lammps运行Linux,Lammps分子动力学软件MPI并行+Intel高效编译版 Linux完整安装教程

简介

LAMMPS是一种经典的分子动力学仿真代码，设计用于在并行计算机上高效运行。它是由美国能源部下属的桑迪亚国家实验室(Sandia National Laboratories)开发的。它是一个开源代码，根据GNU公共许可证(GPL)的条款自由分发。

安装教程：

所需编译器套件：Intel Parallel Studio XE 2019

一、所需并行库：

OpenMPI(Open Message Passing Interface，a open source High Performance Computing)

OpenMP(Open Multi-processing)

二、编译前准备：

从github上下载源码(可能较慢，可用迅雷等工具加速)：

进入lammps项目目录并新建一个build文件夹(参考教程)：

cd lammps

mkdir build

cd build

三、进行Cmake前的准备：

目前已知Cmake的3.10版本在查找MPI安装目录和类库的时候会遇到问题，解决方案是使用3.9版本。 ~/lammps_setup/cmake-3.9.0-Linux-x86_64/bin/

将MPI类库环境变量配置好(可以善用which mpi、whereis mpi等命令查找本机已经安装了的MPI在哪里)： export MPI_ROOT=/public/software/mpich

export PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATH

export MPI_DIR=/public/software/mpich

配置好INTEL编译器环境(可以善用which