dicom文件_NIfTI和DICOM的格式互相转换

本文介绍了如何进行NIFTI和DICOM文件的互相转换,包括使用nifti2dicom、plastimatch、3D Slicer、dicom2nifti、dcm2nii以及dcm2niix等工具。注意,某些工具可能存在转换问题,如plastimatch在转换时可能会把x,y轴转反。推荐使用dcm2niix进行转换,并可以利用med2image将DICOM或NIFTI转换为jpg或png格式。" 44890663,1939033,C#入门:递归实现简单文件管理器,"['C#编程', '文件操作', '递归算法', '初学者教程', '编程实践']
摘要由CSDN通过智能技术生成

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NIFTI和DICOM文件互相转换

  • https://github.com/biolab-unige/nifti2dicom(推荐使用)
    • sudo apt install nifti2dicom
    • 下载:https://launchpad.net/ubuntu/xenial/amd64/nifti2dicom-data/0.4.11-1ubuntu3
    • 文档: http://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/nifti2dicom.1.html

使用方法:

nifti2dicom -i <input_file> -o <output_dicom_dir> -a <accession number,随意指定即可>
nifti2dicom -i FLAIR.nii.gz -o FLAIR_DICOM -a 123456

Nifti2Dicom is a conversion tool that converts 3D NIfTI files (and other formats supported
         by ITK) to DICOM.  Unlike other conversion tools, it can import a DICOM file that is  used
         to  import  the  patient and study DICOM tags, and allows you to edit the accession number
         and other DICOM tags, in order to create a valid DICOM that can be imported in a PACS.
        ​
         USAGE:
        ​
         nifti2dicom
         [-# <int>] [-s
        ​
         <string>] [-p <string>] -o <string> [-r] -i <string> [--acquisitiontime <AAAAMMGG>]
         [--acquisitiondate <AAAAMMGG>] [--acquisitionnumber <string>] [--useoriginalseries]
         [--seriestime <AAAAMMGG>] [--seriesdate <AAAAMMGG>] [--seriesdescription  <string>]
         [--seriesnumber  <string>] [--seriesinstanceuid <string>] [--donotuseoriginalstudy]
         [--studytime  <hhmmss>]  [--studydate  <YYYYMMDD>]  [--studydescription   <string>]
         [--studyid   <string>]   [--studyinstanceuid   <string>]   [--patientweight   <WW>]
         [--patientage   <###Y/M>]   [--patientsex   <M|F|O>]   [--patientdob    <AAAAMMGG>]
         [--patientid  <string>]  [--patientname  <COGNOME NOME>] [--referringphysiciansname
         <string>]   [--institutionname   <string>]   [--manufacturersmodelname    <string>]
         [--manufacturer  <string>]  [--protocolname  <string>] [--softwareversion <string>]
         [--imagetype <string>] [--modality <string>] [--sopclassuid <string>] [-d <string>]
         [-y] [-a <string>] [--] [--version] [-h]
        ​
         Where:
        ​
         -# <int>,  --digits <int>
        ​
         Number of digits in dicom file names
        ​
         -s <string>,  --suffix <string>
        ​
         Suffix of dicom file names
        ​
         -p <string>,  --prefix <string>
        ​
         Prefix of dicom file names
        ​
         -o <string>,  --outputdirectory <string>
        ​
         (required)
         Output dicom directory
        ​
         -r,  --rescale
        ​
         Rescale image before exporting
        ​
         -i <string>,  --inputfile <string>
        ​
       
DICOMNifTI都是医学影像数据的标准格式,其中DICOM是医学影像的常用格式,而NifTI是一种常用的神经影像格式。将DICOM转换NifTI格式可以方便地进行后续的影像处理和分析。以下是使用Python和SimpleITK库将DICOM序列转换NifTI格式的简要步骤: 1. 安装SimpleITK库,可以使用pip命令进行安装: ``` pip install SimpleITK ``` 2. 加载DICOM序列,可以使用SimpleITK库中的ImageSeriesReader类进行加载,例如: ``` import SimpleITK as sitk reader = sitk.ImageSeriesReader() dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dicom_dir) reader.SetFileNames(dicom_names) image = reader.Execute() ``` 在上述代码中,dicom_dir是DICOM序列所在的目录,通过GetGDCMSeriesFileNames方法获取DICOM序列中所有文件的名称,然后通过SetFileNames方法将文件名称传递给ImageSeriesReader对象,最后调用Execute方法加载DICOM序列。 3. 将DICOM序列转换NifTI格式,可以使用SimpleITK库中的WriteImage方法,例如: ``` sitk.WriteImage(image, nifti_file) ``` 在上述代码中,image是DICOM序列加载后的SimpleITK对象,nifti_file是保存NifTI文件的路径。 注意:在转换DICOM序列为NifTI格式时,需要注意DICOM序列中的像素值和方向等信息的转换,建议在转换前进行相关的预处理,例如:像素值归一化、重新采样等。同时,需要注意NifTI文件中的像素值类型和方向等信息是否正确。
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