集群计算机怎么学,【求助】如何在计算机集群上做并行计算 - 量子化学 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区...

如果是并行,跨节点的,比如你的文件中用到%nproclinda=2,那么你必须是用g03l tst.com& 来提交你的作业,

如果你仅仅使用%nprocshared=n, 那个是SMP(共享内存的方式, 适用于一个主板上有一个CPU, 多核心的也可以,几个物理CPU也可以), 这样的作业,提交用g03 tst.com&

如果并行是通过linda进行的,那么你的log文件中的时间仅仅记录的是最后一个link所用的时间,并不是整个作业的时间消耗。

在计算进行过程中,可以并行的link,你会在参与的几点上面看到lnnn.exel的进程,但是这个进程运行的时间不一定和主节点上的一样。

举个例子,如果你的主节点,除了做管理之外,还参与计算,那么由于主节点担负的load比其他的节点多, 他运行一个进程的时间就相对的长一点, 这样就是你看到的一个可以并行的link,其他的节点上是不动的,只有主节点上在运作。 可是,实际上,由于其他的slave节点,计算资源较多,已经完成了本次进程的并行后的部分工作,所以在等待主节点或者其他节点计算完成后,合并结果,获取数据。

可以说,如果你的cluster中,没有一个很好的load balance系统,那么最好这样处理。

单独一个节点,用来做管理,提供各种服务,比如你能用到的NIS,NFS,同时做一个磁盘阵列,主节点兼作存储节点,而且他的slave node 都用做计算节点。

但是同是也要明确,高斯中还有也能多不能并行的link ,那么就要求,运行不能并行的link的机器,性能一定要强,负责,在不能并行的节点上,会浪费很多时光的。

还有一个问题,尽量的让计算过程中,不要使用SWAP,过多的使用SWAP,回导致计算性能下降。应该很明确,CPU和RAM交换数据的速度绝对比和磁盘交换数据的速度快很多。

一般而言,主要承担计算的节点上的内存余量(系统正常运作后,剩余的物理内存,不包含SWAP空间)的95%都可以用于计算的内存设置。

以上的东西,只是个人的一点点看法,不正确指出,请高手斧正!

abbott.cn@gmail.com

刚刚开始一个人摆弄G03的并行,希望能和大家多多交流,

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