r生成新的dataframe_R如何将fasta转成dataframe

前面我们讲了R批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件，那么如何将这些fasta序列读到R里面，方便后面处理呢？今天小编就给大家演示一下如何利用R将fasta序列转成data.frame。我们就用上次下载到的BCR的VDJ序列为例，7个fasta文件存放在BCR_seq文件夹中。

#安装Biostrings包

BiocManager::install("Biostrings")

​

library("Biostrings")

library(plyr)

filenames=gsub("\\.fasta","",list.files("BCR_seq"))

filepath=list.files("BCR_seq",full.names = T)

#循环读入7个fasta文件额内容

data

fastaFile

#获取序列名字，只取前两列

seq_name = do.call(rbind,strsplit(names(fastaFile),"\\|"))

id=seq_name[,1:2]

​

#获取序列信息，删掉.

sequence = gsub("\\.","",paste(fastaFile))

#生成数据框

df

na