gromacs manual_小分子虚拟筛选与小分子-蛋白模拟教程——5.gromacs做蛋白-配体模拟...

今天是本课程最后一讲，介绍了关于gromacs做蛋白-小分子动力学模拟的方法，因为官网上的教程（http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/02_topology.html）已经很全面了，这里主要讲解一下容易出bug的地方：

下载CHARMM36力场

#下载CHARMM36力场和cgenff_charmm2gmx_py2.py文件(http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs)

获得protease的拓扑文件：

#选择charmm36-mar2019

获得小分子的拓扑文件：

#autodock的结果文件fda1_out.pdbqt

其它：

后面的内容完全参照gromacs的教程进行即可（http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/02_topology.html），关于模拟后的分析，除了官网上提供的那些，大家也可参考我之前写的一个推文：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4ODcyNDQzNA==&mid=2247484074&idx=1&sn=1be708590aee3b4becfcc31d17e9d0fe&chksm=fdd92317caaeaa0147483dbd47d0c61a9f99426989a08902fbd1c5841ddad8c3e9d8dc0df537&token=1775141474&lang=zh_CN#rd

今天课程视频请移驾到我的微信公众号：Becky的生活and科研

本系列视频告一段落，大家如果有不明白的地方可以私信；

如果想获得本课程相关资料，包括我讲解时候的文字材料，软件包（pymol, chimera, avogadro, 学术版YASARA等），可以在我的公众号打赏，或者在文末赞赏至少20元（如果之前打赏过的小可爱，请自动减去之前赞赏的金额哈），赞赏时请备注：“你的邮箱+becky开课了”，我会在看到赞赏和留言后第一时间将资料发给你；

这些软件都是可以从网上免费下载到的，文字内容我在视频中也都讲到过~

资料截图如下：

软件资料：