如何在python中调用R?这其中包括了如何调用R的对象(函数和包),R和python的对象如何互相转换,以及如何调用R的脚本(外界参数的输入)。python提供了一个模块rpy2,可以较好地完成这项工作。
一、安装rpy2
rpy2的网址:http://rpy.sourceforge.net/index.html
可以使用easy_install安装,# easy_install rpy2
注意事项:
(1)如果是源代码编译安装R,需要在configure步骤加入后缀 --enable-R-shlib。
(2)需要安装python-devel包。
二、python调用R对象
1、使用rpy2.robjects包的r对象
调用方法如下,以下robject.r的调用方法实际上是开启了一个R的交互进程,只需要将R的代码写入一个字符串内(注1),接着调用R即可:import rpy2.robjects as robjects
此时,有三种方法调用R对象:
第一种:robjects.r['pi']
第二种:robjects.r('pi')(这种方法从某种程度上讲是万能的,因为可以将任意大小和长度的R代码写成一个python字符串,之后通过robjects.r('Rcode')调用执行。)
第三种:robjects.r.pi(这种方法对于名称中有“点号”的变量会出问题,比如data.frame/read.csv等,所以推荐使用第一种方法)
以下是一个创建和使用R函数(自己创建的函数或者R内置函数)。注意:最后一种方法,对于对付一些特殊的格式很管用:# creat an R function
>>> robjects.r(
'''
f <-