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翻译 水中的溶菌酶 第一步:准备拓扑

【译者注:关于水模型:gromacs自带的有SPC(简单点电荷模型,spc),SPC/E(扩展的简单点电荷模型,spce),TIP3P(三点水模型,tip3p),TIP4P(四点水模型,tip4p),TIP5P(五点水模型,tip5p)。不是万能的,不是所有分子的拓扑都能用它生成,只有力场(在.rtp文件中,通常是蛋白,核酸和一些非常有限的辅因子,如NAD(H)和ATP)中已经定义的残基才能用。是一个GROMACS格式的结构文件,包含所有在力场中定义的原子(例如,H原子已添加到蛋白质的氨基酸残基上)。

2022-11-16 23:55:19 1072 4

原创 Gromacs基础教程一:入门建议

本系列教程针对的群体:非计算化学专业,而是偏生物方向的、有少量分子动力学模拟需求的人群。

2022-10-26 18:14:46 3697

原创 生物化学部分中英对照(持续更新中)

单糖 monosaccharide二糖 disaccharide寡糖 oligosaccharide多糖 polysaccharide甘油醛 glyceraldehyde非对映体 diastereomer差向异构体 epimer葡萄糖 glucose Glc果糖 fructose Fru半乳糖 galactose Gal 脑糖甘露糖 mannose Man淀粉 starch糖原 glycogen蛋白聚糖 proteoglycan PG

2022-10-22 23:33:06 440

原创 AutoDock Vina批量对接结果批处理脚本(bash)

目前仅支持输出文件名+打分,其他功能正在开发中(超龟速)

2022-10-06 12:22:02 1028

原创 PDB文件详解一:标题部分

PDB标题部分内容详解,包含HEADER、TITLE、COMPND、SOURCE、KEYWDS、EXPDTA、AUTHOR、REVDAT、JRNL、REMARK行头解析

2022-09-25 00:08:51 1495

原创 AutoDock Vina 全套软件安装教程(Linux)

本教程安装的软件包括:AutoDock Vina、ADFR suite、LePro、Visual Studio Code、PyMOL

2022-09-12 21:13:33 6512

原创 LeDock系列软件安装方法(Linux)

直接用bash命令使用ledock系列软件

2022-09-09 01:27:16 785

原创 LeDock系列分子对接软件使用方法【Usage】记录一:LeDock

LeDock命令详解Windows版本的LeDock与LePro合并,无LeFrag、LeWater和其他附加模块,将作单独一讲。

2022-07-14 11:59:08 769 2

原创 关于小容量固态硬盘可分区大小远小于实际可用空间的解决方案

问题情况:256G固态硬盘,可用空间100G,可分区空间不足10000MB解决方案:备份电脑,重装系统时选择格式化当初是为了装linux才想去给硬盘分区,一看可分区空间才10000MB人都傻了。这分个啥?遂上CSDN寻找解决方案,无果。有各种操作的,解除各种系统限制的,优化存储的,等等等等,其实没多大用,至少对我来说是这样,一顿操作完多出的可分区空间还不到5GB。来说说我电脑的情况。我特别喜欢打游戏,所以电脑下了单机游戏(100G),之后就没多少空间了,又要做生信,实在吃不消。我记得有一

2022-05-12 23:55:51 1685

原创 分子动力学模拟笔记-GROMACS模拟蛋白质小分子体系(二)

0基础菜鸟学GROMACS

2022-05-10 10:56:15 2985 2

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