python无法打开h5权限_关于linux：python h5py文件读取“OSError：无法打开文件(错误的超级块版本号)”...

Traceback (most recent call last):

File"stdin", line 1, in module

File"/usr/local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 312, in _ _ init_ _

fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, swmr=swmr)

在make_fid中输入文件"/usr/local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py"，第142行

fid = h5f.open(name, flags, fapl=fapl)

在h5py._objects.with_phil.wrapper文件"h5py / _objects.pyx"，第54行

在h5py._objects.with_phil.wrapper文件"h5py / _objects.pyx"第55行

在h5py.h5f.open中输入"h5py / h5f.pyx"，第78行

OSError：无法打开文件(错误的超级块版本号)

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HDF5文件使用Java HDF5库从我无法修改的程序中编写，使用SWMR(单写，多读取器)模式下的hdf5 java 1.10.0。

在将程序发送到我的程序(轻量级Linux应用程序)之前，程序可能无法正确关闭文件。

在http://web.mit.edu/fwtools_v3.1.0/www/H5.format.html中，"超级块的版本号"描述如下......

This value is used to determine the format of the information in the super block. When the format of the information in the super block is changed, the version number is incremented to the next integer and can be used to determine how the information in the super block is formatted.

Values of 0 and 1 are defined for this field.

This field is present in version 0+ of the superblock.

...这不能帮助我理解坏的超级版本号错误可能是什么。

这是我要打开的示例文件：

https://drive.google.com/open?id=10hpbWj4HBwIMq0X6Rq7yVzJATOiYHJcc

为什么要提出stackoverflow问题呢？

此问题可能会影响在Linux计算机上想要读取在Windows计算机上生成的hdf5文件而未正确关闭/格式化/等的所有人。我想知道为什么会发生这种情况的原因以及如何在Linux上解决这个问题。如果唯一的解决方案是"它需要由生成HDF5文件的Windows程序修复，因为之后无法修复"，那么这也是一个可接受的答案。这是这种情况吗？

所采取的行动

升级到h5py到2.8.0rc1并不能解决问题

其他HDF5文件可以按预期打开

相关话题

我出于可能的原因查看了以下主题和网站，但空手而归：

1)https://support.hdfgroup.org/HDF5/faq/bkfwd-compat.html

2)h5py OSError：无法打开文件(找不到文件签名)

3)用h5py创建的HDF5文件不能由h5py打开

4)https://github.com/h5py/h5py/issues/757

5)http://web.mit.edu/fwtools_v3.1.0/www/H5.format.html

编辑1：

感谢@Tom de Geus，我在Linux和Windows上尝试了HDF View，发现样本文件无法在Linux HDF View上打开，但可以使用Windows HDF View打开。这表明问题出在文件和HDF中，而不是h5py。

您是否尝试过使用HDF View阅读？还是任何API？

在具有HDF视图的Windows上，它正确打开文件，但为每个数据集显示红色的"警告颠倒三角形"，而其他hdf5文件中的情况则不是这样，可以使用h5py.File("myfile.hdf5"，" r")在我的Linux机器上。在具有HDF View的Linux上，无法打开该文件，并显示一个无法提供信息的"错误打开文件myfile.hdf5"，这很有趣。问题似乎是HDF本身，而不是h5py

我已下载了您的示例文件，可以在Linux下使用h5py打开它而没有任何问题。 h5py.version.hdf5_version是1.10.0。

你在运行什么Linux？我们无法在Ubuntu 16.04和Ubuntu Gnome 16.04上打开它。看来我运行的h5py的版本是1.8.18，谢谢你帮助皮埃尔，我确保升级，看看它在哪里。

这确实是版本不兼容问题，谢谢Pierre de Buyl！我对尝试打开文件时提供的错误消息感到困惑，但升级到1.10.0后文件正确打开。

感谢Pierre de Buyl确认该文件确实可以在Linux上使用正确的HDF版本1.10.0打开。 在Windows上，事实证明我运行的是HDF 1.10.1(通过h5py安装)，但在Linux上，默认安装的h5py给了我1.8.18。 在使用cmake从源代码构建HDF之后，我也可以在Linux上打开该文件，版本为1.10.0或更高版本。

使用cmake安装HDF 1.10.0的指南：

https://support.hdfgroup.org/HDF5/release/cmakebuild.html

错误消息"OSError：无法打开文件(错误的超级块版本号)"令人困惑，但似乎表明旧版本的HDF(1.8.18)未配置为识别由HDF版本1.10编写的新超级块版本号0.0。

感谢您的帮助Tom de Geus和Pierre de Buyl :)