热图(Heatmap):用颜色变化直观的表达数据之间差异的图,是对实验数据进行质制和差异数据的展现,是数据挖掘类文章的标配。
Rplot1.jpeg
例如上图,每个小方格表示每个基因,其颜色表示该基因表达量大小,表达量越大颜色越深(红色为上调,蓝色为下调)。每行表示每个基因在不同样本中的表达量情况,每列表示每个样品中所有基因的表达量情况。上方树形图表示对来自不同实验分组的不同样品的聚类分析结果
Draw heatmaps#画热图
pheatmap(test)
pheatmap(test, kmeans_k = 2)#把所有行归为两类画热图
pheatmap(test, scale = "row")#归一化(按照行),防止因极大值使其他值的差异显现不出来
pheatmap(test, color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(50))#设定图表颜色,不设定则为默认颜色,50为50个色块
pheatmap(test, cluster_row = FALSE)#不按照行排序,意味遵循表格原始行的顺序
pheatmap(test, legend = FALSE)#不标注注释信息
Show text within cells#在单元格中显示文本
pheatmap(test, display_numbers = TRUE)#显示每个格子具体代表的数字
pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format = "\%.1e")
pheatmap(test, display_numbers = matrix(ifelse(test > 5, "*", ""), nrow(test)))#大于5的*号
pheatmap(test, cluster_row = FALSE, legend_breaks= -1:4,)
)
legend_breaks= -1:4#只显示注释信息的-1到4,
legend_labels = c("0","1e-4", "1e-3", "1e-2", "1e-1", "1")#把注释标签换成这几个数字
Fix cell sizes and save to file with correct size#修复单元格大小并以正确的大小保存到文件
pheatmap(test, cellwidth = 15, cellheight = 12,main = "Example heatmap")#设定宽,高,main为设定表的表头,也就是名字
pheatmap(test, cellwidth = 15, cellheight = 12, fontsize = 8, filename = "test.pdf")#fontsize设定字体大小,filename设定文件名
Generate annotations for rows