1、计算前的准备
vasp+vtst安装包,编译vasp5.4.1+VTST (见文末)
下载vtstscripts (见文末),解压后export PATH到.bashrc文件中设置环境变量
2、计算流程
分别对初态和末态进行结构优化
使用脚本生成中间过程图像(结构)
NEB计算
处理结果
2.1初态末态结构优化
2.1.1) 请注意:变化的原子在POSCAR中的位置一定要一一对应
如图,体相Si中在(0.125, 0.125, 0.125)处有空位,(0, 0, 0)处的Si运动到此处 构建POSCAR时,不仅是把64个Si原子的POSCAR中对应空位的原子删除,还要调整顺序,把变化的两个位置放在POSCAR的中相同位置。
2.1.2) 结构优化同vasp正常的结构优化一样:
>> 初态末态输入文件所在文件夹建议命名为ini和fin
>> INCAR中的EDIFFG参数使用力收敛标准,比如EDIFFG = -0.02
>> 在两个文件夹里面运行vasp任务就可以
>> 输入文件参数的设置要和之后的过渡态计算一致
2.2) 构建中间图像:
将处理脚本下载vtstscripts,解压后放在PATH路径,在ini和fin文件夹的上层文件夹
2.2.1) 检测初末结构相似度
每个对应原子的初末态距离的平方和,再开根号<5埃,即可
dist.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR2.03953509783509
2.2.2) 插入中间图像的POSCAR