names文件和data文件_data文件获取之VMD软件

data文件的获取

小编语：本文由Young博士原创，有兴趣的同学可以直接联系他：ymy2019@stu.xjtu.edu.cn~

data文件与势函数文件是运用lammps进行动力学计算的两大关键，那么在使用VMD 的TOPO工具中，如何将两个...pbd分子合起来作为LAMMPS的输入data呢？下面介绍简单的例子来实现这个步骤。

Step1

1. 在VMD的命令窗口 TK console 中 输入；

2. logfile console：在窗口中输出每一步的命令；

3. 这里需要用到TOPO这个工具，在窗口中输入：

package requiretopotools 1.1

Step2

set midlist {}

set mol [mol newpart1.psf waitfor all]

mol addfile part1.pdb

lappend midlist $mol

set mol [mol newpart2.psf waitfor all]

mol addfile part2.pdb $mol

lappend midlist $mol

Step3

set mol[::TopoTools::mergemols $midlist]

animate write psf merged.psf $mol  ### merged.psf 文件名

animate write pdb merged.pdb $mol 

或者：

topo writelammpsdata

Results

实现了图中的效果：

希望同学们能够与我们一起完善data文件与势函数文件的获取来源，让我们一起学习一起进步~~ 期待各位同学的投稿。

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