最常见的医学图像有CT和MRI,这都是三维数据,相比于二维数据要难一些。而且保存下来的数据也有很多格式,常见的有.dcm、.nii(.gz)、.mha、.mhd(+raw)。所有的文件格式都可以使用SimpleITK进行处理,但是也可以使用nibabel处理.nii(.gz)格式的图像,pydicom可以对.dcm文件图像进行读取和修改。本文将讲述如何使用conda安装这三类图像处理库。
自己使用python版本为python3.7(3.6也适用),其中,SimpleITK在安装过程中使用conda install SimpleITK或是pip install SimpleITK都无法安装成功,查询一些资料后,安装方式如下:
- conda install -c simpleitk simpleitk
- conda install -c conda-forge nibabel
- conda install pydicom
当然,使用过程中numpy、matplotlib、opencv等都是必不可少的,其中opencv和opencv-contrib安装如此处所示。