众所周知,Slurm是一个开源、容错、高度可扩展的集群管理和作业调度系统,适用于大型和小型Linux集群。
而基于贝叶斯理论的冷冻电镜3维图像数据处理软件RELION具有很好的性能和易用性,其中单颗粒冷冻电镜是结构生物学研究的重要手段之一,RELION在GUI方面上具有友好的界面和各种调优性能的参数及结果输出,通过分配点节点(CPU或GPU)进行并行化作业在很大程度上方便了用户的计算。
因此,Relion如何通过在slurm调度系统中实现GUI多节点提交任务的方法(包含CPU调度和GPU节点调度),是本文所要实践探索的,总结方法如下:
1、创立共性模板脚本;
2、设置relion参数值;
3、根据CPU或GPU节点调度方法加载相应的参数值;
4、Relion GUI 提交作业。
一、创立共性模块脚本
所谓共性脚本是指在CPU或GPU调度下都能普遍使用的脚本,我们在relion中通过共性脚本的方法可以使我们在计算过程中节约很多时间同时简化我们对脚