rstudio怎么安装ggplot2_R语言简介、安装、R包的安装问题、R的绘图函数概览、par()函数及plot()函数详解...

    

    本文1.4万字，内容涵盖：R语言简介、安装、R包的安装问题、R的绘图函数概览、par()函数及plot()函数详解。

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01

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R语言简介、安装和R包的安装问题

R语言简介

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  •  R是用于统计计算和统计制图的优秀工具(这方面不亚于Python)，其结果经常用于生物与医学的论文和研究报告中。

  •   在生物医学和经济学等领域，几乎你能找到的所有图形或统计检验，R都可以做。常见的有：

•  柱状图、韦恩图、箱线图(或叫盒型图、四分位数图)、热图、密度图和火山图等；

•  t检验、卡方检验和方差分析等。

•    R的其它特点：

•  R是一种可编程的语言；

•    所有R的函数和数据集是保存在程序包里面的(不断有人开发出新的包，实现新的功能)；

•   R具有很强的互动性(图片、表格、变量保存)。

•  R完全免费。

•   经常使用R语言5-10年，你可能会成为一个生物兼统计学家。

R程序(或叫软件)的安装

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•  R可以安装到Windows、Mac及Linux系统中。配合另一款软件(Rstudio)使用。

•   注意：所有的安装都选择“默认”安装(放心，不会导致电脑爆炸)，且安装路径中不能有中文。

•  像安装普通软件一样安装R(首次安装一定安装最新版，其对主流的R包的兼容性最强)，比如下面两个链接：

• https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/；

• https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-4.0.3-win.exe

•  像安装普通软件一样安装Rstudio，比如下面的几个链接：

• https://download1.rstudio.org/desktop/windows/RStudio-1.3.1093.exe；

• 百度搜索“Rstudio下载”；

• https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download(注意，你用的什么操作系统就下载哪个Rstudio)

•  R和Rstudio都安装后一般不再使用R。只用Rstudio(自动调用了R程序，如果没有调用请设置：Tools——GlobalOptions——General——Change)。

R包的安装问题

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•  首先一定要安装一个最新版本的R。Rstudio的版本则无所谓。

•  然后在Rstudio上设置下载文件包的镜像地址：

•  Tools——GlobalOptions——Packages——Change——清华大学等国内地址。

•  认识Rstudio界面(可百度)，以及有哪些快捷键(可百度)。

•  在Rstudio中运行一个简单的R代码：

•   Rstudio——Console(左下角)——“>”符号的右边输入：1+1，然后回车，返回“[1] 2”。

  安装R包的一般问题：

•  研究生物与医学的，一定要安装BiocManager包

       BiocManager: A convenient tool to install and update Bioconductor packages.

    通过Rstudio——Console(左下角)——“>”符号的右边输入：

•         install.packages("BiocManager")

•         安装时注意耐心观察Console，并试着理解不断弹出的红色字体。最后出现warning一般不算错误，不必理会；出现ERROR就是报错，说明操作不成功。

•  安装生物学领域常用R包：

•         注意安装的时候如果Console中提示：“Update all/some/none?[a/s/n]:”，建议输入小写n再回车(不更新包)，否则可能出现一些不可预知的麻烦

•         BiocManager::install("WGCNA")

•         BiocManager::install("Biobase")

•         BiocManager::install("limma")

•         BiocManager::install("sva")

•         BiocManager::install("clusterProfiler")

•         等等

  

  安装R包的一个“可怕”的问题：

两个R包不能共存在同一个R版本中，但你分析的时候都需要，咋办？

        •         某个R包(如pSI包：用于分析多种类型细胞各自特异表达的基因)，其开发出来的时候R是旧版本的，如：3.5，但你安装的是最新版的R，如R-4.0，这个包的作者可能是文章发表之后就不再维护了(大概功成名就退休了吧^_^!!)，不支持R-4.0，但相关的生物绘图包(假设绘制PCA图的ggord包目前只能安装到最新版的R-4.0)，那么这个pSI包和ggord是无论无何都无法被同一个R版本同时调用。唯一的解决方案就是：

        •    平时用最新版R(用BiocManager::install()函数装上WGCNA等大量生物领域的包)；

        •     当碰到需要用类似pSI包(不兼容最新版的R)时，save()函数保存变量到你的操作系统中，然后设置Rstudio调用R-3.5，并重启Rstudio，最后再用load()函数加载之前保存的变量，再加载(library(pSI))并使用这个特殊的R包(如：pSI包)去处理数据。

