data文件的获取
小编语:本文由Young博士原创,有兴趣的同学可以直接联系他:ymy2019@stu.xjtu.edu.cn~
data文件与势函数文件是运用lammps进行动力学计算的两大关键,那么在使用VMD 的TOPO工具中,如何将两个...pbd分子合起来作为LAMMPS的输入data呢?下面介绍简单的例子来实现这个步骤。
Step1
1. 在VMD的命令窗口 TK console 中 输入;
2. logfile console:在窗口中输出每一步的命令;
3. 这里需要用到TOPO这个工具,在窗口中输入:
package requiretopotools 1.1
Step2
set midlist {}
set mol [mol newpart1.psf waitfor all]
mol addfile part1.pdb
lappend midlist $mol
set mol [mol newpart2.psf waitfor all]
mol addfile part2.pdb $mol
lappend midlist $mol
Step3
set mol[::TopoTools::mergemols $midlist]
animate write psf merged.psf $mol ### merged.psf 文件名
animate write pdb merged.pdb $mol
或者:
topo writelammpsdata
Results
实现了图中的效果:
希望同学们能够与我们一起完善data文件与势函数文件的获取来源,让我们一起学习一起进步~~ 期待各位同学的投稿。
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