intel编译器_Intel编译器安装运行Lammps3Mar20

1.LAMMPS简介

LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。LAMMPS可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数，并且LAMMPS有良好的并行扩展性，适合大型HPC集群下的并行运行。

2.安装环境需求

1、硬件环境：X86架构服务器 2、操作系统环境：Redhat，Centos，SUSE，Ubuntu等常用linux系统 3、Intel开发套件版本：parallel_studio_xe_2019_update5 4、安装用户：root用户，安装到/opt/software 5、本次测试系统：CentOS7.6x64

3.软件介质

1.介质文件lammps-stable.tar.gz 2.软件版本lammps-3Mar20

4.软件安装步骤

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4.1编译环境设置

我们使用intel编译器编译lammps，使用intel MPI运行lammps intel编译器的安装和设置步骤详见文章《Intel Parallel Studio XE 2019安装设置》一文 运行如下命令设置好编译环境

source /opt/intel/intel2019u5.sh

4.2下载并解压软件

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下载软件

wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz

复制软件到/opt/software目录

cp lammps-stable.tar.gz /opt/software

解压

tar xvf lammps-stable.tar.gz

得到lammps的目录

/opt/software/lammps-3Mar20/

4.3安装编译lammps

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进入lammps安装目录

cd /opt/software/lammps-3Mar20/src

查看所有package

make package-status

选择需要安装的package

比如

make yes-perimake yes-manybody

使用intel编译器，intel mpi编译lammps的命令如下

make clean-allmake -j 10 intel_cpu_intelmpi

编译成功后，在当前目录生成可执行文件lmp_intel_cpu_intelmpi

如果选择安装所有package

make yes-all

注意：有些软件包由于依赖关系，无法安装，可以选择去掉，如下是我测试时，选择yes-all后需要去掉的包

make no-USER-QUIPmake no-user-h5mdmake no-user-plumedmake no-mscgmake no-messagemake no-lattemake no-kimmake no-gpumake no-user-smdmake no-pythonmake no-user-vtkmake no-USER-ADIOSmake no-USER-SCAFACOSmake no-voronoimake no-USER-AWPMDmake no-USER-ATC

5.lammps并行测试

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运行软件时需要用普通用户，如下操作用jingyang用户测试

5.1.设置算例

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从examples里复制一个lammps算例文件到用户家目录里并改成lammps_test目录

cp -r /opt/software/lammps-3Mar20/examples/shear ~/lammps_test

设置好intel环境变量

source /opt/intel/intel2019u5.sh

进入测试目录

cd ~/lammps_test

5.2、单节点内并行测试

mpirun -np 20 / opt/software /lammps-3Mar20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < in.shear

5.3、多节点并行测试(前提配置好集群环境)

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编辑host文件，内容如下

node01node02

运行命令

mpirun -machinefile host -np 40 /home/inspur/lammps-3Mar20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < in.shear

6.lammps软件PBS脚本例子

#PBS -N test-lammps#PBS -q batch#PBS -l nodes=2:ppn=20#PBS -S /bin/bash#PBS -Vcd $PBS_O_WORKDIRsource /opt/intel/intel2019u5.shINPUT_FILE=PdP.inNP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`cat $PBS_NODEFILE > /tmp/nodefile.$$mpirun -machinefile /tmp/nodefile.$$ -n $NP /opt/software/lammps-3Mar20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < ${INPUT_FILE} >out.logrm -rf /tmp/nodefile.$$rm -rf /tmp/nodes.$$

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