        •    想再用与pSI包不共存的包(如：ggord包)，再一顿操作切回到原来的R版本：save()函数保存变量到你的操作系统中，然后设置Rstudio调用R-4.0，并重启Rstudio，最后再用load()函数加载之前保存的变量，library(ggord)。

  因此关于R包安装不上、与R版本不兼容的问题的解决方案，请按照顺序做如下操作：

    1.  用Windows电脑必须(注意是“必须”)安装多个R版本：

        •   一个最新的R版本(需要什么包就安装什么包)；

        •   一个以前自己常用的版本(如R-3.5，自己曾经安装过大量的R包，也含有一些不能运行在最新版R程序的包，如上述pSI包)；

        •   一个备用版本(曾经使用过的某个R版本，做过某个特殊的分析项目，如SNP，含有一些不能运行在最新版R程序的包)。

    2.  上述每个R版本备份相应的R包集合，区别于R包的默认路径(即分别拷贝出一个副本。

    3.  用.libPaths()函数自由调配上述R程序调用的R包(技巧：如果需要的话，可在该函数中放3个及以上R包路径)。

    4.  当某个路径的R包被破坏后，将其清空，并将副本中的R包复制过去。达到的效果之一就是：5年后你依然可以完美重复出来今天你所做的某个分析项目，不管R程序及R包如何升级、迭代。只要操作系统不变就行。

02

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R的绘图函数概览、par()函数及plot()函数详解

写代码

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在某个文件夹下面用鼠标右键新建一个文本文档。将文件后缀改为“.Rmd”，然后用Rstudio打开。

先画一个图

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plot(1:10) # 1到10的1次方(y=x)，画出每个点，呈“线性”增长

无论你以后的R代码能力多逆天，相信plot(1:10)永远是你的初恋！因为它可能是你用计算机代码画的第一个图，人类为了实现这样简单的事情经历了无数的探索和努力。之后的事情都只是锦上添花。

所以，请再欣赏一下你的大作！

R有哪些绘图包及周边函数、周边参数

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    基础绘图包在R被安装后就存在，ggplot2、maps等高级绘图包需要额外安装和加载。

    基础绘图包包括：高级绘图函数和低级绘图函数，而par()函数是专门用来为基础绘图包设置绘图参数的函数。

    大部分par()函数的参数不仅可以自己使用，也可以直接在高级绘图函数(如：plot()泛型函数(generic method)、boxplot()盒型图、barplot()条形图、hist()直方图或金字塔图、pie()饼图、dotchart()克利夫兰点图和coplot()条件图等)中使用，效果等同于在par()中使用。一些参数只能在par()中使用,高级绘图函数无法实现其功能，如: ask; fig; fin; lheight; mai; mar; mfcol; mfrow; mfg; new; oma; omd; omi; pin; plt; ps; pty; usr; xlog; ylog等。

    基础绘图包中的低级绘图函数本身无法绘图，只在当前高级绘图函数绘制的图形中有效，如：text()加文本, legned()加图例, axis()绘制坐标轴, points()加散点, titles()加标题, arrows()加箭头, box()绘制图形边框, abline()加直线, clip()修剪图形, locator()识别图中的点的坐标, layout()切分画布, lines()加线条, segments()加线段, rug()加小地毯, polygon()构建多边形, mtext()在图形四周添加文字, grid()添加背景网格线.

代码扩展

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用par()函数“锦上添花”——设置绘图参数，规范和美化图形

par(bg="coral") # par()函数用于给plot()等绘图函数设置或查询图形参数。# par: parameters# par()的bg参数：给图片加背景(background, bg)色。这里加了珊瑚色(coral)。plot(1:10) # 1到10的1次方(y=x)，画出每个点，呈“线性”增长。# plot: 绘图

查看R有哪些内置的颜色名称

去查看有哪些颜色名称: 

http://www.stat.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf

# colors()  # 查看有哪些R的内置颜色。# Returns the built-in color names which R knows about.library(stringr)str_c(colors(),collapse=', ')

## [1] "white, aliceblue, antiquewhite, antiquewhite1, antiquewhite2, antiquewhite3, antiquewhite4, aquamarine, aquamarine1, aquamarine2, aquamarine3, aquamarine4, azure, azure1, azure2, azure3, azure4