securecrt遇到一个致命的错误且必须关闭_(转)在Ubuntu 18.04安装PANDA 1.3.1：一个用于弥散张量磁共振成像的管道模型工具

在Ubuntu 18.04 LTS安装PANDA1.3.1：一个用于弥散张量磁共振成像的管道模型工具 由 赵匡是 采用 知识共享 署名-非商业性使用-禁止演绎 4.0 国际 许可协议进行许可。
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最近帮师姐做DTI数据的处理，师姐推荐使用北师大崔再续博士开发的PANDA软件。

PANDA全称是Pipeline for Analyzing braiN Diffusion imAges，意为一个用于弥散张量磁共振成像的管道模型工具。其基于牛津大学FMRIB的fsl，并整合了MRIcron的dcm2nii工具、利用psom管道模型系统进行多线程并行处理，使得原本需要使用多个软件及进行预处理的MRI数据能够在PANDA中直接完成。PANDA的Full Pipeline功能提供了从原始的张量图像文件（DICOM格式或NIfTI格式）直接输出为DWI分析结果并生成图像（自动进行52个步骤的并行处理）；如果输入的数据为整组的数据并给定T1结构像，则PANDA Full Pipeline自动进行84个步骤的并行处理，输出经基于束路的空间统计（TBSS）后的DTI数据及图像。由于其能够最大限度地利用计算机或服务器集群（SGE集群）的硬件性能，并节省研究者大量用以预处理数据的时间，被研究者广泛使用。

由于PANDA作为一款开源软件，其安装过程包含了许多前期依赖包的安装，对于刚接触的人来说会遇到各种问题。本文介绍了我在Ubuntu 18.04 LTS上安装PANDA的过程、遇到的问题及解决的办法，面向完全没有linux使用经验的新手，给出尽可能详细的安装指导，希望能够给到大家一定的帮助。如果遇到了本文没有提到的其他报错或问题，可在本文下方留言。

教程中将不会涉及linux的权限管理部分的内容，默认你是在自己的个人计算机或课题组的公用计算机上安装，你和其他使用者均具有管理员权限，未来随时能够使用sudo命令使用这些软件（虽然我并不是这么做的，因为这样存在安全隐患）。

1. 操作系统要求

PANDA的运行依赖于牛津大学FMRIB的fsl软件，这款软件仅支持在类unix系统上运行，包括各linux发行版及MAC系统，在Windows下需要安装虚拟机才能够运行。由于PANDA本身自带GUI，所以在纯命令行的linux系统上难以使用PANDA。你必须使用一套带有桌面环境（Desktop Environment, DE）的操作系统，或连接至X Server使用你的命令行系统。

我使用的是Xubuntu 18.04 LTS系统，采用的是xfce桌面环境，在本文中均以本环境为例。我也在使用Gnome桌面环境的Ubuntu系统安装成功。

如果希望通过纯命令行方式使用PANDA的话，需要自己编写一些输入输出和设置脚本，或首先利用GUI配置参数，稍后调用PANDA的主函数g_dti_pipeline.m，具体请参见崔再续博士的回答。

2. 安装MATLAB

PANDA基于MathWorks的MATLAB语言开发，且利用了PSOM以建立管道模型，所以你的计算机或集群上必须安装有MATLAB。PANDA最新的1.3.1(released in 2016)没有相应的Octave版本，经过测试无法在Octave上运行；而官网提供的1.2.0 Octave版本也存在诸多兼容性问题，在我的系统上测试，没有任何报错却无法打开GUI界面。测试过程如图：

所以推荐购买使用MATLAB。本文使用MATLAB R2018b版本为例。在更早的MATLAB版本中，可能存在MATLAB自带的图形库和系统图形库冲突的bug，但是MATLAB已经给出了一些解决方案，会在后文中提到。

2.1 挂载MATLAB安装镜像

无论你是通过购买USB存储介质，还是通过互联网下载获得了MATLAB的安装镜像文件(.iso)，你首先都需要对其进行挂载操作。

首先通过文件管理器进入存有.iso文件的目录，并右击空白处，选择“Open Terminal Here”。在翻译得较好的桌面环境中，可译为类似“打开终端模拟器”的选项。

打开终端模拟器后，会显示如下的命令：

zhaokuangshi@zhaokuangshi-WorkStation:~/Downloads$

这行字具有三个重要的分隔符：@、:和$。在@前的为你登录系统的用户名，@和:之间的为你使用的计算机名，:和$之间的为你所在的路径，而$符号后面的则为你输入的命令。如果你是以root用户登录的，则$符号的位置会变为#，提示你正在使用超级用户。请检查一下，命令行中显示的你所在的路径，是否为你存有.iso文件的路径。为了可读性考虑，后面的教程不会再重复显示:之前的内容。

如果检查确认无误，则在终端模拟器中输入：

~/Downloads$ sudo mount -o loop R2018b_glnxa64_dvd1.iso /cdrom

注意，这个部分为sudo mount -o loop [被挂载的.iso文件名] [挂载至的目标位置]，请把.iso文