python做pca图_【教程】组学研究，用python快速实现PCA分析和绘图

最新推荐文章于 2024-07-01 18:45:17 发布
最新推荐文章于 2024-07-01 18:45:17 发布
阅读量1.9k 收藏 1
点赞数 2
文章标签： python做pca图
PCA是一种无监督的统计方法，常用于简化多变量数据并揭示样本间差异。本文介绍了PCA的基本原理，算法步骤，并提供了使用Python的sklearn和matplotlib进行PCA分析和绘图的快速指南，适用于蛋白组学和代谢组学研究。
摘要由CSDN通过智能技术生成

什么是PCA

主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)是一种无监督的多元统计分析方法。在蛋白组学和代谢组学研究中能从总体上反应各组样本之间的总体差异和组内样本之间的变异度大小，其结果一目了然，在许多蛋白组学和代谢组学生信分析中常应用这种方法来探究各组样本中的差异。

图 | PCA主成分分析在蛋白组学中的应用

PCA的基本原理：利用数学的方法，将原来变量重新组合成新的互相无关的几个综合变量(即主成分)，对所有因素按重要性排序，通常靠后的微小因素被忽略掉，从而起到简化数据的作用。实际项目中，我们可以通过PCA找出蛋白组学和代谢组学中的离群样本、判别相似性高的样本簇等来找到样本之间的差异。

PCA算法在蛋白组学和代谢组学中的应用

在蛋白组学，代谢组学研究应用领域中，通常需要对含有多个变量的数据进行观测，收集大量数据后进行分析寻找规律。多变量大数据集无疑会为研究和应用提供丰富的信息，但是也在一定程度上增加了数据采集的工作量。更重要的是在很多情形下，蛋白组学、代谢组学研究中许多变量之间可能存在相关性，从而增加了问题分析的复杂性。如果分别对每个指标进行分析，分析往往是孤立的，不能完全利用数据中的信息，因此盲目减少指标会损失很多有用的信息，从而产生错误的结论。

因此需要找到一种合理的方法，在减少需要分析的指标同时，尽量减少原指标包含信息的损失，以达到对所收集数据进行全面分析的目的。由于各变量之间存在一定的相关关系，因此可以考虑将关系紧密的变量变成尽可能少的新变量，使这些新变量是两两不相关的，那么就可以用较少的综合指标分别代表存在于各个变量中的各类信

