centos7 安装java 8_CentOS 7.8下安装完美安装配置Rosetta

硬件环境

CPU: 50 cores
内存： 80GB

安装依赖

yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2

编译器的选择

• 使用GCC编译器

最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性，因此我们需要更新系统自带的gcc编译器。如果使用gcc-8.21, 完全可以编译通过Rosetta.

Aspirin：CentOS 7.8升级gcc-8.2​zhuanlan.zhihu.com

• 使用Clang编译器

版本Clang 3.4.2, 此外你需要额外编译clang版本的openmpi。clang3.4完全兼容C++11 regex。推荐使用！并且更加灵活和快速。

yum install epel-release
yum install clang clang-devel clang-analyzer

OpenMPI的编译与安装

GCC编译环境:

Aspirin：CentOS 7.6安装OpenMPI3.1.0​zhuanlan.zhihu.com

环境变量配置：

vim ~/.bash_profile

#OpenMPI

export 

source ~/.bash_profile #立即生效

编译安装OpenMPI3.1.0

cd openmpi-3.1.0/
./configure --prefix

• Clang编译环境

环境变量配置

vim ~/.bash_profile

export 

source ~/.bash_profile #立即生效

基于clang编译安装OpenMPI3.1.0

#自行编译的方法:clang.并创建软连接。
tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz

运行时应该使用mpiclang，而不是mpirun(gcc)，避免影响其他gcc编译软件的并行。

Rosetta的编译与安装

环境变量配置

vim ~/.bashrc #打开.bashrc

#Rosetta

source ~/.bashrc #立即生效

编译多线程模式版本的Rosetta, 此处以调用48个核编译为例:

cd 

测试运行

# gcc
antibody.mpi.linuxclangrelease 

参考资料

1. 谷雨：CentOS7配置Rosetta安装教程

2. rosetta common sh: mpiCC command not found解决方法