单基因突变+肿瘤突变负荷+免疫细胞浸润文章套路
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今天我们我们要介绍一个单基因突变的文章套路,这个课程是根据5分的文章录制,文献题目是” EP300 mutation is associated with tumor mutation burden and promotes antitumor immunity in bladder cancer patients”。这个课程巧妙的通过TCGA和ICGC突变数据取交集,找到在两个数据库中突变频率都高的基因。然后找出这些基因中与肿瘤突变负荷和生存都具有相关性的基因,从中选出一个基因,进行后续的免疫细胞浸润分析。
这个课程主要内容包括单基因肿瘤突变文章套路简介,转录组数据下载,转录组数据整理,id转换,临床数据下载,临床数据整理,TCGA突变数据下载,TCGA突变统计,TCGA瀑布图输入文件准备,TCGA瀑布图,ICGC突变数据下载,ICGC基因注释,ICGC突变统计,ICGC瀑布图输入文件准备,ICGC瀑布图,TCGA和ICGC突变数据取交集,计算肿瘤突变负荷,基因突变和TMB的关系,生存输入文件准备,基因突变的生存分析,独立预后分析,GSEA输入文件准备,GSEA富集分析,多GSEA富集图,免疫细胞浸润,免疫细胞浸润可视化,基因突变和免疫细胞的关系。
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