python如何读取数据集_关于python：如何使用h5py读取仅具有数据集(无组)的HDF5文件？...

我有要使用Python模块h5py(在Python 2.7中)打开的HDF5文件。

当我有一个包含组和数据集的文件时，这很容易：

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4import h5py as hdf

with hdf.File(relative_path_to_file, 'r') as f:

my_data = f['a_group']['a_dataset'].value

但是，在目前的情况下，我没有团体。 只有数据集。 不幸的是，无论尝试什么，我都无法访问我的数据。 以下所有工作均不起作用(均因KeyErrors或ValueErrors中断)：

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9my_data = f['a_dataset'].value #KeyError

my_data = f['/a_dataset'].value #KeyError

my_data = f['/']['a_dataset'].value #KeyError

my_data = f['']['a_dataset'].value #ValueError

my_data = f['.']['a_dataset'].value #KeyError

如果没有解决方案，我可以将文件重新整理为一组。 确实似乎应该有解决方案，但是...

似乎h5py没有看到任何键：

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2f.keys()

[]

f.keys()包含什么？ 打印出来看看！

抱歉，我应该包括在内。 我得到一个空清单：[]

好吧，我怀疑您的HDF5文件实际上是否包含任何内容。 您是否尝试过使用h5ls或类似产品进行检查？ 也许您可以共享h5ls的输出，或者向我们显示生成HDF5文件的代码？

当我使用HDHView打开文件时可以看到数据，所以我在那里知道它。 在HDFView中，我可以使用[/ a_dataset]之类的语法选择每个数据集，但是在python h5py中不起作用。

您绝对肯定您检查了with hdf…块中的f.keys吗？

是的，我在运行代码时遇到错误，我随后在调试模式下以交互方式(带有和不带有" with")进行了尝试

那么，对我来说，最后一个选择是：您可以共享文件吗？

我无法分享，但非常感谢您的帮助！

我发现了这个问题，我认为这是h5py应该解决的问题。

问题(我最初忘记在问题中进行详细说明，现在进行了编辑)是我用相对文件路径打开了hdf5文件。 当我使用绝对文件路径时，一切运行正常。

可悲的是，这将导致我遇到麻烦，因为我的代码旨在在不同的机器上可移植地运行...

感谢gspr和jimmyb的帮助:-)

它的2019年，我可以确认问题尚未解决。 谢谢你的回答...

我认为这应该有效：

1f['.']['a_dataset']

您可以尝试执行以下操作：

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2dir(f['/'])

dir(f['.'])

可悲的是它对我没有用。 当我使用f.keys()时，我得到一个空列表。

对于所有这些选项，将返回空的键列表。 由于某些原因，没有群组成员资格...

这对我也不起作用。

当我使用相对路径时，它工作正常。

来写：

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4fileName ="data/hdf5/topo.hdf5"

with h5py.File(fileName, 'w') as f:

dset = f.create_dataset('topography', data = z, dtype = 'float32')

读取数据：

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2with h5py.File(fileName, 'r') as f:

my_data = f['.']['topography'].value