- 博客(31)
- 资源 (3)
- 收藏
- 关注
RSS订阅翻译 PLUMED MetaDynamics Simulation with GROMACS
该教程原文链接为本教程的目的是向用户介绍使用 PLUMED 运行元动力学模拟。我们将在真空中建立丙氨酸二肽的简单模拟，分析输出，并从模拟中估计自由能。我们还将学习如何运行回火元动力学模拟（well-tempered metadynamics simulation），并检测与集体变量选择不当有关的问题。”内的内容为译者添加。
2023-12-13 18:18:09
1374
翻译 PLUMED MetaDynamics Simulation 输入文件编写教程
本文翻译自，旨在指导读者完成MetaDynamics Simulation 输入文件的编写，该文件可用于诸如 GROMACS 的，以完成最终模拟。
2023-12-01 19:14:06
806
原创 PLUMED 及 GROMACS with PLUMED 安装教程
本文意在指导读者安装 PLUMED 及与其适配的 Gromacs。，我们需要先安装好 PLUMED，然后利用其对 Gromacs 安装包进行处理，随后才可以编译出可以使用 PLUMED 的 Gromacs 版本。
2023-11-28 13:44:42
2468
原创 GROMACS Tutorial - TMD with NeqPCA
第二个模拟体系 benzamidine-trypsin 编写，意在指导读者运行蛋白质-配体的模拟体系，以及 TMD（牵引动力学模拟）和后续 PCA 分析的进行。因为我们要进行PCA分析，所以要获得大量的 TMD 轨迹（通常是100个以上），使用如下脚本进行50次重复的TMD模拟，其中的 TMD.mdp 文件的牵引设置如下。力场（当然你可以使用你喜欢而且合理的力场），但是由于我们新生成了配体的参数，需要将。（但是因为3PTB里面给的配体结构比较奇葩，加氢后氢的数量不一定对，因此建议前往。
2023-11-02 14:33:38
335
翻译 GROMACS Tutorial - dcTMD 估算非平衡状态的下自由能
本教程基于 [Multisecond ligand dissociation dynamics from atomistic simulations](https://www.nature.com/articles/s41467-020-16655-1) ^1^ 第二个模拟体系 benzamidine-trypsin 编写，意在指导读者运行蛋白质-配体的模拟体系，以及dcTMD（牵引动力学模拟）和后续ΔG(x)等的计算。本教程所用到的软件/脚本均可在[Stock Lab课题组的网站]找到
2023-10-29 23:11:29
200
翻译 g_mmpbsa：Gromacs 插件，计算MM/PBSA
g_mmpbsa适用于 Gromacs 4.5.x-5.1.x 版本计算 MM/PBSA。。”内的内容为译者添加。如果你在模拟中使用了该脚本，请务必在发表时引用：有关于MMPBSA的基础原理可以参考。
2023-08-10 17:20:22
1482
翻译 Rosetta Tutorial 13 ~ 14 翻译 | 主要为 Output Analyzing 及 FoldTree 部分
该文档翻译自Rosetta官网的教程性文档 Rosetta Tutorials, Demos, and Protocol Captures，原文链接：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home 。“😇”内的内容为译者添加。
2023-07-07 11:06:52
255
翻译 Rosetta Tutorial 11 & 12 翻译 | 主要为 Relax 部分
该文档翻译自Rosetta官网的教程性文档 Rosetta Tutorials, Demos, and Protocol Captures，原文链接：[https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home](https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home) 。“”内的内容为译者添加。
2023-07-06 14:47:23
501
翻译 Rosetta Tutorial 10 翻译 | 主要为 Minimizer Tutorial 部分
该文档翻译自Rosetta官网的教程性文档 Rosetta Tutorials, Demos, and Protocol Captures，原文链接：[https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home](https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home) 。“”内的内容为译者添加。
2023-07-05 15:58:13
174
翻译 Rosetta Tutorial 5/7/9 翻译 | 主要为 Scoring & Packer Tutorial 部分
该文档翻译自Rosetta官网的教程性文档 Rosetta Tutorials, Demos, and Protocol Captures，原文链接：[https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home](https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home) 。“”内的内容为译者添加。
