r语言热图对列不进行聚类_初学者R语言：热图基础画法及个性化调整详解

热图(Heatmap)：用颜色变化直观的表达数据之间差异的图，是对实验数据进行质制和差异数据的展现，是数据挖掘类文章的标配。

Rplot1.jpeg

例如上图，每个小方格表示每个基因，其颜色表示该基因表达量大小，表达量越大颜色越深(红色为上调，蓝色为下调)。每行表示每个基因在不同样本中的表达量情况，每列表示每个样品中所有基因的表达量情况。上方树形图表示对来自不同实验分组的不同样品的聚类分析结果

Draw heatmaps#画热图

pheatmap(test)

pheatmap(test, kmeans_k = 2)#把所有行归为两类画热图

pheatmap(test, scale = "row")#归一化(按照行)，防止因极大值使其他值的差异显现不出来

pheatmap(test, color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(50))#设定图表颜色，不设定则为默认颜色，50为50个色块

pheatmap(test, cluster_row = FALSE)#不按照行排序，意味遵循表格原始行的顺序

pheatmap(test, legend = FALSE)#不标注注释信息

Show text within cells#在单元格中显示文本

pheatmap(test, display_numbers = TRUE)#显示每个格子具体代表的数字

pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format = "\%.1e")

pheatmap(test, display_numbers = matrix(ifelse(test > 5, "*", ""), nrow(test)))#大于5的*号

pheatmap(test, cluster_row = FALSE, legend_breaks= -1:4,)

)

legend_breaks= -1:4#只显示注释信息的-1到4，

legend_labels = c("0","1e-4", "1e-3", "1e-2", "1e-1", "1")#把注释标签换成这几个数字

Fix cell sizes and save to file with correct size#修复单元格大小并以正确的大小保存到文件

pheatmap(test, cellwidth = 15, cellheight = 12,main = "Example heatmap")#设定宽，高，main为设定表的表头，也就是名字

pheatmap(test, cellwidth = 15, cellheight = 12, fontsize = 8, filename = "test.pdf")#fontsize设定字体大小，filename设定文件名

Generate annotations for rows