vasp安装包_vasp+VTST进行NEB过渡态计算

本文详细介绍了如何利用vasp+VTST进行NEB(Nudged Elastic Band)过渡态计算。首先,介绍了计算前的准备,包括vasp和VTST的安装,以及环境变量的设置。接着,详细阐述了计算流程,包括初态和末态结构优化,中间图像的生成,以及过渡态计算的参数设置和结果检查。在每个步骤中,作者提供了具体的参数设置建议和注意事项,帮助读者理解和实施NEB计算。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1、计算前的准备

  • vasp+vtst安装包,编译vasp5.4.1+VTST (见文末)

  • 下载vtstscripts (见文末),解压后export PATH到.bashrc文件中设置环境变量

2、计算流程

  • 分别对初态和末态进行结构优化

  • 使用脚本生成中间过程图像(结构)

  • NEB计算

  • 处理结果

计算的文件结构预览:

04c87643f7b329723f575f14d2bedbf9.png

2.1初态末态结构优化

2.1.1) 请注意:变化的原子在POSCAR中的位置一定要一一对应

如图,体相Si中在(0.125, 0.125, 0.125)处有空位,(0, 0, 0)处的Si运动到此处 构建POSCAR时,不仅是把64个Si原子的POSCAR中对应空位的原子删除,还要调整顺序,把变化的两个位置放在POSCAR的中相同位置。

9bdaa1c7f7ed05047d6141d12082feb9.png

2.1.2) 结构优化同vasp正常的结构优化一样:

>> 初态末态输入文件所在文件夹建议命名为ini和fin

>> INCAR中的EDIFFG参数使用力收敛标准,比如EDIFFG = -0.02

>> 在两个文件夹里面运行vasp任务就可以

>> 输入文件参数的设置要和之后的过渡态计算一致

2.2) 构建中间图像:

将处理脚本下载vtstscripts,解压后放在PATH路径,在ini和fin文件夹的上层文件夹

2.2.1) 检测初末结构相似度

每个对应原子的初末态距离的平方和,再开根号<5埃,即可

dist.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR2.03953509783509

2.2.2) 插入中间图像的POSCAR

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