2023-07-03 17:21:26
330
翻译 Rosetta & PyRosetta Installing and Building 翻译 Rosetta 安装
本文为 Rosetta 安装教程，翻译自https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build。
2023-07-01 12:24:11
835
翻译 Cellulose Builder 用户指南
本文是对 Cellulose-Builder 用户指南的翻译及注解，原文连接。Cellulose-Builder 使我们能够以 .xyz 和 .pdb 格式构建任意大小和形状的多种纤维素多晶型物的微晶。例如，这些文件可以用于包含纤维素结晶域的系统的分子动力学(MD)模拟。这个程序最初发表在下面的论文中。如果你使用了Cellulose-Builder，请引用发表的工作:那篇论文包含了 Cellulose-Builder 的功能、使用例子和图例，而且是程序文档的主要组成部分。
2023-04-14 16:03:10
1875
6
翻译 Cellulose nanofibril MD tutorial
请注意，如果你要用其他结构搭建 top，那么请合理计算出你的纤维素结构的参数 (长，宽，高)（这里的“长”指的是纤维素单链的长度，“宽”和“高”是不言自明的；在开始模拟之前，我们必须要有纤维素的基本结构单元葡萄糖（虽然理论上是纤维二糖，但是这里力场的最小单元可以是葡萄糖）的键合和非键参数，在本教程中是用的是Amber14 力场，你可以在。如果 Cellulose-builder 给你生成的体系的糖链没有沿着你想要的方向，或者不在你想要的平面的话，使用下面这个指令进行摆正。部分的设置修改一下（见下）。
2023-04-06 23:54:14
1043
1
原创 GROMOS参数（、运行、索引、日志）相关文件解读
gromacs动力学模拟中，会把每一步计算所得的部分参考参数写入.log文件中，这些参数仅仅用于向用户报告 mdrun 的运作情况而不会作为根本的分析数据。: 切换是否区分大小写（对于某些原子命名为类似于 O 及 o，而实际上是不同的原子时（可能这两种原子参数不同或者你有什么别的想法？: 按残基编号（及 insertion code，PDB里面可以理解为链的那一列）选择残基；: 按原子将 nr 组划分为不同的组（上述三种操作见后面的演示）；: 选择输入文件内除该组外所有的原子（取补集），非；
2022-12-22 18:23:38
1732
原创 蛋白质一级结构全局比对 Needleman-Wunsch 算法的 Python 实现
里面，由于matrix1索引为0的行(列)是留出来写序列的（后来发现好像numpy的matrix似乎写不进字符串），索引为1的行(列)是用来空对比的（或者说是gap对比），所以我们。计算得到的最总分数里存在两个相同的最大值，也就是存在多条回溯路径，那么该怎么实现多个输出呢，或者说设计一个优先级的判断……为配对分数的一个简易库（因为嫌麻烦所以只写了需要用到的，如果是核酸序列那就更简单了），并且可以查询得到配对分数。为溯回矩阵，用于记录各配对得分的来源，以及最终对比结果的输出。第i个残基在矩阵中的位置。
2022-11-01 23:19:31
483
原创 POVME3使用的一些前置处理及 example 所用 .ini 翻译
如果未指定此类区域，POVME 将计算包含口袋的点阵覆盖的所有口袋的总体积，即使它们不是连续的。设置将添加第二个球体，此球体仅用于演示目的（不会起到计算作用，当然如果你确实同时有第二个需要计算的口袋，那么就把它设置为相应的坐标和半径）。在以前的版本中，凸包将针对每帧重新计算，但这会导致显著的数值噪声，因为蛋白质在不同帧的运动可能会从根本上重新定义凸包。POVME可以在基于Unix的系统上使用多个处理器，在此设置所使用的的核数（尽管只是将不同帧均分给不同核来进行相对独立的计算）。
2022-09-26 11:54:44
1215
原创 GROMACS .mdp 选项翻译及笔记
本文档用以说明 .mdp 文件各选项的释义，相应选项名称为粗体（其后的粗体括号中为默认值，单位用方括号括起来，破折号和下划线之间的差值会被忽略）。解释部分标蓝文字说明在其他条目中存在，标红文字为示例代码，每个大条目后会贴出其在 mdout.mdp 中对应部分。本文所展示的选项为 GROMACS 5.0.7 版本所通用，在后续版本中部分选项的内容有所调整，因此如果报出 .mdp 文件中某指令不存在，最好查看一下你的版本的 release note，我也会在有相应变动的地方补充一些的更新内容。.........
2022-08-04 10:43:00
7015
2
翻译 GROMACS Tutorial 6-Free Energy Calculations
Methane in WaterIntroductionTheoryThe TopologyFree 本教程将指导用户通过计算一个简单的自由能变化的过程（中性甲烷和盒内水分子之间的范德华相互作用的去除解耦过程）。 这个量曾由 Shirts 等人在系统地评估氨基酸侧链的溶剂化自由能时用不同的原子力场计算出来。本教程需要 GROMACS 2018.x 系列的版本。本教程将假设您对什么是自由能计算、存在的不同类型以及该技术的基本理论有一个...
2022-07-09 11:19:49
1985
原创 生态学种-面积曲线模拟抽样程序
生态学实验被拉到荒地去认植物（笑），最后要画一个将样方打乱，随机抽取然后统计样方面积与物种总数的关系（理论上是符合一个幂函数的关系）。然后突发奇想快速码出：样本是这样（每一行代表一个样方）：最后图还挺漂亮的（稍微变换成了对数的）.......
