python输入格式_Python中Kruskal-Wallis测试的输入格式

我正在比较DNA中有关癌症患者和健康人群结构性断裂的区域.我试图对每个区域的中断次数进行Kruskal-Wallis检验(SciPy Stats),看看这两个分布之间是否存在差异.

我不确定Kruskal – Wallis的输入是否应该是数组(文档)或数组列表(互联网上的其他地方).

首先,我尝试了一个用于样本控制的数组,如下所示：

controls = ['1', '2', '3', '4', '5']

samples = ['10', '20', '30', '40', '50']

n=0

for item in controls:

array_item = np.array([item, samples[n]])

kw_test = stats.mstats.kruskalwallis(array_item)

print(kw_test)

n+=1

这给了我所有项目的以下输出：

(0.0, nan)

我也尝试转换数组中的各个数据点,然后运行KW测试.

controls = ['1', '2', '3', '4', '5']

samples = ['10', '20', '30', '40', '50']

n=0

kw_results = []

for item in controls:

array_controls = np.array([item])

array_samples = np.array([samples[n]])

kw_test = stats.mstats.kruskalwallis(array_samples, array_controls)

kw_results.append(kw_test)

n+=1

print(kw_results)

这给了所有比较(1.0,0.31731050786291404),即使我彻底改变了其中一个列表.

深入挖掘,我读到输入应该是一个数组列表,所以我认为只给出两个数据点(一个样本,一个控件)可能会导致'(0.0,nan)’,所以我也试过了.

controls = ['1', '2', '3', '4', '5']

samples = ['10', '20', '30', '40', '50']

list_ = []

n=0

for item in controls:

array_item = np.array([item, samples[n]])

list_.append(array_item)

n+=1

kw_test = stats.mstats.kruskalwallis(list_)

print(kw_test)

这给了我这个错误：

TypeError: Not implemented for this type

现在我不确定使用什么格式/类型,希望任何人都可以帮助我！