医学图像分割科研工具

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医学图像三维重建是通过计算机图形学、数字图像处理技术、计算机可视化以及人机交互等技术,把二维的医学图像序列转换为三维图像在屏幕上显示出来,并根据需要为用户提供交互处理手段的理论、方法和技术。图像分割是进行图像三维重建的必要准备,图像分割效果的优劣直接影响三维重建在医学领域的应用。医学图像分割和三维重建将数字图像处理技术和计算机图形学应用在了在生物医学工程中,该应用涉及到计算机图形学、图像处理技术、生物医学工程等多种技术,该领域的研究多学科交叉的,在医学诊断、手术规划及医学教学等方面有很高的应用价值,是近年来的计算机应用技术的一个研究热点。医学图像分割与三维重建是两个不可分割的相关领域。本文研究了基于区域的图像分割和基于边缘的两种图像分割方法在医学图像处理中的应用,并在实验中利用ITK提供的区域生长法成功分割出肝脏、脊柱和肺脏等人体组织器官;三维重建算法分为两类:面绘制和直接体绘制。面绘制从三维体数据中抽取目标对象等值面,通过传统的图形学方法进行渲染;体绘制技术则将整个体数据进行可视化显示,使医生可以通过设置适当的参数调节后观察医学数据的三维内部结构信息。本文研究了光线投射体绘制算法、错切变形法和基于纹理映射的体绘制算法,以及Marching Cubes面绘制算法的实现机制和适用范围,并利用VTK提供的三维重建算法对不同人体部位的组织和器官实现了重建实验。本文主要研究了医学图像分割与三维重建技术的应用。在对医学图像分割和三维重建基础理论以及三维重建相关的三维切割技术进行研究和实验的基础上,结合医学图像分割开发工具包ITK(Insight ToolKit)和可视化开发包VTK(Vislual ToolKit),以及ActiveX开发技术,设计了一个医学图像三维重建VolumeRenderX控件并通过MFC编程实现。这是一个面向对象、可扩展的跨IDE(Intergreted Development Enviroment)开发平台的开发控件,并针对实际应用需求整合了重建参数调节和重建体剖切等多种实用功能,相对于传统的医学图像处理与三维重建系统具有更大的应用价值。本文还提出了一个基于WEB模式的医学图像三维重建的解决方案。
2.1 MedSys1.0功能 MedSys包括主页、视图、体绘制、面绘制、分割、图像、模型、测量、基准与各类算法等模块,其中 (1) 主页模块用于打开与保存工程文件;导入与导出各类图像与模型等文件;撤消与重做等操作及设置交互模式等; (2) 视图模块操作切面视图、三维视图与框架视图等,如用于查看背景图像、前景图像与标签图像(即分割图像)等; (3) 体绘制模块包括体数据、体绘制、颜色查找表与图像区域等子模块;其中体数据子模块用于设置图像绘制参数,如调整窗宽窗位与阈值等;体绘制子模块用于图像体绘制及其修剪等,其中体绘制算法包括经典光线投影法、三维纹理与GPU体绘制等;颜色查找表子模块提供多种颜色表,用于可视化与分割等;图像区域子模块操作区域对象,如创建、删除、隐藏与显示及调整区域对象等; (4) 面绘制模块用于设置面网格模型绘制参数与查看模型信息,如模型表面积与体积等; (5) 分割模块提供图像半自动分割工具用于图像交互分割,包括"默认工具"、"擦除工具"、"阈值工具"、"修改标签工具"、"涂画工具"、"绘画工具"、"水平集工具"、"矩阵工具"、"识别孤岛工具"、"修改孤岛工具"、"去除孤岛工具"、"保留孤岛工具"、"腐蚀工具"、"膨胀工具"与"模型生成工具"等;同时针对交互式图像分割提供特定撤消与重做机制,以避免内存溢出; (6) 图像模块包括图像分割、图像算法、图像工具与图像修正等四大功能,其中图像分割算法包括"Otsu阈值分割"、"区域生长分割"、"稳健统计分割"与"快速步进分割"等;图像算法包括"Otsu阈值处理"、"图像阈值处理"、"图像空洞填补算法"、"图像运算算法"、"图像去噪算法"、"数学形态学"与"图像与模型处理算法"等;图像工具包括"图像切割"、"棋盘处理"、"骨架提取"、"直方图匹配"、"图像重采样"、"合并图像标签值"与"标量图像重采样"等;图像修正功能包括"偏差修正算法"与"MRI布拉斯场校正"等; (7) 模型模块包括模型生成、模型优化与模型工具等四大功能,其中模型生成功能包括"模型生成器"、"标签图像平滑"、"模型-标签图像转换器"与"灰度图像模型生成器"等;模型优化算法包括"模型重构"、"模型削减"与"模型平滑"等;而模型工具包括"模型切割"、"模型镜像"、"模型合并"、"模型布尔"、"模型面连接"与"模型工具箱"等; (8) 测量模块主要用于二维与三维的长度与角度测量等; (9) 基准模块用于操作基准列表与基准(即种子点等); (10) 鼠标操作: 左键调整窗宽窗位;滑轮调节切面;中键移动位置;右键用于缩放; (11) 键盘操作: ‘r’重置视图;‘w’网格边显示形式;‘s’网格面显示形式;‘f’上一张图像切面;‘b’下一张图像切面;半自动分割时‘z’撤消、‘y’重做 ;等 此外,图像配准模块与模型变换模块也将于近期集成到MedSys软件。另外,在后续版本中将实现生理信号分析功能,目前生理信号分析算法也在改进中。
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