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原创 AMD CPU安装vasp.6.4.3

然后编写如下bash文件（build_vasp_aocc_ompi_aocl.sh），根据自己的aocc和aocl安装目录，以及拟安装openmpi的目录，修改COMPILEROOT、OPENMPIROOT和AOCLROOT的地址。网上找了一些解决方案（如在作业脚本中添加export I_MPI_ADJUST_REDUCE=3或者INCAR中设置LSCALAPACK=.FALSE.，将ISYM设为0，提高 PREC的精度，提高SYMPREC的精度，使用10的倍数的核数进行运算等等），对我目前的模型都无效。

2024-06-18 22:30:33 771

原创 AMD CPU安装AOCC

本人拿到手的是一台新的AMD CPU的电脑，没看说明书，直接开始安装了，然后发现后面编译OpenMPI时出错，于是回来看说明书才知道需要上面的库，本人做了如下安装。为了在AMD CPU上安装VASP，首先需要安装一个编译器，AOCC是专为AMD CPU优化的编译器，可提高编译出的VASP的运行速度（应该是这样吧？本人就是通过这一步发现了哪些库没有安装的，然后再一个个解决。刚开始遇到了这些问题。安装AOCC前需要具备一系列的依赖库，如下图。

2024-06-16 07:52:54 147

原创 ssh远程提交vasp后台任务

ssh远程连接linux后提交任务后，断开连接后，任务会自动中断。这是因为当用户注销（logout）或者网络断开时，终端会收到 HUP（hangup）信号从而关闭其所有子进程。可在提交任务的命令前加入nohup，让提交的命令忽略 hangup 信号。并在命令后面加上“&”，将命令同时放入后台运行。输出结果将会保存在nohup.out文件中。查看所有作业列表的命令：jobs。查看CPU使用情况的命令：top。查看所有进程的命令：ps -A。

2024-05-24 23:22:38 174 1

原创 vaspkit生成vasp的POSCAR输入文件

推荐使用.xsd文件，它是MS自己的3D模型文件格式，通过它生成的POSCAR文件保留了原子是否被固定的信息，这是其他方法不具有的。方法一：直接从MS中保存出.cell文件，再直接在.cell文件基础上改名字，修改其中的内容，获得POSCAR文件，此方法需要自己手动修改，比较麻烦。第三、四、五行为晶格矢量a1, a2, a3，即组成格子的三条边的矢量坐标信息，缩放系数就在这里起作用，这三个矢量就是用来确定元胞的基矢。第六、七行为元素名字和对应原子数量，此处表示有28个As原子，22个Ga原子，8个H原子。

2024-05-16 10:33:17 768 1

原创 vasp文件准备和配套软件

2）采用vaspkit生成vasp的4个输入文件：POSCAR，POTCAR，KPOINTS，INCAR。其中生成POSCAR需要使用MS制作的结构文件（*.xsd），生成POTCAR文件需要使用POSCAR和赝势库。3）提交vasp执行命令（mpirun -np 50 vasp_std），获得OUTCAR、CONTCAR、DOSCAR、EIGENVAL、CHGCAR、IBZKPT以及ELFCAR等输出文件。1）使用Materials Studio（MS）准备结构文件，4）采用VESTA可视化输出结果。

2024-05-15 20:43:25 666

原创 vaspkit生成vasp的KPOINT文件

总结：如果要让vasp程序以Monkhorst-Pack和Gamma方法自动生成k点，则可以自己按编写上述5行内容的KPOINTS文件。选择vaspkit的第三种方法 3）Irreducible K-Points with Gamma Scheme生成k点，精度0.02。输入1，选择Monkhorst-Pack Scheme （最常用的方法，对于六方晶系则选 2 Gamma Scheme）第三行：Monkhorst-Pack表示以此方法生成k点，可以改成Gamma表示以Gamma方法生成k点。

2024-05-14 15:32:36 927

原创 vasp6.3.2安装包及安装步骤

下载地址：https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/developer/tools/oneapi/base-toolkit-download.html?下载地址：https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/developer/tools/oneapi/hpc-toolkit-download.html?在/home/wliu/.bashrc中加入下面这行，并进行激活（source /home/wliu/.bashrc）

2024-05-13 21:56:30 1952 4

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