Windows系统安装biojava

Biojava

BioJava是Java语言中一个开源项目。它提供了生物学分析和统计流程，解析常见生物学文件格式，并允许操作生物序列和3D结构。该项目的主要目标是促进生物信息学的快速应用开发。其功能主要覆盖以下几个方面：基因组（序列转换、基因注释、BLAST&FASTA、多序列比对）；蛋白质组（等电点计算、蛋白分子预测、序列比对、蛋白质修饰位点鉴定）、一些常用算法（遗传算法、HMM、动态规划等）和BioSQL（生物学数据库支持，包括一般的数据库类型、序列数据库和Ontology数据库）。

下面我们介绍如何安装biojava：
Biojava官方推荐使用Maven（Java Intelli IDEA中的插件）进行安装与更新，因其使用Maven作为构建和分发系统。biojava也可以手动安装，具体流程可见官网。

1.安装Maven

Maven主页提供了安装包。我们点击USE模块中的Download即可下载。

（1）选择apache-maven-3.8.4-bin.zip进行下载

（2）下载后解压到本地计算机

小编解压并存放的地址为：c:\program files\apache-maven-3.8.4

（3）添加apache-maven到系统的环境变量

注意添加环境变量这一步要提前检查是否将JAVA.JDK添加到了环境变量，如果没有可以仿照添加apache-maven的步骤添加JAVA_HOME（JAVA JDK的地址）到环境变量。

那么如何添加apache-maven到系统的环境变量呢？

首先按顺序点击：我的电脑-系统属性-关于-高级系统设置-系统属性-高级-环境变量。



在环境变量的系统变量中新建系统变量。小编已经提前创建好了apache-maven的系统变量，所以在“系统变量”一栏中能看到MAVEN_HOME。第一次创建的话需要点击“新建”并在编辑系统变量窗口中输入变量名：MAVEN_HOME；以及变量值：刚刚下载并解压的apache-maven-3.8.4路径。点击确定即可添加。


接下来我们需要在path中添加apache-maven-3.8.4的bin路径，具体方法如下：
还是在刚刚的界面点击系统变量中的path-编辑环境变量-新建中，输入bin目录的地址。点击确定即可。

能走到这一步，先歇一会祝贺一下自己！！！！
熟悉cmd命令的大佬也可以采用cmd命令添加环境变量~

最后，用win键+R，输入cmd来打开命令行提示符窗口，即Dos界面。输入mvn --version 若出现以下情况说明配置成功。

2.配置biojava

在Java IntelliJ IDEA中点击依次点击File-Setting-Build,Execution,Deployment-Build Tools。此时会出现Maven选项。点击Repositories，在maven home path中选择默认的Bundled (Maven 3)即可。点击Apply。

打开选择任意任意Project，右键项目主体会弹出Add Framework Support的窗口，点击。此时会出现Maven，勾选即可。

添加成功maven之后，项目中会出现pom.xml文件，在其中输入如下命令即可配置完毕：

    <dependencies>
      <dependency>
        <groupId>org.biojava</groupId>
        <artifactId>biojava-core</artifactId>
        <version>6.0.0</version>
      </dependency>
      <!-- other biojava jars as needed -->
    </dependencies>

最终结果如图：点击箭头位置“更新按钮”即可下载biojava，等待更新完毕即可。