anaconda3配置环境变量_生信填坑笔记(1)-Linux环境变量，软件安装

生信学习3大坑：Linux环境变量，conda安装软件，手动安装软件

------------------------------------20200412 尝试填坑-------------------------------------

1.Liunx环境变量

管理员用户配置文件

.bashrc ----针对自己的用户进行环境配置

/etc/profile----针对系统所有用户进行环境变量配置

普通用户：

centos系统配置文件：开机运行.bash_profile文件，该文件调用 .bashrc文件

ubuntu系统配置文件：开机运行.profile文件，该文件调用.bashrc 文件

之前由于区分不了.bash_profile，.bashrc，.profile和/etc/profile几个配置文件，把自己的配置文件改坏过

既然centos和ubuntu系统都有.bashrc文件，以后添加环境变量就统一为.bashrc，自此没弄坏过系统~

.bashrc 简单粗暴,你值得信赖

vi ~/.bashrc

export PATH= /xxx/xxx/xxx/bin:$PATH

source ~/.bashrc

如果使用实验室中心服务器，注意!!!

1.1管理员（实验室老师）可能已经在服务器安装了conda，将该路径写入.bashrc即可

vi ~/.bashrc

export PATH= /xxx/xxx/anaconda3/bin/:$PATH

source ~/.bashrc

想查询某个软件是否安装: 先到管理员安装软件目录查看，如果已经安装，将该软件的可执行文件，添加到.bashrc

想查询某个已安装且添加到自己.bashrc 软件路径：which -a xxx

1.2管理员可能还建立了一个software文件夹，用来共享手动安装的软件，如果该目录有你要用的软件，将该软件路径添加到自己的.bashrc即可

1.3 如果是自己分析要使用某些个性化软件，可以在自己的目录下安装conda，新建一个software存放手动安装软件, 并将手动安装软件的可执行文件放到.bashrc

export PATH= /xxx/xxx/anaconda3/bin/:$PATH

export PATH= /xxx/xxx/xxx/bin/:$PATH

2.conda软件安装

生信软件能用conda安装就conda install，无法conda就手动安装

关于conda是否添加到环境变量，是否会污染环境变量？

将conda加入环境变量中，并不会污染环境变量。网上有帖子说conda会污染环境变量，替换已有安装的软件，这其实是由于环境变量中软件的先后问题造成的，如果不想系统用默认用conda安装的软件，可以改变conda在环境变量的顺序，或者将自己手动安装的软件路径写在前面。

总之，conda安装的软件都只会安装在conda目录下，不会对环境变量造成污染。如果要删除conda只需将该文件删除就可以了，然后将环境变量中conda路径删除就好了。

生信成长之旅，conda好助手

3.手动安装软件安装几种方法

几种编程语言编写程序运行，以hello脚本为例：

c语言编写程序：编译--运行

gcc hello.c -o hello

./hello

perl脚本

perl hello.pl

python脚本

python hello.py

bash 脚本

bash hello.sh

R脚本

Rscript hello.R

tips：安装软件，看官网，先把依赖软件和所需环境配置好，再安装该软件

------------------------------------生物信息入坑*填坑之旅-----------------------------------

在今后生信学习道路上，可能会遇到其他的坑，我打算写入坑和填坑笔记系列，欢迎大家纠错，一起加油~

刚开始学生物信息真的很难，尤其是没有人带，没有计算机基础。很多生信公众号做的不错，但没有基础的学起来相当费劲。所以我建议，想要入门学习生物信息学，最好找个专业的人指导，自己折腾很费时间，且容易有挫败感。

经过这么久的学习，我终于会分析自己的项目了，感谢一路帮助过我的人

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