 0);

mat.setEntry(0, 0, val + 10d);

获得矩阵的行数和列数

colt代码

int rowSize = mat.rows();

int colSize = mat.rows();

commons-math3代码

int rowSize = mat.getRowDimension();

int colSize = mat.getColumnDimension();

复制矩阵

colt

在colt中，复制矩阵，只复制矩阵的形状，不复制元素，可以使用like方法

double[][] matData = { {1d, 2d, 3d}, {4d, 5d, 6d}};

DoubleMatrix2D mat1 = new DenseDoubleMatrix2D(matData);

DoubleMatrix2D mat2 = mat1.like();

System.out.println(mat2);

又复制矩阵的形状，又复制元素，可以使用copy方法

double[][] matData = { {1d, 2d, 3d}, {4d, 5d, 6d}};

DoubleMatrix2D mat1 = new DenseDoubleMatrix2D(matData);

DoubleMatrix2D mat2 = mat1.copy();

System.out.println(mat2);

commons-math3

commons-math3貌似只提供了copy方法，commons-math3的copy方法调用了System.arraycopy静态方法进行数组赋值

RealMatrix mat2 = mat1.copy();

矩阵赋值速度比较

运行100次取平均值，单位毫秒

矩阵乘法

colt