我试图将字典中的值(列表)打印到另一个文件的第三列,该文件在第一列中包含dictionary键。我希望在输出文件的第三列打印值列表,并用空格分隔每个值。我知道我的问题在于Python不能写非字符串的东西,列表用“,”分隔,但我对编程还不熟悉,不知道如何实现这一点-非常感谢任何帮助,谢谢!在
在GtfFile.txt文件是一个10列的文件(sep='\t'),我从中生成字典。。。使用基因名作为关键字,以术语(功能类别)作为值。有几个基因有不止一个术语归属于它们,并作为每个术语的新线重复。每个术语都有不同数量的基因,因此我生成一个列表作为每个术语的关键字。我的脚本的这一部分看起来像我希望的那样工作!在
Funcern酒店_术语.txt是一个2列文件(sep='\t'),它由第一列中的术语和第二列中的术语描述组成。我想要的输出文件是用第三列复制这个文件,其中包含与用空格隔开的术语相关的基因。将此写入输出文件是我的问题所在。在
以下是我的代码:#!/usr/bin/env python
import sys
from collections import defaultdict
if len(sys.argv) != 4 :
print("Usage: GeneSetFileGen.py ")
sys.exit(0)
OutFileName = sys.argv[3]
OutFile = open(OutFileName, 'w')
TermGeneDic = defaultdict(list)
with open(sys.argv[1], 'r') as f :
for line in f :
line = line.strip()
line = line.split('\t')
Term = line[8]
Gene = line[0]
TermGeneDic[Term].append(Gene)
#write output file
with open(sys.argv[2], 'r') as f :
for line in f :
line = line.strip()
Term, Des = line.split('\t')
OutFile.write(Term + '\t' + Des + '\t' + str(TermGeneDic[Term]) + '\n')
OutFile.close