【IT168 评测】一、测试背景:
自2009年浪潮推出了国内首款万亿次桌面超级计算机——“倚天”以来,兼具低成本、高性能特点的“倚天”受到了广大高性能用户的普遍青睐。近日,浪潮 “倚天”宝剑再度出鞘,推出搭载了NVIDIA Tesla最新Fermi架构20系列GPU的升级版桌面超级计算机——NF5588。该产品采用目前业界最先进的双路四核 CPU+GPU异构计算架构,是一款最高计算能力可达4万亿次每秒的高性能超级计算机,同时也是一款高端工作站产品。目前,NF5588已经成功应用于国防科技大学、西交大电信学院、井冈山大学等全国各大知名科研研究单位。
本测试报告将利用分子动力学经典软件NAMD及快速傅里叶变换FFT就这款产品进行全方位性能实测,同时针对上一代倚天桌面超算进行性能对比测试。
▲浪潮“倚天”NF5588
二、测试方案1:
选择典型高性能应用NAMD软件及Nanopore算例来进行实测。NAMD是分子动力学领域最为经典及最早支持CUDA架构计算的软件之一,它基于Charm++并行支持库,实现了动态负载平衡,在高端硬件平台上可以保持较高并行效率直到数千个处理器规模。Nanopore算例是通过分子动力学的方法,利用NAMD软件进行模拟计算,对硅纳米孔柱阵列的排列结构进行研究。
本次对Nanopore算例进行10000个step的计算来进行计算时间对比。测试软件是官网下载的NAMD_2.7b3_Linux-x86_64-CUDA.tar.tar与NAMD_2.7b2_Linux-x86_64-CUDA.tar.tar两个不同版本。运行的命令为:./charmrun ++local +p8 ./namd2 +idlepoll +devices 0,2 /root/apoa1/apoa1.namd,其中+p参数指的是系统CPU运行的核数,+devices参数指的是系统GPU运行的设备号码,此设备号码可由CUDA SDK中的devicequery程序运行得来。
测试方案1对比的是NF5588分别搭载Tesla C2050与Tesla C1060时的性能对比情况,对应Tesla C2050 GPU安装了cuda3.1版本驱动,Tesla C1060 GPU安装了cuda2.3版本及cuda3.1版本驱动,都分别对同样的算例进行了测试,测试平台配置信息及测试结果分别如下。
硬件机型Inspur NF5588
CPU2*Intel Xeon E5520 @ 2.27GHz
GPU2*Nvidia Tesla C1060
2* Nvidia Tesla C2050
内存4*4G DDR3 1333MHz
硬盘500GB SATA
系统OSRed Hat Enterprise Linux Server release 5.4
驱动CUDANVIDIA-Linux-x86_64-190.53-pkg2.run(cuda2.3)
devdriver_3.1_linux_64_256.40.run(cuda3.1)
NAMD版本CUDA驱动版本测试时间(秒)
NAMD_2.7b3_Linux
-x86_64-CUDA2.3-drv1*C10602*C10603*C1060
277.630463156.488815128.077164
3.1-drv1*C10602*C10603*C1060
407.601776221.654938176.371780
1*C20502*C2050
205.011581129.603073
NAMD_2.7b2_Linux
-x86_64-CUDA2.3-drv1*C10602*C10603*C1060
394.606384216.176727174.694672
3.1-drv1*C10602*C10603*C1060
534.408508287.990723233.471939
1*C20502*C2050
357.576599210.960190
上表中的测试时间均为记录系统运行算例的Wall Clock Time,由上表的数据分析可得出以下结论:
1. 驱动版本对性能的影响
对于相同的软件版本在不同驱动版本情况下的测试时间可知,在NF5588平台上安装cuda2.3驱动较cuda3.1的驱动对于C1060 GPU更适合(如下表),这是因为cuda2.3驱动是在Tesla 10系列的cuda架构下开发的;而Tesla 20系列的“Fermi”架构GPU,则需要 cuda3.1的驱动支持,不存在驱动版本的影响。
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2. 软件版本对性能的影响
对比不同版本软件运行时间可知,更高版本的软件性能更优,这也是软件逐步优化版本更替的结果。如下表中的提取数据,说明NF5588在搭载C1060时NAMD_2.7b3的运行时间较NAMD_2.7b2减少25%—30%;在搭载C2050时NAMD_2.7b3的运行时间较NAMD_2.7b2减少38%—43%。
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3. 多GPU加速比的分析
如下表,不难看出NF5588对于搭载多GPU的情况下,加速比值都不错。
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4. 搭载C2050与C1060的性能对比
