vmd python 命令_vmdTK操作命令

VMD

的

console

是十分强大的，也提供了很多内置命令，这里把当年研究

VMD

内置命令的笔记的一小部分发上来。和

user guide

有

相似之处，但是我都尽量写成例子的形式来说明，绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确，也不完整，但是现在也懒

得

check

了。有疑问还是对照

user guide

中的严格说法。

*****

一些额外内容

*****

VMD

里面所有行为，都可以用命令描述出来。打开

VMD

之后运行

log sdf.txt

，接下来干你的事，你干的所有事的等价的命令行都被记

录到

sdf.txt

当中，运行

log off

停止记录。

atomselect

之后占用内存，选择范围的原子越多占得越大，应当用完之后删除，比如

atomselect1 delete

，内存就释放了。但是

atomselect

编号仍然继续往后延，并不会重新占用已经删了的。

修改

TKconsole

的设置，通过修改

D:\study\VMD186\plugins\noarch\tcl\vmdtkcon1.0\tkcon-modified.tcl

。比如里面的

font

create tkconfixed -family Courier -size 12

，把

12

改成

20

，字号就变成

20

了。

在

.vmdrc

或者

vmd.rc

里面有很多被注释掉的内容，也有没有被注释的，都是控制启动后

vmd

的默认设置，比如开哪些窗口，窗口位

置，光源什么的

*****

以下为正文

*****

animate dup 0

复制当前帧到最后新的一帧

animate dup frame 2 0

复制

22

帧到新的帧

animate pause

暂停播放，按回车或者随便瞎输个命令就可继续

animate forward/for

向下播放

animate reverse/rev

向前播放

animate prev/next

向前

/

向后一帧

animate skip

设置播放时的

step

animate delete all

删除所有帧

animate speed 0.3

设置速度为

0.3

，数值

>=0

，

<=1

animate style once/loop/rock

设置播放模式

animate styles

显示可用的播放模式，其实就是显示

once

、

loop

、

rock

animate goto start/end/n

回到开始帧、末尾帧、第

n

帧

atomselect keywords

显示所有可以选择的关键字

macro

指的就是那些

charged

、

acidic

之类的整体。

atomselect macro

显示所有

macro

atomselect macro charged

显示

charged

的定义

atomselect delmacro ions

删除

ions

的

macro

atomselect macro sdfsdf {resname ALA and hydrogen}

定义一个新的

macro

，如果已经有定义了，则覆盖

设好的

macro

在

graphics representations-selection-singlewords

里面也会出现

atomselect 3 "resid 25" frame last

选择

3

号分子最后一帧的

resid 25

。

分子可以是数字或者

top

，

所选内容就是普通的

selection

，

用双引号或者

{}

括住，帧号可以是数字、

first

、

last

、

now

。

选择之后，会出现比如

atomselect0

，然后可以运行：

atomselect0 num

显示所选的内容有多少原子

atomselect0 list

显示所选的内容的原子的编号

atomselect0 text

显示所选内容表示的意义

atomselect0 molid

显示所选内容的分子编号

atomselect0 frame

显示所选内容的所在帧。

atomselect0 frame x

设置选择的帧为

x

atomselect0 delete

删除

atomselect0

函数

。