生信小白如我一样的人在断断续续低效的自学过程中,总是看到生信大神用markdown做生信笔记和公众号文章排版。当时好生羡慕,觉得好高大上啊,自然地就望而却步了。在这里,我想告诉各位战友,markdown语法真的很简答,花几十分钟,一个完全没有标记语言基础的小白都可以做到理解和运用。让我们用markdown优雅地学习生信吧(分析水平高不高暂且不提,姿势动作咱要专业!!)。
什么是标记语言
标记语言通过简单的语法,使普通文本内容具有一定的格式。标记语言有很多种,例如最常见的html标记语言,主要用来显示网页,还有更专业的latex标记语言,学习起来也更复杂,很多时候并不需要掌握标记语言全部的内容,只是简单格式下的文本,这个时候就可以学习一点markdown语言。
markdown介绍
标记语言中最简单的就是markdown语言,通过学习markdown后,理解标记语言的作用,然后学习其他标记语言就容易很多了。对于生信分析工作,markdown比较酷的功能是可以生成代码块方便呈现和查看脚本,以及将生物软件的结果自动输出为精美的PDF报告。
markdown语法
简单来说,markdown语法就是用一些简单的标点符号代替菜单栏来给文字排版,这样就可以做到不用鼠标点来点去来修改格式,而是全神贯注地敲键盘就可以了,这样更容易增加写作体验,提升幸福感!
支持markdown的工具有很多,例如有道云笔记、R语言、简书、CSDN博客、知乎,包括微信公众号等。在此,推荐一款非常经典的markdown编辑器typora(简约大方,用了绝对不会后悔)。
以下是具体语法运用的实例(将代码框里的语法复制粘贴在markdown文本编辑工具里面,就会呈现如下面示例中的文本格式,“ctrl+/”是源代码切换,规范格式的标点和字符需为英文输入法格式):
1、标题
语法
# 一级标题
## 二级标题
### 三级标题
#### 四级标题
##### 五级标题
###### 六级标题
示例
一级标题
二级标题
三级标题
四级标题
五级标题
六级标题
2、字体
语法
*斜体*
**加粗**
***斜体加粗***
`文本`
~~删除线~~
示例
斜体加粗斜体加粗高亮
删除线
3、引用
语法
> 作者:牛肉松
>> 作者:牛肉松
>>> 作者:牛肉松
示例
作者:牛肉松
作者:牛肉松
作者:牛肉松
4、分割线
语法(“//”后面跟的是注释,不需转译)
//根据内容长度而定的分割线
---
//全屏分割下
***
示例
5、图片
语法(根据该语法替换名称和地址即可,该处不做示例)
![图片名称](图片地址-本地/网络)
6、超链接
语法(根据该语法替换名称和地址即可,该处不做示例)
[链接名称](链接地址)
7、列表
语法
//无需列表
* 列表1
* 列表2
* 列表3
//有序列表
1. 列表1
2. 列表2
3. 列表3
示例
列表1
列表2
列表3
列表1
列表2
列表3
8、表格
可通过菜单栏的“段落”—“表格”—“插入表格”或者"ctrl+T"快捷键快速实现,但还是有必要了解markdown的表格语法。
语法
//第二行分割表头和内容
//文字默认居左
//-两边加:居中
//-右边加:居右
|成绩单|语文|数学|
|-|:-:|-:|
|小明|78|80|
|小花|98|89|
示例
成绩单 | 语文 | 数学 |
小明 | 78 | 80 |
小花 | 98 | 89 |
9、 代码块
语法
//支持java,shell,python等多种编程语言类型
```shell
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz
tar -zxvf chromFa.tar.gz
cat *.fa mm10.fa
示例
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz
tar -zxvf chromFa.tar.gz
cat *.fa mm10.fa
总结
以上基本上涵盖了markdown的主要语法,掌握了这些就可以说markdown入门了。再加上后续不断地练习,必将游刃有余,也为后续标记语言的深入学习奠定了基础。后续,我将使用markdown记录生信学习的过程,整理和分享知识点,祝自己早日成为真正的生信人!