python医学图像读取_python使用SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据并保存为图片...

SimpleITK 和 Nibabel 的区别：

SimpleITK 加载数据是channel_first，即(155，240，240)；

Nibabel 是 channel_last，即(240，240，155)，其中155是图像通道数，也就是155张图像，可以把nii看成二维图像，也可以看成三维。

But  nibabel加载出来的图像被旋转了90度，横过来了，不知道什么原因~亟待解决~

SimpleITK

import SimpleITK as sitk

import skimage.io as io

def read_img(path):

img = sitk.ReadImage(path)

data = sitk.GetArrayFromImage(img)

return data

#显示一个系列图

def show_img(data):

for i in range(data.shape[0]):

io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray')

print(i)

io.show()

#单张显示

def show_img(ori_img):

io.imshow(ori_img[60], cmap = 'gray')

io.show()

path = 'F:/my_data/t1ce.nii.gz' #数据所在路径

data = read_img(path)

show_