java中如何设置序列_BioJava中如何编辑一条序列

import org.biojava.bio.seq.*;

import org.biojava.bio.symbol.*;

public class EditExamples {

public static void main(String[] args) throws Exception {

// 你不能真正的编辑这条序列

Sequence seq = DNATools.createDNASequence("atggct", "seq");

// 所以需要这条序列的一个拷贝,利用拷贝构造器

SimpleSymbolList syms = new SimpleSymbolList(seq);

// 将"cc"加到序列末尾,覆盖0个碱基

Edit e = new Edit(seq.length()+1, 0, DNATools.createDNA("cc"));

// 应用Edit对象

syms.edit(e);

// 现在序列是"ttatggctcc"

System.out.println(sym.seqString());

// 将"aca"插入第四个位置,覆盖0个碱基

e = new Edit(4,0,DNATools.createDNA("aca"));

syms.edit(e);

// 用"ggg"覆盖在第二个位置开始的三个碱基

e = new Edit(2,3,DNATools.createDNA("ggg"));

syms.edit(e);

// 现在应该是"tgggcatggctcc"

System.out.println(syms.seqString());

// 删除开始的五个碱基

e = new Edit(1,5, SymbolList.EMPTY_LIST);

syms.edit(e);

// 现在应该是"atggctcc"

System.out.println(syms.seqString());

// 一个更复杂的例子

// 用"aa"覆盖位置2,3的碱基然后插入"tt"

e = new Edit(2,2,DNATools.createDNA("aatt"));

syms.edit(e);

// 现在应该是"aaattgctcc"

System.out.println(syms.seqString());

}

}