python读取hdf5文件_用cython和h5py快速读取hdf5文件

我正在尝试加快python3函数的速度，该函数获取一些数据，这是一个索引数组，如果它们满足某个条件，就保存它们。我试着用“cython-a”来加快速度脚本.py但瓶颈似乎是h5py I/O切片数据集。在

我对cython比较陌生，所以我想知道是有什么方法可以加快速度，还是我只是受到了h5py I/O的限制？在

以下是我要改进的功能：import numpy as np

import h5py

cimport numpy as np

cimport cython

from libc.math cimport sqrt

DTYPE64 = np.int64

ctypedef np.int64_t DTYPE64_t

DTYPE32 = np.int32

ctypedef np.int32_t DTYPE32_t

@cython.boundscheck(False)

@cython.wraparound(False)

def tag_subhalo_branch(np.ndarray[DTYPE64_t] halos_z0_treeindxs,

np.ndarray[DTYPE64_t] tree_pindx,

np.ndarray[DTYPE32_t] tree_psnapnum,

np.ndarray[DTYPE64_t] tree_psnapid,

np.ndarray[DTYPE64_t] tree_hsnapid, hf,

int size):

cdef int i

cdef double radial, progen_x, progen_y, progen_z

cdef doub