请使用root用户安装所有软件,防止因为权限问题导致出错,且使用root用户运行最终生成的可执行文件,笔者是基于Ubuntu18.04 Desktop 发行版,装的是双系统。
1、安装Intel® Parallel Studio XE for Linux*
链接如下:
Download Intel® Parallel Studio XE for Linux (Free Trial)software.intel.com这个是面向学生免费的,只需要注册一下。
该套件包含如下内容:
安装过程很简单,解压一下,终端输入:./install.sh , 默认安装就OK了。
配置一下环境,编辑/etc/profile文件,添加,
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /etc/profile,使设置生效。
2、安装fftw
链接如下:
FFTW Download Pagefftw.org解压,进入目录,运行如下命令(安装路径、目录名自行设置):
./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.8 CC=gcc F77=ifort MPICC=mpiicc --enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-avx --enable-shared=yes
make
make install
如果让CC=icc的话编译会有问题,虽然可以加参数,使其编译通过,但是后期lammps编译又会出错,导致一系列的问题。
3、编译lammps
链接如下:
https://lammps.sandia.gov/download.htmllammps.sandia.gov同理解压,进入目录,编辑src/MAKE文件夹下的Makefile.mpi文件,编辑如下选项,
MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/opt/intel/impi/2019.7.217/intel64/include
MPI_PATH = -L/opt/intel/impi/2019.7.217/intel64/lib
MPI_LIB = -lmpi
FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/opt/fftw-3.3.8/include
FFT_PATH = -L/opt/fftw-3.3.8/lib
FFT_LIB = -lfftw3
在src目录下,运行如下命令:
make clean-all
make yes-all
make no-lib
make mpi
最后会生成lmp_mpi可执行文件,就可以使用了。
以上仅供参考,如有问题希望指正。