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RSS订阅原创 全原子力场中各参数的含义及其在LAMMPS中的应用
全原子力场中各参数的含义及其在LAMMPS中的应用OPLSAA力场参数是分子动力学中广泛应用的力场。但有些同学对力场中的参数含义不是很了解。下面就OPLSAA力场参数如何应用于LAMMPS做一个简单的介绍。PART 1 力场定义这一部分是OPLSAA的介绍，已经在上一篇博客中有介绍，这里不再赘述。PART 2 原子类型定义第二部分主要是原子类型的定义，第二列是原子编号，第五列是对该原子的一个归类，第三四列分别是原子类型编号和原子类型的简称，第六列是该原子的元素周期表编号，第七列是相对原子质量，第
2021-01-11 20:01:12
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原创 MS计算轨迹的分子间作用能
之前写过一篇关于计算分子间作用能的文章，那如何计算轨迹的分子间相互作用能呢？此时，需要利用perl脚本进行计算。MS的help已经给出了计算单个xsd文件相互作用能的脚本，我们需要做的就是将它进一步优化，用于轨迹文件分子间作用能的计算。主要思想包括以下几个部分：（1）提取各个Layer,用于后面的计算（2）计算各个Layer能量及总能量（3）采用循环语句，循环（1）（2）步1 创建列表 这是所有工作之前的准备工作，需要创建一个列表存储layer和计算数据my $doc = $Documents{"La
2020-10-29 10:41:22
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转载 lammps数据输出的几种方式
无论任何模拟，我们都是想从模拟中得到我们想要的数据【data】，然后分析这些数据，从而提取出相关的信息【MAYBE新的发现】，那么数据的输出是必然的一道程序，下面谈谈LAMMPS软件是如何输出data。LAMMPS中处理的输出数据主要分一下三个大的部分：1.断点数据，这个主要是为了防止模拟过程中出现意外，比如实验室或机房突然断电，程序部分阶段有错误等等。2.系统热力学量的输出，这些量一般是体系中各个原子的集体行为量，比如温度，压强等3.单原子详细信息的输出，如我们想得到的轨迹文件对应于上面的三大
2020-09-27 14:24:31
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转载 分子动力学（MD）模拟，模拟体系构建经验总结
在一个完整的分子动力学模拟中，一般包括以下几个步骤：选择将要使用的力场，并根据模拟体系确定力场参数，构建力场文件；产生初始构型，搭建模拟体系；模拟退火（simulated annealing）；平衡体系；模拟数据采样；数据分析、处理。产生初始构型经验总结产生初试构型的一般步骤是：1） 给出分子内原子坐标；2） 按照某种分布将分子安放到空间不同位置（可以按照某种晶格排列，对于液体、气体，亦可随排列）；分子内原子位置排布不能偏离平衡位置太远，否则，可能会
2020-07-06 16:23:24
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原创 MS计算界面相互作用
MS计算界面相互作用界面上材料的相互作用在包括粘合剂，嫁接材料，复合材料，薄膜，润滑剂，油漆和印刷油墨等多方面具有一定的研究价值。 研究人员感兴趣的特性包括界面或中间相的结构，它与体积，表面张力，润湿性以及粘附的化学/力学有何不同。下面将从建模，结构优化，分子动力学，结果分析四个方面进行简单的阐述。案例来自MS官网[^1] ，这里主要是自己的一点理解。1. 建模参考官网上的案例，研究聚合物与金属氧化物表面的相互作用，分别需要建立聚合物，金属氧化物的模型，然后建立二者的复合模型。（1）构建晶体表面1
2020-07-05 09:03:31
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原创 lammps关于rdf，msd，group/group，com几个参数的计算
lammps关于rdf，msd，group/group，com几个参数的计算1 rdfrdf又称g( r )，rdf的计算与输出通过以下命令计算输出：compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ...fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ... 其中，Nbin类似于切片数，数也多，可能曲线会更连续，光滑，但过多
2020-05-29 14:48:18
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原创 OPLS全原子力场在lammps中的使用
OPLS全原子力场在lammps中的使用opls_aa力场定义OPLS是optimized potentials for liquid simulations，适用于液体体系。和其他势能函数一样，opls_aa势能函数包括键结作用和非键相互作用。键结作用包括harmonics键长和键角势能，Fourier扭矩势能，非键相互作用包括LJ势和Coulomb势[1]。力场表达式如下：其中，LJ对相互作用采用LB混合法则。lammps中opls_aa力场的应用lammps中harmonics键长/键角势
2020-05-26 16:18:58
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原创 MS-VMD-Lammps的输入文件.xsd-.pdb-.data之间的转换
MS-VMD-Lammps的输入文件.xsd-.pdb-.data之间的转换第一次发博文，通过这样的形式把自己的学习过程记录下来。也希望对大家有所帮助。1 .xsd-.pdb这部分操作比较简单，主要是在MS中完成。通过MS的export，将.xsd直接转换为,pdb文件。2 .xsd-.data此处需要lammps中的小插件——ms2lmp。注意这里是在windows下运行的，所以不需要...
2020-04-20 14:52:37
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空空如也
超算上传文件，sftp突然显示包含错误的路径,xshell可以正常使用
2022-03-31
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