前面我们讲了R批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件,那么如何将这些fasta序列读到R里面,方便后面处理呢?今天小编就给大家演示一下如何利用R将fasta序列转成data.frame。我们就用上次下载到的BCR的VDJ序列为例,7个fasta文件存放在BCR_seq文件夹中。
#安装Biostrings包
BiocManager::install("Biostrings")
library("Biostrings")
library(plyr)
filenames=gsub("\\.fasta","",list.files("BCR_seq"))
filepath=list.files("BCR_seq",full.names = T)
#循环读入7个fasta文件额内容
data
fastaFile
#获取序列名字,只取前两列
seq_name = do.call(rbind,strsplit(names(fastaFile),"\\|"))
id=seq_name[,1:2]
#获取序列信息,删掉.
sequence = gsub("\\.","",paste(fastaFile))
#生成数据框
df
na