分别取两个版本NAMD软件在GPU卡适合的驱动(C1060取2.3driver;C2050取3.1driver)下得到对比图表,及性能对比数据:
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对比情况1*GPU2*GPU
2.7b3-3.1drv-C2050
VS
2.7b3-2.3drv-C10602.7b2-3.1drv-C2050
VS
2.7b2-2.3drv-C10602.7b3-3.1drv-C2050
VS
2.7b3-2.3drv-C10602.7b2-3.1drv-C2050
VS
2.7b2-2.3drv-C1060
性能提升35.42%10.36%20.74%2.47%
从测试结果来看, NF5588搭载C2050对比搭载C1060,都有不同程度的提升,最好时能高出35%。但是受软件版本及GPU运行数目的影响,性能提升略有不同。如受软件版本影响,对于2.7b3版本的NAMD_CUDA软件,在C2050对比C1060上的运行性能提升更高,说明新版本软件对C2050新架构的支持更好。
三、测试方案2:
快速傅里叶变换(Fast Fourier Transform FFT)在高性能的应用十分广泛,它在声学、电信、电力系统、图像与信号处理、物探、天线、雷达、卫星 、医疗等应用领域有广泛的应用。凡是可以利用傅里叶变换来进行分析、综合、变换的地方,都可以利用FFT算法及运用数字计算技术来加以实现。
CUFFT 是NIVIDA CUDA的快速傅里叶变换库。是NVIDIA公司专为其CUDA架构计算设备开发的FFT加速库。CUFFT库支持以下功能:
1. 可以对实数或复数进行一维,二维和三维的离散傅里叶变换。
2. 可以同时并行处理一批一维的离散傅里叶变换;
3. 对二维、三维傅里叶变换,每一维可以在[2,16384]中任意取值;
4. 对一维傅里叶变换,能处理最大数组尺寸为8M;
5. 对实数或者复数进行的FFT,结果输出位置可以和输入位置一致(原地变换),也可以不同(异址变换)。
本次测试采用CUFFT库版本:libcufft.so.3.0.14,测试分别在“倚天”NF5588(搭载Tesla C2050)和第一代“倚天”桌面超算上进行,对不同长度的信号(双精度一维数组)先后进行正、负FFT变换,并截取FFT计算的精确时间,测试平台配置如下:
对比平台升级版“倚天”NF5588第一代“倚天”桌面超算
硬件CPU2*Intel E5520 @ 2.27GHz2* Intel E5420 @ 2.5GHz
GPU2* Nvidia Tesla C20502*Nvidia Tesla C1060
内存16GDDR3 1333MHz8GDDR3
硬盘500GB SATA500GB SATA
系统OSRed Hat Enterprise Linux Server release 5.4Red Hat Enterprise Linux Server release 5.4
驱动CUDAdevdriver_3.1_linux_64_256.40.run(cuda3.1)devdriver_3.1_linux_64_256.40.run(cuda3.1)
对比测试结果如下:
Double Inplace FFT Batch enabled
signal_length第一代“倚天”桌面超算升级版“倚天”NF5588性能提升
10240.240.2470.971
20480.1920.2080.923
40960.2160.2121.019
81920.210.2110.995
163840.270.2481.089
327680.4180.4320.968
655360.7920.441.800
1310721.2440.572.182
2621442.1610.8652.498
5242884.4331.4583.040
10485768.5452.6943.172
209715217.3375.6973.043
419430436.21911.5773.129
838860875.36324.6663.055
随信号长度的增加, “倚天”NF5588的性能优势明显体现出来,当信号长度增加到最大8M(数组总大小为64MB)时, NF5588的cufft计算时间仅为第一代产品的三分之一。同时也说明“Fermi”架构的Tesla 20系列GPU在双精度计算上较其上一代平台有了较大性能提升。
四、测试结论:
浪潮升级版“倚天”NF5588较上代产品进行了全面的升级,它支持NVIDIA Tesla最新的20系列GPU,采用双路Intel Xeon 5500/5600系列CPU,及最新的DDR3 ECC Unbuffered/DDR3 ECC Register内存,最大容量可至48GB,并且具有更高的系统可靠性、更强的海量存储能力、更强I/O扩展能力及更卓越的散热技术。
一系列的实测证明了NF5588超强的计算能力,它的计算能力甚至超越了一个小型的高性能集群,浪潮高性能产业将继续努力满足HPC行业对性能无休止的追求,努力满足HPC应用对计算能力最苛刻要求,努力使浪潮的HPC产品胜任于包括生命、金融、证券、动漫、电信、大中型企业、能源等各种关键性应用。