如何运行pbs linux,R编程 - 使用PBS在多节点linux集群上提交作业

我在多节点Linux集群上运行R. 我想使用脚本或批处理模式在R上运行我的分析,而不使用MPI或snow等并行计算软件.

我知道这可以通过划分输入数据来完成,使得每个节点运行不同的数据部分.

我的问题是我该如何解决这个问题呢？我不确定如何编写脚本代码.一个例子非常有用!

到目前为止,我一直在使用PBS运行我的脚本,但它似乎只在一个节点上运行,因为R是一个单线程程序.因此,我需要弄清楚如何调整我的代码,以便将人工分配给所有节点.

这是我到目前为止所做的事情:

1)命令行:

> qsub myjobs.pbs

2)myjobs.pbs:

> #!/bin/sh

> #PBS -l nodes=6:ppn=2

> #PBS -l walltime=00:05:00

> #PBS -l arch=x86_64

>

> pbsdsh -v $PBS_O_WORKDIR/myscript.sh

3)myscript.sh:

#!/bin/sh

cd $PBS_O_WORKDIR

R CMD BATCH --no-save my_script.R

4)my_script.R:

> library(survival)

> ...

> write.table(test,"TESTER.csv",

> sep=",", row.names=F, quote=F)

任何建议将不胜感激!谢谢!

-CC