工科女汉子+生信小白第一次写博客文章,文笔和逻辑条理都不是很成熟,生信领域的经验也不丰富,写博客的目的主要是记录学习经过,同时如果能帮助到别人的话就更好了。其中可能有很多错误,如果有人发现了还请指正。
Python是生物信息领域越来越受欢迎的语言,就像一年前的我一样,很多刚入门生物信息学的同学很可能被前辈推荐学习Python。当然也不是说Perl就没有任何优点了,我身边也有不少坚持用Perl的师兄师姐,他们一是因为自己比较习惯用Perl来进行工作,二是觉得Perl的正则表达式部分确实非常不错,所以不愿舍弃Perl。我最开始也是学的Perl,能用Perl进行简单的文本处理,但是后来在同学的忽悠下转向了Python的阵营。原因有以下两点吧:Python的语法比较简单,对初学者来说容易上手;在我心中Python像一个特别善于学习别人优点的人,它吸收了其他各种语言的特点和优势,所以Python的作用非常广泛,懒惰的我认为学习了Python不就等于别人学了好几门语言吗?比如Python的matplotlib包吸收的是优秀的统计和画图语言matlib,而且它的正则表达式包re也非常好用。由于也只是入门级别,所以Python的美还需要我花更多的时间去发现。而anaconda就是一个非常好的工具和途径。
废话说了太多,下面进入正题。
一、什么是anaconda?
定义:在我的理解中, anaconda就是一个Python包的管理器。包含很多常用的包,把人从寻找、下载 、安装各种包的繁琐中解救出来。当然它的功能不仅仅是管理包,还有很多功能等待发现和挖掘,比如创建虚拟环境,进行Python包的建立等。
特点:
1、更新包和安装非默认的包非常方便
2、版本齐全:适用于Linux,window,mac osx的版本都有
二、下载和安装anaconda
Python2.7 和Python3.5的版本都有。如果你的平台上之前没有安装任何版本的Python,也不需要再重新下载Python,因为anaconda不仅带有Python的各种包,也带有相应版本的Python。
安装:
安装非常简单,Linux平台的anaconda是一个可执行的*.sh文件,只需要运行一下这个文件,然后根据提示,一步一步设置安装路径等信息就可以。Windows和mac下安装也非常简单,就跟安装一般的exe 或者dmg安装包一样。
Mac平台的anaconda安装后有图形界面:其中notebook和Spyder非常有用,此外还有一些有用的文档和社区。
三、常用的anaconda命令
在Linux上或者在mac 的terminal,如果已经安装了anaconda,并且添加到了环境变量,那么conda就变成了一个可执行的命令。
conda –version/-V :显示anaconda的版本
conda list : 显示anaconda已经安装的包和它们的版本信息
conda install : 某些你需要的Python包如果没有在anaconda里面,则可以用这个命令进行安装。
conda create : 创建一个conda的虚拟环境。
还有其他很多有用的功能,都可以用conda –h进行查阅。
ps:Python的意思是蟒蛇,anaconda的意思是水蟒,“真是蟒蛇中的蟒蛇”,哈哈。
第一篇文章废话比正文还多,希望后面能有所改善。