高性能计算之gaussian篇

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1.gaussian 09的安装

 

mkdir -p /opt/gauss

cp /software/gauss/gauss09.tar.gz /opt/gauss

cd /opt/gauss

tar xzvf gauss09.tar.gz

chgrp hpcuser g09

cd g09/bsd

./install

 

vi ~/.bashrc

-----------------------------------------

#for gauss2009 serial
g09root=/opt/gauss
GAUSS_SCRDIR=/tmp
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

-----------------------------------------

 

运行。

 

g09 input.gjf &

 

2.gaussian09 PBS 脚本

在用脚本提交系统时,为了使gauss 2009的模板文件简单,自己写了2个小程序,一个是包装了的g09运行程序,另一个是针对gauss修饰的qsub

g09包装程序比g09主要体现了几点功能.

 

1.自动清理文件,gauss程序启动前,自动识别已经废弃的gauss临时目录并清理

2.支持一个用户同时在一个结点上同时运行多个gauss作业

3.gauss输入文件进行简单的检查和判断

 

qsub修饰程序,主要是对用户gauss输入文件进行检查判断和加入一些限制策略。

 

g09run (使用方法 g09run inputfile)

 

qsub (使用方法 qsub gauss.job)

 

 

3.gaussian 09作业批量提交脚本

提交 input-file-dir中的所有gjf文件。(一个作业可能包含多个输入文件)

 

input-file-path所有需要提交的作业放入改文件夹，支持文件夹嵌套

number-inputs-per-job表示每个作业放几个输入文件。

chkfile-path表示重新设置这些输入文件中指定的chk文件位置

template-filename表示提交所参照的模板

本脚本采用这样的模板：

#!/bin/sh
#PBS -N gauss_template
#PBS -j oe
#PBS -o gauss.out
#PBS -l nodes=1:ppn=7
#PBS -V
######################################
#......you only need to modify the filename of these line.......#
#............or add lines similar as these...................................#


time g09run $HOME/inputs/test100.gjf


#######################################
exit 0

 

使用方法

usage 1:sub input-file-name -------------sub one gauss job
usage 2:sub input-file-path number-inputs-per-job chkfile-path template-filename --------sub more gauss jobs

脚本下载

 

4.gaussian 09输出文件检查判断脚本

 

检查inputdir中所有的.log文件是否是gaussian程序正常退出的情况。

列出所有未正常结束的文件。

 

使用方法

usage:checklog inputdir

脚本下载

 

5.gaussian 03 并行脚本

环境设置

 

#!/bin/csh
#for gauss2003 serial and parallel
g03root=/opt/gauss
GAUSS_SCRDIR=/tmp
export g03root GAUSS_SCRDIR
. $g03root/g03/bsd/g03.profile

 

 

pbs模板设置

#!/bin/sh
#PBS -N gauss03_template
#PBS -j oe
#PBS -o gauss03.out
#PBS -l nodes=node1+node2
#PBS -V
time g03run $HOME/inputs/test100.gjf

 

g03run 脚本下载

 

关键地方：

 

1./opt/gauss/g03/linda7.1/common/lib/tsnet.config

 

该文件中Tsnet.Node.lindarsharg: rsh修改为Tsnet.Node.lindarsharg: ssh

如果不行,在用户目录创建.tsnet.config文件,写入Tsnet.Node.lindarsharg: ssh

 

2.GAUSS_LFLAGS变量设置

 

GAUSS_LFLAGS='-vv -nodelist "b14 b15 b16 b17 b18 b19 b20 b21 b22 b23 b24"'

或者

GAUSS_LFLAGS='-vv -nodefile "/tmp/gauss.nodefile"'    

/tmp/gauss.nodefile的格式和pbs的 mpi的节点文件相同。

 

3.gauss03输入文件设置

 

%NprocLinda=2 //需要几个节点

%Nprocshared=2 //每个节点需要几个核心

在g03run pbs脚本中，如果设置了并行，此配置被pbs配置覆盖