最低0.47元/天 解锁文章
weixin_39846289
关注
  • 2
    点赞
  • 踩
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
python做pca图_python – 绘制PCA加载和加载在sklearn中的双标图(如R的自动映射)
weixin_39553653的博客
12-08 804
我在R w / autoplot中看到了这个教程.他们绘制了负载和加载标签：autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species',loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue',loadings.label = TRUE, loadings.label.size = 3)我更喜欢Python 3 w / mat...
Ian Goodfellow等人的Deep Learning 英文版（含PDF、mobi和epub）
09-30
Ian Goodfellow等人的Deep Learning 英文版（含PDF、mobi和epub），我还上传了一份中文版，可以搜索下载
Deep Learning ---Ian Goodfellow
qq_40590753的博客
07-30 848
Stochastic gradient algorithm(SGA): 随机梯度下降算法。 https://blog.csdn.net/kwame211/article/details/80364079 PCA:在许多领域的研究与应用中，通常需要对含有多个变量的数据进行观测，收集大量数据后进行分析寻找规律。多变量大数据集无疑会为研究和应用提供丰富的信息，但是也在一定程度上增加了数据采集的工作...
主成分分析（PCA）详解与Python实现
最新发布
weixin_49816293的博客
07-01 571
主成分分析（PCA）是一种统计方法，它通过正交变换将一组可能相关的变量转换成一组线性不相关的变量，这些不相关变量称为主成分。PCA常用于降维、数据压缩和模式识别等领域。PCA的目标是找到数据集中的最大方差方向，并沿着这些方向进行投影，以减少数据的维度，同时保留尽可能多的原始数据集的变异性。PCA是一种强大的降维技术，可以有效地在保留数据集中大部分变异性的同时减少数据的维度。库，我们可以轻松地实现PCA，并利用。库来实现PCA，并可视化结果。喜欢的伙伴们点个关注哦~~我们将使用Python的。
《Deep Learning (Ian Goodfellow)》机器学习基础
kangxiatao的博客
11-17 677
机器学习基础 1. 学习算法 任务 分类、输入缺失分类、回归、转录、机器翻译、结构化输出、异常检测、合成和采样 、缺失值填补、去噪、密度估计或概率质量函数估计 经验 根据学习过程中的不同经验，机器学习算法可以大致分类为无监督（unsuper- vised）算法和监督（supervised）算法，不过它们之间界线通常是模糊的。 2. 容量、过拟合和欠拟合 这两个因素对应机器学习的两个主要挑战： 欠拟合（underfitting）和过拟合（overfitting）。欠拟合是指模型不能在训练集上获得足够低的
Deep Learning - Ian Goodfellow 完整高清英文版
12-17
Deep Learning - Ian Goodfellow 英文清晰原版，官方网站http://www.deeplearningbook.org/，深度学习经典书籍，包含各种神经网络优化与深度学习领域的最新研究。低分分享，希望可以帮助到大家
Deep learning（Ian Goodfellow）中文版
11-07
Ian Goodfellow那本大名鼎鼎的deep learning中文版 来着github上的好翻译
主成分分析PCA降为及故障诊断T2和SPE统计量出图Python.py
07-02
做数据预处理、数据降维、特征提取、T2和SPE统计量、Matplotlib绘图、成分得分矩阵、多层T2和SPE值Pyecharts三维图、主元贡献率碎石图、主元累计贡献率图、相关性分析热力图等等。
python 3d pca_如何在python中使用PCA绘制3D平面？
weixin_35851654的博客
02-19 1118
第一个主分量不定义平面，它定义了一个三维向量。以下是如何在3D中可视化：代码从你的代码开始，然后有绘图步骤：import numpy as npfrom sklearn.decomposition import PCAX = np.array([[24, 13, 38], [8, 3, 17], [21, 6, 40], [1, 14, -9], [9, 3, 21], [7, 1, 14],[8...
10.Pandas、Matplotlib、PCA绘图实用代码补充1
08-03
总结来说，这个案例介绍了如何使用 Pandas 进行数据读取和简单的数据探索，以及利用 Matplotlib 进行数据可视化，包括设置中文显示、保存图片和绘制柱状图。同时，也提及了 PCA 在数据分析中的重要性，尽管未深入...
三色图的PCA，python实现
03-05
本文是一个python文件，用于将图片进行主成分分析，由彩色图转换为主轴灰度图。便于深度学习。AlexNet论文里面的图片主成分分析
深度学习Ian_Goodfellow
07-02
目前唯一比较完整的深度学习的书，全面详实
Deep Learning(Goodfellow)
05-26
此书是一本很好的学习资源，可以帮助学生和从事相关工作人员进入机器学习领域，尤其是深度学习！网上可以直接访问相关的内容，本人只是进行了整理，希望对大家有用！
DeepLearning-Lan Goodfellow 深度学习-赵申剑译
01-10
深度学习 pdf 文字版，带书签整合版，文件太大，压缩了一下。 作者： 【美】Ian Goodfellow（伊恩·古德费洛） , 【加】Yoshua Bengio（约书亚·本吉奥） , 【加】Aaron Courville（亚伦·库维尔） 译者： 赵申剑 , 黎彧君 , 李凯 , 符天凡
deep learning (中文版）Lan Goodfellow Yoshua Bengio
12-27
对于那些刚接触深度学习，而不知道学习什么的人来说，这本书会给出一个清晰的学习计划和详细的内容。本文由Lan Goodfellow，Yoshua Bengio，Aaron Courville合作完成，其中Lan被誉为“GAN之父”，Yoshua Bengio也是深度学习研究领域的专家。
《Deep Learning (Ian Goodfellow)》概率与信息论
kangxiatao的博客
11-17 289
概率与信息论 1. 部分数学概念 张量（tensor） 一个数组中的元素分布在若干维坐标的规则网格中，称之为张量。 生成子空间（span） 一组向量的生成子空间是原始向量线性组合后所能抵达的点的集合。 范数（norm） 在机器学习中，我们经常使用被称为范数的函数衡量向量大小。 特征分解 将矩阵分解成一组特征向量和特征值。 奇异值分解（SVD） 将矩阵分解为奇异向量和奇异值。 2. 实例 主成分分析（PCA） PCA是一种降维的方法 ...
python做pca图,PCA如何绘制一个成分的效果图
weixin_42514394的博客
03-26 1213
在包含解决方案的底部编辑我对我的数据集进行PCA，得到特征向量、特征值和平均值。我想画出改变一个主成分的效果，但我不知道如何改变。所以我想创造一个这样的情节：所以这个公式应该是mean + Pb用p表示特征向量和bb = P.T * (x - mean)但我不知道用什么来表示x。根据Cootes的主动形状模型文件，另一种可能性是b = (b1 b2 .. bt).T所以是一个权重向量。这对我来说更...
《Deep Learning (Ian Goodfellow)》线性代数
kangxiatao的博客
11-14 210
线性代数 1. 部分数学概率 张量（tensor） 一个数组中的元素分布在若干维坐标的规则网格中，称之为张量。 2. 实现 用距离公式计算出待分类数据和数据集的距离 得出距离最近的n个距离值 在最近n个距离值中找出最多的类别 该类别即待分类数据的类别 3. 总结 简单有效但是占用大量空间和时间 可用于简单分类 ...
pca主成分分析python绘图
09-23
对于pca主成分分析的python绘图，可以使用Matplotlib库进行绘制。具体步骤如下： 1. 导入所需的库： ``` import matplotlib.pyplot as plt ``` 2. 对数据进行PCA降维： ``` X_train_nostd = pca.transform(X_train) # 不预处理的PCA scaler = std_clf.named_steps['standardscaler'] X_train_std = pca_std.transform(scaler.transform(X_train)) # 预处理后的PCA ``` 3. 创建绘图窗口和子图： ``` FIG_SIZE = (10, 7) fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(ncols=2, figsize=FIG_SIZE) ``` 4. 绘制不预处理的PCA图： ``` for l, c, m in zip(range(0, 3), ('blue', 'red', 'green'), ('^', 's', 'o')): ax1.scatter(X_train_nostd[y_train == l, 0], X_train_nostd[y_train == l, 1], color=c, label='class %s'% l, alpha=0.5, marker=m) ``` 5. 绘制预处理后的PCA图： ``` for l, c, m in zip(range(0, 3), ('blue', 'red', 'green'), ('^', 's', 'o')): ax2.scatter(X_train_std[y_train == l,0], X_train_std[y_train == l, 1], color=c, label='class %s'% l, alpha=0.5, marker=m) ``` 6. 设置标题、标签和图例等： ``` ax1.set_title(u'PCA降维后的训练集') ax2.set_title(u'特征放缩 PCA降维后的训练集') for ax in (ax1, ax2): ax.set_xlabel(u'第一主成分') ax.set_ylabel(u'第二主成分') ax.legend(loc='upper right') ax.grid() plt.tight_layout() ``` 以上是使用Matplotlib库进行PCA主成分分析的绘图步骤。您可以根据自己的数据和需求进行相应的调整和修改。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值