2022-06-30 23:21:04
665
1
翻译 GROMACS Tutorial 3-SMD & Umbrella Sampling
Umbrella SamplingIntroductionThe Topology本教程将指导用户设置和运行一个牵引模拟（pulling simulations），以计算两个物质之间的结合能。在此我们假设你已经成功地完成了溶菌酶教程、其他一些教程或者精通基本的GROMACS模拟方法和拓扑组织。本教程特别关注于正确构建系统的方法和牵引代码本身的设置。结合能（ΔGbind）来自于从一系列伞形采样模拟中提取的平均力势（potential of mean force，PMF）。在伞形采
2022-05-01 19:43:38
6222
2
原创 整理的几种适用于GROMACS输入的小分子拓扑文件获取流程
最近在研究底物结合的时候，用新手教程提供的方案得到的拓扑惩罚值太高（可能我的那个 ligand 结构太奇怪了😇）,所以（被迫）搜寻了其他几种优化小分子拓扑的方法，下面细细锁一下：preparatory work一般来说，为了构建一个适用于GROMACS的拓扑，我们要把 .pdb 转换成好处理的 .mol2 格式（如果你连小分子三维模型都没有的话，可以用 GaussView 搭建一个（不过这就是另外的话题了））。新手教程里处理 .pdb 用的是 Avogadro，但是个人感觉用来转化文件格式、做做小处理有
2022-04-07 13:11:00
8275
19
原创 GROMOS拓扑（、坐标、轨迹、能量）相关文件解读&手册第5章阅读笔记II
有些时候，为了方便运用某一个常用分子的拓扑或者使 topol.top 文件结构更加简洁，可以把它单独写入一个 .itp 文件中。这个文件仅包含一个特定分子的信息，可以被任意引用，这样就避免了每次都需要使用`pdb2gmx`或者重复地复制粘贴。一般力场中都会提供水分子、离子（有些还提供少许脂质分子）的 .itp 文件；此外有些常用小分子（如ATP）的信息会被储存在立场文件夹的 aminoacids.rtp 中，在`pdb2gmx`过程中与大分子一并生成拓扑。.........
2022-04-03 15:05:03
7850
1
翻译 GROMACS Tutorial 5-Protein-Ligand Complex
本例将指导使用者建立一个包含与配体配合的蛋白质（T4溶菌酶L99A/M102Q，T4 lysozyme L99A/M102Q）的模拟系统的过程。本教程特别关注处理与配体相关的问题，假设你熟悉基本的GROMACS操作和拓扑的内容。如果你还不甚了解，请在尝试这个教程之前参考一个更基本的教程。
2022-03-17 16:55:34
4231
1
翻译 GROMACS Tutorial 2 for Membrane Protein & Build Membrane Bilayer with CHARMM-GUI
GROMACS Tutorial 2-Membrane Protein: KALP15 in DPPC
2022-01-12 17:20:10
7486
12
翻译 GROMACS Tutorial 1-Lysozyme in Water-translated with notes
gromacs分子动力学模拟教程的第一个：水环境中的溶菌酶模拟。
2022-01-10 20:10:15
5156
3
原创 GROMACS的安装以及部分常见报错
开始安装之前需要准备一些东西（这些的具体安装方式下面会讲的，不过喜欢自己配置环境的话也可以手动捣鼓）：1.可以运行的Linux机器（下面说明用到的都是Centos 7.x的版本，另外我用到的是阿里云的云服务器）2.1 cmake3（下面教程有傻瓜版安装。手动安装可以参考https://blog.csdn.net/zjb18741809273/article/details/119192553；不过编译gromacs还需要Python3的支持，Linux系统大多自带Python2，所以手动的大佬可
2021-08-27 11:28:46
7443
4
原创 Python-Numpy 学习笔记
最近在捣鼓滴定曲线的时候发现numpy是真的好用，打算系统的学一学，放点笔记在这里。还有一个关于numpy的题库GitHub-Numpy100题ndarray相关创建ndarray类型：np.empty(shape)创建一个大小为shape的随机数组（未初始化）np.zeros(shape)创建一个全0数组np.ones(shape)创建一个全1数组np.full(shape,value)创建一个由value填满，大小为shape的数组np.ar
2021-01-20 15:48:07
375
原创 matplotlib制作雷达图报错ValueError及连线不完整问题解决
matplotlib制作雷达图报错ValueError在教材实例编写雷达图时出现ValueError，具体如下：ValueError: The number of FixedLocator locations (7), usually from a call to set_ticks, does not match the number of ticklabels (6).而原代码如下：import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimpor
2020-12-12 22:02:51
18314
11
cellulose-builder
2023-04-07
量子化学计算程序软件ORCA（4.1.2版本）
2022-03-31
量子化学计算软件ORCA5.0.3版本
2022-03-31
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人